Probs mit Gromacs ?

[Passiver Camper]

Hallo zusammen,

als blutiger Anfänger habe ich gleich mal ein Problem mit einer WU gehabt (3. WU / Gromacs). Anscheinend wurden bei mir die Berechnungen untebrochen. Jetzt sehe ich auf meinem Client bei "Finished WU's" 2 und auf der Statistikseite 3 (ich habe einen Score von 0.8 damit geschafft :-) ). Ich habe nicht die Kommandozeilenversion. Muß ich, um das Problem mit abgebrochenen WU's zu vermeiden, bei den Settings des Clients "Ignore Deadlines locally" auswählen?. Oder gibt es da eine andere Lösung zu diesem Problem? Der Client läuft Tag und Nacht und ab und zu zwinge ich den Rechner mit Onlinespielen ein bischen in die Knie. Vielleicht könnte sich jemand einmal den Auszug aus dem log anschauen. Danke im voraus.

Viele Grüße
Harald

[14:29:44] + Attempting to send results
[14:35:25] + Results successfully sent
[14:35:25] Thank you for your contribution to Folding@home.
[14:35:25] + Number of Units Completed: 2
[14:35:29] + Attempting to get work packet
[14:35:29] - Connecting to assignment server
[14:35:31] - Successful: assigned to (171.64.122.144).
[14:35:31] + News From Folding@Home: Welcome to Folding@Home
[14:35:32] Loaded queue successfully.
[14:35:55] + Closed connections
[14:35:55]
[14:35:55] + Processing work unit
[14:35:55] Core required: FahCore_78.exe
[14:35:55] Core found.
[14:35:55] Working on Unit 03 [July 6 14:35:55]
[14:35:55] + Working ...
[14:35:55]
[14:35:55] *------------------------------*
[14:35:55] Folding@home Gromacs Core
[14:35:55] Version 1.48 (May 7, 2003)
[14:35:55]
[14:35:55] Preparing to commence simulation
[14:35:55] - Looking at optimizations...
[14:35:55] - Created dyn
[14:35:55] - Files status OK
[14:35:56] - Expanded 510451 -> 2524929 (decompressed 494.6 percent)
[14:35:56] - Starting from initial work packet
[14:35:56]
[14:35:56] Project: 909 (Run 12, Clone 62, Gen 18)
[14:35:56]
[14:35:56] Assembly optimizations on if available.
[14:35:56] Entering M.D.
[14:36:03] Protein: p909_vill_str0
[14:36:03]
[14:36:03] Writing local files
[14:36:05] Extra 3DNow boost OK.
[14:36:07] Writing local files
[14:36:07] Completed 0 out of 250000 steps (0)
[14:48:15] Writing local files
[14:48:15] Completed 2500 out of 250000 steps (1)
[14:58:57] Writing local files
[14:58:57] Completed 5000 out of 250000 steps (2)
[15:09:29] Writing local files
[15:09:29] Completed 7500 out of 250000 steps (3)
[15:20:00] Writing local files
[15:20:00] Completed 10000 out of 250000 steps (4)
[15:30:44] Writing local files
[15:30:44] Completed 12500 out of 250000 steps (5)
[15:41:10] Writing local files
[15:41:10] Completed 15000 out of 250000 steps (6)
[15:51:28] Writing local files
[15:51:28] Completed 17500 out of 250000 steps (7)
[16:02:02] Writing local files
[16:02:02] Completed 20000 out of 250000 steps (8)
[16:12:26] Writing local files
[16:12:26] Completed 22500 out of 250000 steps (9)
[16:22:49] Writing local files
[16:22:49] Completed 25000 out of 250000 steps (10)
[16:33:14] Writing local files
[16:33:14] Completed 27500 out of 250000 steps (11)
[16:43:45] Writing local files
[16:43:45] Completed 30000 out of 250000 steps (12)
[16:54:12] Writing local files
[16:54:12] Completed 32500 out of 250000 steps (13)
[17:04:34] Writing local files
[17:04:34] Completed 35000 out of 250000 steps (14)
[17:14:51] Writing local files
[17:14:51] Completed 37500 out of 250000 steps (15)
[17:25:09] Writing local files
[17:25:09] Completed 40000 out of 250000 steps (16)
[17:35:30] Writing local files
[17:35:30] Completed 42500 out of 250000 steps (17)
[17:45:20] Writing local files
[17:45:20] Completed 45000 out of 250000 steps (18)
[17:54:59] Writing local files
[17:54:59] Completed 47500 out of 250000 steps (19)
[18:04:50] Writing local files
[18:04:50] Completed 50000 out of 250000 steps (20)
[18:14:51] Writing local files
[18:14:51] Completed 52500 out of 250000 steps (21)
[18:24:54] Writing local files
[18:24:54] Completed 55000 out of 250000 steps (22)
[18:35:07] Writing local files
[18:35:07] Completed 57500 out of 250000 steps (23)
[18:45:16] Writing local files
[18:45:16] Completed 60000 out of 250000 steps (24)
[18:55:27] Writing local files
[18:55:27] Completed 62500 out of 250000 steps (25)
[19:05:43] Writing local files
[19:05:43] Completed 65000 out of 250000 steps (26)
[19:17:49] Writing local files
[19:17:49] Completed 67500 out of 250000 steps (27)
[20:51:57] Writing local files
[20:51:57] Completed 70000 out of 250000 steps (28)
[21:01:32] Writing local files
[21:01:32] Completed 72500 out of 250000 steps (29)
[21:10:59] Writing local files
[21:10:59] Completed 75000 out of 250000 steps (30)
[21:20:37] Writing local files
[21:20:37] Completed 77500 out of 250000 steps (31)
[21:30:12] Writing local files
[21:30:12] Completed 80000 out of 250000 steps (32)
[21:39:57] Writing local files
[21:39:57] Completed 82500 out of 250000 steps (33)
[21:49:45] Writing local files
[21:49:45] Completed 85000 out of 250000 steps (34)
[21:59:37] Writing local files
[21:59:37] Completed 87500 out of 250000 steps (35)
[22:09:26] Writing local files
[22:09:26] Completed 90000 out of 250000 steps (36)
[22:19:19] Writing local files
[22:19:19] Completed 92500 out of 250000 steps (37)
[22:29:17] Writing local files
[22:29:17] Completed 95000 out of 250000 steps (38)
[22:39:15] Writing local files
[22:39:15] Completed 97500 out of 250000 steps (39)
[22:44:32] Gromacs cannot continue further.
[22:44:32] Going to send back what have done.
[22:44:32] logfile size: 9895
[22:44:33] - Writing 10431 bytes of core data to disk...
[22:44:33] ... Done.
[22:44:33]
[22:44:33] Folding@home Core Shutdown: EARLY_UNIT_END
[22:44:37] CoreStatus = 72 (114)
[22:44:37] Sending work to server

