Neue Proteine

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#1 Ungelesener Beitrag von **Der Diplomat** » 20.01.2002 15:08

Mir dünkt auf der Seite wären neue Proteine zur Berechnung aufgenommen worden und zwar eine ganze Reihe: 400-499.

Quelle: http://folding.stanford.edu/cgi-bin/allprojects

Zusatz:

These projects require slightly more memory (because we are simulating lots of water molecules) and (for at least the time being while we are evaluating the new results) last a shorter time. The timeout on the work units is necessarily shorter, 18 hours. We will increase this time if it appears too many work units are being lost.

Eine 18 Stunden Deadline. Grundgütiger!

_________________

Michel

http://www.informanten-netz.de/dc.html

huraxprax · #2 Ungelesener Beitrag von **huraxprax** » 21.01.2002 23:35

die Sidechain-Proteine fangen langsam an zu nerven. Ich hab schon mitbekommen daß da einige nicht angerechnet werden nach der Deadline. Sie sind zwar wirklich schnell (etwa 2 Stunden dahim, T-Bird@1466), aber bei jedem Frame schreibt das viel auf deie Platte, und vor der Übertragung rödelt die Platte dann 5 Minuten lang auf Vollast...

#3 Ungelesener Beitrag von **Der Diplomat** » 22.01.2002 23:40

Oh, hört sich nicht gerade nach: Ich will mehr an. Allerdings sind mir die Dinger bei 38 Results auch noch nicht untergekommen..

vfrey · #4 Ungelesener Beitrag von **vfrey** » 22.01.2002 23:55

Wenn mich nicht alles täuscht, verteilt Stanford diese Proteine momentan auch nur an Linux-Rechner. Oder hat sich da mittlerweile was geändert???

#5 Ungelesener Beitrag von **Michael H.W. Weber** » 23.01.2002 10:52

Nö. Hat sich nichts geändert.

Michael.

#6 Ungelesener Beitrag von **Der Diplomat** » 23.01.2002 17:16

@Michael: Gibt es einen Grund dafür, diese Proteine nur an Linux-User zu verteilen?

#7 Ungelesener Beitrag von **Michael H.W. Weber** » 23.01.2002 18:19

Ich weiß leider nichts genaueres. Womöglich hängt es einfach damit zusammen, daß die Stanford-Gruppe alles auf Linux-Maschinen macht. Da die einige Besonderheiten austesten, ist es für die vielleicht bequemer. Die nutzen vermutlich die Linuxer erst mal als Tester. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_lol.gif" alt="Laughing"> Ich wünschte, ich wäre auch einer... <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_biggrin.gif" alt="Very Happy">

Michael.

#8 Ungelesener Beitrag von **Michael H.W. Weber** » 14.02.2002 09:55

Heute habe ich ein neues Protein bekommen. Es heißt AlzheimerB28-42, besteht aus 104 Atomen bei 500000 "dynamic steps". In Stanford ist es unter dem Projeknamen 110 registriert - eine Abgabedeadline kann ich der Stanford-Website alerdings nicht entnehmen - habe daher gleich mal nachgefragt.
Auf meinem TBird@1100 MHz (ASUS A7V, FSB-100, 256 MB PC-133 bei 2-2-2 "timing" und 133 MHz RAM-Zugriff) benötigt ein "frame" schlappe 27 Sekunden, also ist die WU in exakt 45 Minuten abgehakt. Dies ist genau die Größe, wie ich sie mag. Endlich sieht man mal was an Ergebnissen vorbeirasseln.

Michael.

#9 Ungelesener Beitrag von **Michael H.W. Weber** » 19.02.2002 10:58

Ein neues Protein mit Namen "proteinAnat" ist gesichtet worden. Es hat 100 "frames" von denen jedes angeblich 2/3 eines "frames" der langen "sidechain"-WUs benötigt (insgesamt nur 10 "frames" aber dennoch ca. 3 Std. Rechendauer auf TBird@1.1GHz). Also das Ding dürfte das längste sein, das je vergeben wurde. Ich habe die Info aus dem Stanford-Forum.

Michael.

Zitat:

"I just noticed a new protein that is going to take a LONG time
to crunch. Its 100 frames, but each frame takes about 2/3 of a
Sidechain frame. So, it looks like it'll take at least six
times longer than one of those. Is the return time going to be
at least a week or has there been a mistake in releasing this
size of a protein?

BTW, the name needs to be changed from "roteinAnat" in the
description.

Gary"

Arnim Weber · #10 Ungelesener Beitrag von **Arnim Weber** » 20.02.2002 22:21

Habe ebenfalls neue Proteine erhaten: Jeweils 100 Frames:
1: proteinAg29aNat
2: proteinAg29a
3: proteinA
4: roteinAnat (sicherlich proteinAnat !!!)

Happy folding!!!

vfrey · #11 Ungelesener Beitrag von **vfrey** » 20.02.2002 22:54

Aus "informations on current calculations" von der Stanford-Site:

"Projects 111, 112, 113 and 114 analyze folding of the Staphylococcal protein A, a 3-helix bundle protein. Protein A is usually bound to the bacterial membrane, and is an important target for antibodies. Here we study folding of protein A and several of its variants. These proteins are the biggest molecules we have ever simulated- however, experiments tell us they fold extremely quickly. We have set the deadline for returning WUs to be 9 days."

Na dann, viel Spass...

ROM · #12 Ungelesener Beitrag von **ROM** » 21.02.2002 00:24

Hallo Falter !

Projekt 400-499 nur unter Linux ?

Habe unter Win98se/XP schon fast jedes Projekt berechnet.

ciao ROM