Phase III

[Norman]

hi !

weis jemand ungefähr wann die phase III beginnen könnte.
in der jetzigen phase II haben wir schon einige Proteine durch, aber
ich weis nicht wieviele überhaupt noch kommen werden/sollen.

brenne nämlich schon auf den blindtest

[Zahmekoses]

Phase III sollte erst dann ausgeführt werden, bis der Algorythmus soweit verbessert wurde, dass er die Struktur (fast) Perfekt vorraussagen kann

Doch um dort hinzukommen sollte der Algorythmus noch besser (und event. noch schneller) werden.

cya
Zahme

[Michael H.W. Weber]

brenne nämlich schon auf den blindtest

Den Blindtest hatten wir im Prinzip mit unserem Einsatz bei CASP5 bereits angegangen. CASP5 hat gezeigt, daß DF in seiner damaligen Form nicht wirklich zufriedenstellend arbeitete. Danach wurde dann ja auch der neue Client entwickelt. Allerdings bin ich nicht sicher ob die "von außen" sichtbaren Verbesserungen ausreichen, um das Vorhersageergebnis signifikant zu verbessern. Das Problem ist nämlich, die Basis/Regeln für die Entscheidung, welche der vielen generierten Strukturen denn nun wirklich die beste ist, zu finden.

Michael.

[Zahmekoses]

Wenn der Algorythmus ein sehr guter Algorythmus ist, müssten (theoretisch) bei 100'000 erstellten Proteinen min. 80'000 gleich sein... dann kann man sich sicher sein, das das Programm funktioniert (oder nen derben Rechenfehler drinhat *g*)

cya
Zahme

[Michael H.W. Weber]

dann kann man sich sicher sein, das das Programm funktioniert

Schön wär's. Ich will es mal so sagen: Wir vestehen das "Proteinfaltungsalphabet" einfach noch nicht. Ich bin mir sicher, daß es da eine Kollekte allgemeingültiger Regeln gibt, nach denen sich eine gegebene Aminosäuresequenz faltet. Diese Regeln kennen wir aber noch nicht und ich denke - im Augenblick - ist Folding@home/Genome@home am nächsten dran, es zu ergründen. Was glaubst Du, warum ich das dauernd propagiere?

Michael.

[Zahmekoses]

Weil du, wie ich dich mittlerweile kennengelernt habe, mehr Ahnung von all dem hast und auch weisst was Sache ist

Ich werde mich auch bald/irgendwann F@H oder G@H zuwenden... mal schauen wann

cya
Zahme

[Michael H.W. Weber]

Ich werde mich auch bald/irgendwann F@H oder G@H zuwenden... mal schauen wann

Fein!

Michael.

[Patrick Keller]

[schild=11 fontcolor=0000FF shadowcolor=C0C0C0 shieldshadow=1]TOFF OPIC[/schild]
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[schild=9 fontcolor=000000 shadowcolor=C0C0C0 shieldshadow=1]TACK TO BOPIC[/schild]

Not to worry, Phase III is still very far away - I was just mentioning it as it was relevant to the genetic algorithm topic that was mentioned. We will be happily crunching and ironing out Phase II for a long solid block of time.

Also dauert wohl noch was
PS: Ja ich weiß, cih hab es heute mit Wortspielen

[Pascal]

10/07/2003

- We are now on the last protein of our folding 'mini-experiment', protein L with a 14-residue floppy tail removed. Both this protein and protein G (two proteins back) have been folded essentially to completion (well under 3A RMSD) and so the folding pathways we have obtained can be compared to experimental observations of folding pathways, as well as simulated unfolding pathways, to learn a bit more about how proteins fold. As we analyze the data over the next few months we will post results here. For the next protein, we will switch back to an energy-only scoring function (not RMSD-based), so that we will be doing true blind prediction. Thus expect higher RMSDs to native than we have been seeing recently. Our hope, of course, is that we are still able to completely fold proteins using the current approach without using the explicit knowledge of the native structure that we have been using for the last few proteins.

Phase III, der echte Blindtest, steht also schon quasi vor der Tür, wir sind am letzten Protein von Phase II dran.

[Norman]

WOW,WOW,WOW....
darauf haben wir ja schon lllllaaaannngggee gewartet...

[Michael H.W. Weber]

Nun, dann wollen wir mal hoffen, daß der Klient seit CASP5 ordentlich "dazugelernt" hat.

Michael.

[Patrick Keller]

Also als Phase III würde ich das nicht bezeichnen. Nun wird lediglich die Struktur anhand der Energie gemessen, aber die Endstruktur des Proteines liegt immernoch vor. Das heißt wir falten jetzt nur um zu sehen, ob der Algorithmus auch bei dieser Messung taugt bzw. gute Ergebnisse liefert. Der echte Blind-Test wird wohl noch etwas auf sich warten lassen.