[Michael H.W. Weber]

Moin Harald,
es wäre gut, Du würdest zur Kommandozeilenversion wechseln. Die ist am Zuverlässigsten. Ich kann aus der Fehlermeldung leider nicht entnehmen, was die Ursache für den vorzeitigen WU-Abbruch war. Als Du den Client neu gestartet hast, waren die "assembly optimizations" aktiviert? Wenn nicht, mußt Du den Client mit -forceasm starten, sonst nutzt er die FPU-Fähigkeiten Deiner CPU nicht voll aus.

Es ist weiterhin so, daß der Client lokal nur komplett abgearbeitete WUs zählt (bei Dir 2). Aber bei einem Fehler sendet er wenigstens das bis dato Berechnete nach Stanford, wofür Du dann Teilpunkte bekommst. Der Server in Stanford wiederum zählt die Zahl der zurückgesandten (Teil)ergebnisse (also bei Dir 3) - daher die Diskrepanz.

Michael.

[Passiver Camper]

Hallo Michael.

Danke für die schnelle Antwort. Ob ich "assembly optimizations" aktiviert habe, weiß ich jetzt nicht ganz genau, aber ich werde nach meiner 4. WU auf die Kommandozeilen-Version bei Folding@home umsteigen. Bei dem Projekt "Distributed Folding" benutze ich ja bereits auch nur den Textmodus-Client. Danke für den Tipp.

