BBA5-Proteine zu kurz getimed

Nachricht

#1 Ungelesener Beitrag von **Der Diplomat** » 16.01.2002 21:20

Tach zusammen,

also ich habe das Gefühl, dass diese BBA5-Proteine eine all zu kurze Lebensdauer haben. Hat man nur die Möglichkeit den Rechner 6 Stunden am Tag laufen zu lassen, dann werden diese Proteine einfach nicht schnell genug fertig, wenn sie 13 oder 14 Stunden benötigen. Das heißt 12 Stunden umsonst gerechnet, da ja die Ergebnisse nicht einmal zur Verifizierung herangezogen werden.

Daher meine Frage, die allein in diesem Fall Sinn macht: wie lösche ich ein solches Protein, das sich anschickt, meine Rechenzeit zu vergeuden und um das ich mich nicht kümmern kann.

Reicht es aus das work-Verzeichnis zu löschen oder was muss ich hier genau tun?

#2 Ungelesener Beitrag von **Michael H.W. Weber** » 16.01.2002 23:04

Also ich verstehe das nicht ganz. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_rolleyes.gif" alt="Rolling Eyes"> Bei mir benötigt ein BBA5_build_ext gut 2 Minuten pro "frame" (TBird@1.1GHz, full power), d.h. gut 200 Minuten = knapp 4 Stunden, um vollständig berechnet zu werden. Die meisten Leute lieben diese WUs, eben weil sie ganz im Gegensatz zum Villin relativ (!) kurz sind (es gibt noch wesentlich kürzere). Ich verstehe jetzt nicht, wieso Du meinst, umsonst gerechnet zu haben: Nach jedem "frame" legt FAH2 einen "checkpoint" an, d.h. kann nach Abbruch des Clients genau dort fortsetzen, wenn man z.B. am nächsten Tag weiterrechnet. Auch die Abgabe-"deadline" wird locker eingehalten. Dieses "checkpointing" ist z.B. einer der Vorteile vor UD - dort ist es, wie ich heute herausfinden mußte, eben nicht einmal der Fall, daß (wie von UD angegeben) nach jedem getesteten Molekül zwischengespeichert wird. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_evil.gif" alt="Evil or Very Mad"> Recht häufig macht der Client das eben nicht (auf meinem System zumindest). Das kostet wirklich Effizienz! <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/crying.gif" alt="weinen">

Wieso werden die Ergebnisse nicht zur Verifizierung herangezogen? Wie oben gesagt, verpaßt Du die "deadline" von 3 Tagen nicht, d.h. alle Ergebnisse werden korrekt von FAH2 Servern registriert und selbstverständlich auch ausgewertet. Im Gegensatz zu UD werden bei FAH - Gott sei Dank - keine WUs doppelt gerechnet. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/spinningsmiley.gif" alt="rolling"> Dieses doppelt rechnen ist - wenn man seiner Rechenmethode vertraut - VÖLLIG überflüssig <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/quasi.gif" alt=""> und einer der Gründe, weshalb ich nie meine Rechenpower voll auf UD "verschwenden" würde. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_lol.gif" alt="Laughing"> Wenn Du allerdings eine halbfertige WU manuell löschst - und das geht eben wie Du schon vermutetest durch Löschen des kompletten "work"-Verzeichnisses - dann wird diese WU bis zum Ablauf der deadline "brach" liegen <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/crying.gif" alt="weinen"> und danach erneut an jemand anderen ausgegeben. Es kann sein, daß dies das gesamte Projekt um genau 3 Tage zurückwirft, falls Deine WU zufällig die war, welche ein neues Energieminimum ergibt. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_eek.gif" alt="Surprised"> Denn auf diesem Ergebnis werden dann erst neue WUs ausgegeben. Also überleg' es Dir, ob Du sie wirklich löschen willst. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_smile.gif" alt="Smile"> Es ist ja nichts fehlerhaftes an ihr dran. Und bedenke bitte auch, daß die Villine bei mir z.B. fast 10 Stunden volle Rechenpower erfordern: Folding@Home ist meines Erachtens eines der anspruchsvollsten dc Projekte, die es im Augenblick gibt. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_biggrin.gif" alt="Very Happy">

Gruß,

Michael.

#3 Ungelesener Beitrag von **Der Diplomat** » 17.01.2002 15:58

Die Deadline ist eben bei 2 Tagen, nicht bei 3. Mein letztes Protein wurde mir nicht angerechnet, weil es am Montag erst zwei Stunden vor laden geholt wurde und erst am Mittwoch wenige Minuten nach dem einschalten abgeschickt wurde. Sind leider drei Tage nach dem Holen und wurde nicht angerechnet.

