Neues Projekt: Protein Builder

[Bananeweizen]

Übrigens gleich noch ein Tuning-Tip:
Logischerweise ist der Text-Client schneller als der Screensaver. Das ist aber noch nicht alles. Man kann die Protein-Datenbank noch dekomprimieren. Diese belegt dann zwar mehr Plattenplatz, der Client wird aber ca. 30% schneller.
Auszug aus der Readme:

Making it Run Faster
--------------------
It is possible to cut 30% off the average time spent by the program (per
structure) by uncompressing the probability distributions used to generate
the random conformers. The downside is that it consumes about 100 MB disk
space. If you have this much to spare, feel free to run the little utility
we have provided to uncompress the file (it has a .trj extension normally).
Simply go to the directory where the program is installed and type:

expanddb -i <file to expand>

where <file to expand> is replaced by the actual filename. For example if
it was named "protein.trj" you would type:

expanddb -i protein

It will prompt you for confirmation, and then begin. It will tell you when
it is done, after a minute or two. The program may fail if you have less
than 200 MB free on your /tmp partition (TEMP directory on Windows). The
next time you run the client, and from then onwards, you'll get a 30% speed
increase!

NOTE: From time to time we will be changing proteins, and thus .trj files.
This will occur as an update to the program. For your convenience, we will
try to detect if you have a compressed or uncompressed .trj file before the
upgrade, and then after installing the upgrade, we will automatically
uncompress the new .trj file (and remove the old .trj file) if you were
using an uncompressed file (detection works only on UNIX versions).

Ciao, Michael.

[Bananeweizen]

Ach was! Das Team Germany sollte doch ausschließlich für FAH & GAH dienen. Da aber richtig! Wir falten auch schon wieder ganz gut ran, wenn ich mir das so ansehe, hehehehe...

Übrigens: Ich war gerade bei Ars Technica und das aktuelle Ziel der Flying Squad ist Folding2. Und auch bei D2OL legen die sich momentan mächtig ins Zeug. Aber insgesamt hat Ars Technica (über alle Projekte) fast 4000 CPUs laufen. Mal sehen, wann wir diese Größe erreicht haben.

Ciao, Michael.

[vfrey]

Weiß jemand, ob die Anzahl der im Screensaver angezeigten Structures was mit der 1 Milliarde Conformers zu tun hat, die für die Phase 1a des Projekts errechnet werden sollen ???

Ja.

Gut. Und was ???

PS: Schau mal in deine Nachrichten.

Hab' ich inzwischen gemacht...

[Bananeweizen]

Gut. Und was ???

Sie geben nur deinen Anteil daran an. Mehr nicht. Keine laufenden Nummern oder irgend solche netten Features. Der aktuelle Gesamtzähler liegt so bei 3.5 Millionen.

Ciao.

[Bananeweizen]

Mittlerweile ist mir der PC dreimal in Zusammenhang mit dem Screensaver abgestürzt... Obwohl zwischenzeitlich definitv Daten an den Server zurückgesendet wurden, startet er nach dem Absturz wieder mit 0 Structures...das macht's nicht wirklich einfacher...

Na dann würde ich an deiner Stelle den Textmodus-Client nutzen.

Ciao, Michael.

[vfrey]

Na dann würde ich an deiner Stelle den Textmodus-Client nutzen.

Harhar... ..das sind ja wirklich lustige Grafiken...erinnert mich an gute alte Amiga-Zeiten...

[Michael H.W. Weber]

Es existiert eine Datei namens "handle.txt"im Protein Builder Konsolenverzeichnis. Ich wäre nicht überrascht, wenn man hier statt umständlichen Ummeldens einfach mit Hilfe eines Texteditors manuell den "handle" austauschen könnte um so z.B. auf Team Rechenkraft umzusatteln. Ich finde das mit einem "handle" für ich-weiß-nicht-wie-viele-Leute allerdings trotzdem ziemlich unkomfortabel.
Das expandieren der protein.trj-Datei hat bei mir übrigens bloß zu einer Speicheplatzzunahme derselben Datei auf 30 MB (von knapp 3) geführt.

Michael.

[vfrey]

Interessant wäre beizeiten eine Antwort vom Fachmann (also wahrscheinlich von Michael Weber): klingt das plausibel oder sollten wir unsere Rechenzeit auf was anderes verschwenden ???

Ansonsten: die Stats sind wirklich schlecht, interessant wird's erst, wenn man in den Top 10 ist...also, wer Lust hat: die Jagd ist eröffnet...

[huraxprax]

ich habs auch mal installiert, animierte farbige ascii-grafiken sind einfach stylish
erinnert mich an DOS, ansi.sys und die BBS-systeme wo man sich mit modem eingewählt hat
aber langsam nehmen die Projekte überhand... Ubero hab ich jetzt auch wieder runter

[vfrey]

Sollte man hierzu einen Teamlink setzen (falls ja aber mit Beschreibung, da die Leute ansonsten wahrscheinlich die Sache mit dem Handle fehlinterpretieren...)

[Michael H.W. Weber]

Also ich habe mich auch köstlich über die "DOS"-Grafik amüsiert. Sowas macht Spaß. Dennoch werde ich mich wieder auf FAH2 besinnen. Ist eben doch einfach immer noch das beste Projekt. Vijay hat ja auch schon wieder eine Veröffentlichung zu Journal of Molecular Biology (JMB) geschickt. Der kloppt ein Manuskript nach dem anderen raus - unglaublich produktiv im Moment!!! Da will ich auch investieren!!!
ProteinBuilder macht auch mehr Endstrukturvorhersage als Faltungswegermittlung, d.h. komplementiert Vijays Projekt in gewisser Hinsicht. Allerdings liefert FAH nach Ermittlung des korrekten Faltungsweges immer auch die korrekte Endstruktur, d.h. erzeugt am Ende mehr Informationen als ProteinBuilder. Ich denke, ich werde in einem halben Jahr nochmal bei ProteinBuilder vorbeischauen - z.B. diese unkomfortablen Statistiken nerven im Augenblick noch etwas...

Michael.

[vfrey]

Wir sind leider noch nicht in den Top 10, aber mit ExtremeDC und Free DC schon die ersten beiden bekannteren Teams...ich denke, das wird dem Projekt ordentlich Anschub geben...

@ Michael Weber: der Client ist halt viel unproblematischer als bei Stanford...wenn ich nur mal 10 Minuten rechnen will ist das auch okay. Bei FAH hingegen...