Gruß
Harald

[Michael H.W. Weber]

Ob ich "assembly optimizations" aktiviert habe, weiß ich jetzt nicht ganz genau...

Also zu Beginn (vor dem Fehler) waren sie definitiv aktiviert, das kann man Deinem "log" oben entnehmen. Die Frage ist nur, ob sie nach dem Fehler noch aktiviert waren. Bei GROMACS tritt ein Fehler meist dann auf, wenn die Kiste übertaktet ist. Dann deaktiviert GROMACS den FPU-Optimierungscode und rechnet gähnend langsam weiter, um die CPU zu schonen. Man muß den Client dann manuell wieder zur FPU-Ausreizung zwingen.

Michael.

[Passiver Camper]

Das ist die Lösung!!! Ich sollte wirklich mal etwas länger schlafen , dann klappt das auch mit dem Denken . Zu dem Zeitpunkt des Abbruchs bin ich gerade wieder in die Welt der Onlinespiele eingestiegen und habe wahrscheinlich die FPU ganz schön hart rangenommen. Dann ist für das Falten wohl nichts mehr übrig geblieben. Ich werde bei solchen Gelegenheiten mal lieber das Falten unterbrechen, damit ich die Abbrüche bei mir minimieren kann. War ein wichtiger Hinweis , daß GROMACS FPU-optimiert ist. Ich werde aber trotz dieser Lösung noch auf die Kommandozeilen-Version umsteigen.

Gruß
Harald

[exec]

Du hast ja bei FAH ein Zeitlimit, wenn du aber nicht deine Arbeitszeit verschwenden willst und vollständige Ergebnisse abliefern willst, dann empfehle ich dir zu MD@Home zu wechseln.

Es hat die selben Ziele, es untersucht die Proteinfaltung anhang von Tetrapeptiden(MW entschuldige mich bitte, ich bin nur ein Physiker).

Unser Team braucht jede Unterstützung die es bekommt.
Das Projekt ist neu, die Webseite ist zwar in russisch gehalten, dennoch können wir dir bei der Einrichtung und Betrieb des Clients helfen.
Ich kann dir bei der Übersetzung helfen.

MfG
exec

[thogo]

Hallo,

gab es da nicht den Fall, daß Gromacs keine gültige Struktur mehr errechnen konnte, weil z. B. die Atome sich gegenseitig überlappen? Ich kann mich nicht mehr richtig an die Meldung erinnern (hatte sie selbst nie), aber in diesem Fall wäre es ein gültiges Ergebnis (Sackgasse erreicht!), das abgesendet wird umd meines Wissens auch anteilig Punkte bekommt.
Vielleicht was das hier der Fall.

Also keine Sorgen und freudig weiterfalten ...
Thomas

[Passiver Camper]

Auf MD@Home habe ich auch schon ein Auge geworfen, allerdings auch auf Genome@Home. So viele interessante Projekte und so wenige Rechner...

Naja, zur Zeit falten ja bereits 2 PC's an meiner Arbeitsstelle bei Distributed Folding mit, an meinem PC zu Hause Folding@Home. Ich muß mir aber demnächst mal einen PC zusammenschrauben, der nicht so viel Strom frißt (zur Zeit sind bei meinem "Home"-PC alle PCI-Steckplätze belegt, 8 IDE-Geräte angeschlossen...da freut sich mein Stromlieferant).
Sobald mein neuer und hoffentlich auch sparsamer PC fertig ist, werde ich ihn mal auf MD@Home oder Genome@Home loslassen. Und einen 3. Rechner habe ich in der Firma auch noch gefunden, der zur Zeit nicht genutzt wird... (wahrscheinlich dann noch für Distributed Folding).

Aber wie ich mich kenne, lasse ich dann doch beide PC's zu Hause falten... (also doch noch Folding@Home und MD@Home)

3 Projekte parallel reichen auch.

Gruß
Harald

[Pascal]

..

3 Projekte parallel reichen auch.

Gruß
Harald

Wenn du mal alle PCs auf ein Projekt ansetzen würdest, kämst du dort viel weiter