Neues Projekt: Protein Builder

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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Michael H.W. Weber
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Neues Projekt: Protein Builder

#1 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 01.02.2002 09:57

Unter http://www.distributedfolding.org/ verbirgt sich ein neues Proteinfaltungsprojekt à la Folding@Home. Im Gegensatz zu FAH finden hier auch MAC/Solaris/IRIX/ALPHA Freunde Unterstützung (was bei FAH leider trotz mehrfacher Ankündigung immer noch nicht so recht in Bewegung kommt - auch wenn Entwicklungen im Gange sind). Es heißt wohl Protein Builder - deren Support-Website ist allerdings extrem lahm, wie ich heute schon mal feststellen mußte. Bei Gelegenheit werde ich mir den Kram mal ansehen... evt. kann ich es nämlich auf unseren SGIs (IRIX OS) und MACs einsetzen.
Die hinter dem Projekt stehende Wissenschaft ist mir noch etwas unverständlich, da die Rede von "überprüfen" der Güte der generierten Proteinkonformationen ist. Das klingt zunächst so, als wolle man analog zu Genome@Home Proteine designen. Es scheint aber eher so zu sein, daß hier ein neuer Proteinfaltungsalgorithmus an Proteinen mit bekannter Raumstruktur getestet werden soll, um nach abgeschlossener Berechnung die generierten Strukturen mit den tatsächlichen zu vergleichen. Findet man dann, daß diese identisch sind, wird man mutig sein und an unbekannte Proteine herangehen. Leider konnte ich bislang keine Details zum Algorithmus entnehmen - aber das ist auch nicht wirklich verwunderlich, wenn er wirklich neu ist. Ich probiers mal aus...

Michael. :smoking:
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#2 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 01.02.2002 10:10

Ahhh - hier gibt es mehr Details zum wissenschaftlichen Hintergrund:

http://www.distributedfolding.org/science.html

Hört sich ja doch sehr nach einer FAH-Kopie an...
Ganz allgemein gibt's hier auch noch interessantes zum Thema zu lesen:

http://bioinfo.mshri.on.ca/trades/

Michael.
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#3 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 01.02.2002 12:02

Also die User-Konfig ist schon mal unzureichend. Es erscheint die Email-Adresse anstelle eines anderen Usernamens (wird aber nicht für andere zugänglich). Habe als Organisation mal Germany eingegeben. :evil2: Nachträgliches Umkonfigurieren scheint auch nicht zu gehen... finde jedenfalls im FAQ dazu nichts. Habe erst mal den Screensaver genommen. Der tut ganz gut. Man bekommt schnell Ergebnisse. Allerdings finde ich die Grafik übel. :roll:

Michael. :smoking:
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#4 Ungelesener Beitrag von Bananeweizen » 01.02.2002 18:06

Michael H.W. Weber hat geschrieben: Habe als Organisation mal Germany eingegeben.
Ich habe als Team "Rechenkraft" angegeben. Das Ding frißt keine Punkte, Unterstriche, Bindestriche, Klammern oder ähnliches im Teamnamen.

Ciao, Michael.
Zuletzt geändert von Bananeweizen am 01.02.2002 18:13, insgesamt 1-mal geändert.

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vfrey
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#5 Ungelesener Beitrag von vfrey » 01.02.2002 18:10

Hab' ich da was falsch verstanden? Um im selben Team zu rechnen benötigt man denselben (dasselbe ?) Handle, d. h. eine individuelle Erfassung findet nicht mehr statt... :cry:

Falls ich recht habe bitte ich um Mitteilung des Handles... :evil2:

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#6 Ungelesener Beitrag von Bananeweizen » 01.02.2002 18:22

vfrey hat geschrieben: Hab' ich da was falsch verstanden? Um im selben Team zu rechnen benötigt man denselben (dasselbe ?) Handle, d. h. eine individuelle Erfassung findet nicht mehr statt... :cry:
Zumindest steht das so in der FAQ. Habe ich auch so interpretiert.
Falls ich recht habe bitte ich um Mitteilung des Handles... :evil2:
Handle: #########
Team: Rechenkraft.de

Ciao, Michael.
Zuletzt geändert von Bananeweizen am 14.02.2002 20:54, insgesamt 1-mal geändert.