#4 Ungelesener Beitrag von **Der Diplomat** » 17.01.2002 15:59

Warum die Ergebnisse nicht zur Verifizierung herangezogen werden? Weil sie in den Müll landen, wenn ich sie nicht vor deadline abgebe. Sie werden an jemanden anderen verteilt und mein Ergebnis interessiert gar nicht mehr.

#5 Ungelesener Beitrag von **Michael H.W. Weber** » 17.01.2002 16:36

Hmmm, das höre ich zum ersten Mal, daß die "deadline" bereits nach zwei Tagen erreicht ist. Ich werde da mal nachfragen und vorschlagen, daß - falls dem so ist - die "deadline" hochgesetzt wird auf 3 Tage.

Du hast dann natürlich völlig Recht, daß die Rechnungen für den Eimer sind, wenn die "deadline" überschritten wird.

Ich melde mich hier in Kürze wieder. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/wavey.gif" alt="winken">

Auf jeden Fall danke für die Info, denn dann dürften jawohl auch einige andere unter diesem Problem leiden, sodaß es jetzt vielleicht verbessert werden kann!

Mich würde in diesem Zusammenhang noch interessieren: Was für eine Maschine hast Du laufen?

Michael.

Arnim Weber · #6 Ungelesener Beitrag von **Arnim Weber** » 17.01.2002 17:17

Aulso dieses kleine bb5-Protein benötigt bei mir nur 1 h 45 min. auf meinem Athlon XP 1800+ <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_blush.gif" alt="blush">

Ich dachte auch, dass die deadline bislang bei 3 Tagen liegt !!! Was für einen Rechner setzt Du denn ein ?

vfrey · #7 Ungelesener Beitrag von **vfrey** » 17.01.2002 17:48

Nur zur Info: auf der Stanford-Website stehen bei den Projekten, die Infos zum Protein enthalten, mittlerweile auch Deadlines. Und die ist meines Wissens in diesem Fall wirklich zwei Tage... <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/uhoh.gif" alt="uh oh">

#8 Ungelesener Beitrag von **Michael H.W. Weber** » 17.01.2002 18:32

vfrey schrieb am 2002-01-17 17:48 :

Nur zur Info: auf der Stanford-Website stehen bei den Projekten, die Infos zum Protein enthalten, mittlerweile auch Deadlines. Und die ist meines Wissens in diesem Fall wirklich zwei Tage... <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/uhoh.gif" alt="uh oh">

Aha. Da haben die die Infos also versteckt. Ich habe extra die ganze (neue) FAQ abgegrast und nix gefunden... <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/uhoh.gif" alt="uh oh"> Die Mail an Vijay/Michael Shirts ist natürlich längst raus... <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/quasi.gif" alt=""> Naja, dann werde ich mal noch eine nachschieben und um "deadline"-Verlängerung winseln, hehehehe... <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_lol.gif" alt="Laughing">

Gruß,

Michael.

#9 Ungelesener Beitrag von **Der Diplomat** » 17.01.2002 19:21

Deadline: http://folding.stanford.edu/cgi-bin/projectpage?q=550

Man kann beliebig die Proteinnummern angeben.

Ich setze einen Duron 800 ein, was bedeutet, dass er nur ein FSB von 200, nicht 233 hat.

Außerdem laufen die nur von 16 bis 22 Uhr.

#10 Ungelesener Beitrag von **Der Diplomat** » 17.01.2002 20:31

Du hast schon Recht Michael, Folding@Home ist ein sehr gutes, weshalb ich auch dabei bleiben werde, allerdings zu leicht modifizierten Bedingungen.

Ich möchte nur noch wissen, wie ich die für mich ungeliebten WUs abschießen kann.

#11 Ungelesener Beitrag von **Michael H.W. Weber** » 17.01.2002 22:57

Joh - also Löschen des gesamten Workverzeichnisses führt automatisch zum Verlust aller WUs (wo oben bereits gesagt). Da dort üblicherweise nur die aktuelle drin gespeichert ist, ist das die Methode der Wahl.

Die "deadline"-Verlängerungsanfrage ist auch bereits raus - melde mich hier wieder, wenn das Ergebnis feststeht.

Gruß,

Michael.

#12 Ungelesener Beitrag von **Der Diplomat** » 18.01.2002 15:57

Joh - also Löschen des gesamten Workverzeichnisses führt automatisch zum Verlust aller WUs (wo oben bereits gesagt).

Du meinst zum Verlust aller *im Work-Verzeichnis gespeicherten* WUs.

Nun, da wird ja nur die aktuelle drin sein, wenn die letzte abgeschickte in Stanford angekommen ist. (Ich weiß, der Client kann auch mehrere speichern, im Falle, dass er die Results nicht los wird und nur eine neue WU laden.)

Michel