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#7 Ungelesener Beitrag von Bananeweizen » 01.02.2002 18:30

vfrey hat geschrieben: Hab' ich da was falsch verstanden? Um im selben Team zu rechnen benötigt man denselben (dasselbe ?) Handle, d. h. eine individuelle Erfassung findet nicht mehr statt... :cry:
Also noch mal etwas genauer: Wenn man ein eigenes Handle registriert, dann hat man damit einen neuen User angelegt, für den individuell die Punkte gezählt werden. Die Team-Angabe ist allerdings rein informatorischer Natur, d.h. es werden erst gar keine Team-Statistiken ermittelt. Das steht lediglich als Text mit in der Statistik.

Ergo: Um die Punkte eines Teams zusammengerechnet zu bekommen, muß man tatsächlich das gleiche Handle benutzen.

Das Handle ist oben schon angegeben. Es ist nicht auf meinen Namen registriert, sondern nur auf die Mailadresse kontakt@rechenkraft.de.

In der Statistik sieht das ganze dann so aus:

Rank of the individual Individual from Organization / Team # of structures
generated
Individual who has generated
the most structures: 62ssp7zv stanco
Runners up: - - -
#2. bnjmn560 USUHS
#3. hudnymum SLRI
#4. 8dwrvas9 slri
#5. 7ishqxqr USF
#6. mxol770g Robert
#7. jvk3lghq northern arizona university
#8. qjqbdd2n SLRI
#9. efufm4ig David McDonell
#10. b6rsgqsu X


Das heißt, wenn wir mit dem Handle in der Statistik auftauchen sollten, dann steht dort lediglich
#xy. ########## Rechenkraft

Ciao, Michael.
Zuletzt geändert von Bananeweizen am 14.02.2002 20:55, insgesamt 1-mal geändert.

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#8 Ungelesener Beitrag von vfrey » 01.02.2002 18:55

Michael H.W. Weber hat geschrieben:Habe als Organisation mal Germany eingegeben. :evil2:
Das mag jetzt offtopic sein, aber wir sind wieder an dem Punkt: was bringt uns das Zusammengehen der beiden Foren ??? Dass wir in Zukunft für jedes neue Projekt ein Team Germany und ein Team Rechenkraft aufstellen ?? :worry:

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#9 Ungelesener Beitrag von Bananeweizen » 01.02.2002 19:26

vfrey hat geschrieben: Das mag jetzt offtopic sein, aber wir sind wieder an dem Punkt: was bringt uns das Zusammengehen der beiden Foren ??? Dass wir in Zukunft für jedes neue Projekt ein Team Germany und ein Team Rechenkraft aufstellen ?? :worry:
Wenn Michael unbedingt ein Team "Germany" will, kann ich ihn davon natürlich nicht abhalten, schließlich haben wir immer noch Meinungsfreiheit. Aber ich werde grundsätzlich ein Team "Rechenkraft.de" gründen (sofern es das dann nicht schon gibt :-) )

Ciao, Michael.

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#10 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 01.02.2002 19:41

Nö - ich will natürlich nicht "unbedingt ein Team Germany" haben. :angel: Ich habe dieses Projekt heute lediglich entdeckt und hier kurz vorgestellt. Und da ich es schnellstens antesten wollte habe ich aus alter Gewohnheit "Germany" eingetragen. :lol: Wenn Bananeweizen ein Rechenkraft.de Team eingerichtet hat - super! :good: Und her mit dem "handle"... :evil2:

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#11 Ungelesener Beitrag von vfrey » 01.02.2002 19:54

Puuuh...und ich dachte schon, ich müsste jetzt einen grossen Monolog halten... :D

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#12 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 01.02.2002 20:15

Ach was! :wink: Das Team Germany sollte doch ausschließlich für FAH & GAH dienen. :wave: Da aber richtig! Wir falten auch schon wieder ganz gut ran, wenn ich mir das so ansehe, hehehehe... :evil2:

Michael.
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