F@H2-Statistik

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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Der Diplomat
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#1 Ungelesener Beitrag von Der Diplomat » 13.01.2002 00:29

Nacht zusammen,



gibt es eigentlich einen Grund, warum die Statistiken nach Score geranked werden und nicht nach abgelieferten Results (oder WUs wie auf der Statistik-Seite zu lesen ist)?



Obwohl wir nämlich mit dem Team Germany recht viele WUs abgeliefert haben, sind ein paar andere vor uns mit weniger WUs, aber mit einem höheren Score-Wert.



Michel

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vfrey
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#2 Ungelesener Beitrag von vfrey » 13.01.2002 00:43

Hallo Michel,



zwischen den einzelnen Projekten gibt es recht massive Unterschiede in der Rechenzeit. Nach anfänglichen Beschwerden einiger User über die Scores/WU (u.a. von Michael Weber <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_biggrin.gif" alt="Very Happy"> ) haben sie's jetzt relativ ausgewogen hingekriegt (finde zumindest ich <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_blush.gif" alt="blush"> )...

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Der Diplomat
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#3 Ungelesener Beitrag von Der Diplomat » 13.01.2002 08:01

Wo liegt da der Grund/Sinn, dass man nach Scores ranked?



Wie wird dieser Score berechnet (Berechnungsbasis)?



Michel

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Michael H.W. Weber
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#4 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 13.01.2002 14:20

Die Proteine sind unterschiedlich groß und benötigen daher unterschiedlich viel Zeit, um durchgerechnet zu werden. Es gibt maximal 2 Punkte (Villin, NativeVillin, z.B.) für das Abliefern eines der am längsten dauernden. Prinzipiell wird bei FAH2 der Rechenanspruch bewertet. Dabei geht die Rechnerpower nicht ein, d.h. wenn Du einen stärkeren Rechner hast, lieferst Du von einer gegebenen Protein-WU in derselben Zeit mehr ab als ein schwacher Rechner und bekommst auch mehr Punkte. Die Vergabe der Punkte geht einfach nach Tabelle, d.h. jeder WU ist ein Score zugeordnet und wenn Du das ablieferst, kriegst Du die entsprechenden Punkte. Es gab in der Vergangenheit einige Proteine, die genauso lange dauerten, wie das Villin und trotzdem bloß 1 Punkt (statt 2) bekamen. Ich hatte da etwas herumgemeutert <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/crying.gif" alt="weinen"> und wurde damit abgetan, daß es sich statistisch gesehen wieder ausmittelt. Naja, statistisch gesehen hat jeder Bundesbürger auch 1,4 Kinder... <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_lol.gif" alt="Laughing"> Wer nicht über einen langen Zeitraum mitmacht, kann dabei übers Ohr gehauen werden. Ich habe mich in letzter Zeit nicht mehr drum gekümmert, da mir die Ergebnisse wichtiger sind. Es kam mir aber zu Ohren, daß das Problem noch in Einzelfällen bestehen soll.

Es wäre cool, wenn mal jemand eine Tabelle anlegen würde, die die WU-Bezeichnung (z.B. Villin), die zugehörende Atomzahl (z.B. 389), die dynamic steps (z.B. 500000) und die benötigte Rechenzeit für 1 Frame (z.B. 354 Sekunden auf meinem TBird@1.1GHz) enthält (gemessen in Abwesenheit anderer Programme, z.B. durch Benutzen von FoldMonitor - gibt übrigens auch 'ne Team Germany Version, für die ich einen Skin gebastelt habe) - leider habe ich momentan nicht die Zeit dazu und Vijay bietet sowas auch nicht auf seiner Website an. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_rolleyes.gif" alt="Rolling Eyes">



Gruß,

Michael. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_smokin.gif" alt="Smoking">



_________________

Michael H.W. Weber

Folding@Home / Genome@Home Team Germany

FAH/GAH team website: http://www.folding.de.tf

email: weberm@mailer.uni-marburg.de




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#5 Ungelesener Beitrag von Der Diplomat » 13.01.2002 14:33

Ah, danke.



Das heißt also, das die Protein-WUs, die verteilt werden, schon von vornherein eine Bewertung mit auf dem Weg bekommen.



Gut, gut.

Arnim Weber

#6 Ungelesener Beitrag von Arnim Weber » 13.01.2002 15:10

Sagt mal, weisss jemand, ob es einen Folding Benchmark für F@h2 gibt ? Es wäre nämlich mal ganz toll, wenn man genau wüsste, wie lange der eigene Rechnix zum Berechner bestimmter Proteine braucht. Dabei sollte man in dem Benchmarkprg. die einzelnen Proteine anwählen können, und das Prg. verrät einem dann, wie lange man ungefär braucht. Der Foldmonitor funktioniert nämlich bei mir hierfür überhaupt nicht. ICh benutze nämlich einen sheduler um die einzelnen WU nacheinander auch in meiner Abwesenheit ausrechnen zu können, ohne ständig mich einwählen zu müssen. Ausserdem scheint der Rechner beim gleichzeitigen Rechnen mehrerer Proteine parallel langsamer zu sein, als wenn man sie hintereinander weg rechnet (jeden´falls bei Win98) <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_evil2.gif" alt="Evil HE HE">

Pascal

#7 Ungelesener Beitrag von Pascal » 13.01.2002 15:48

Hi und willkommen bei Rechenkraft.de, Armin! <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/wavey.gif" alt="winken">

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#8 Ungelesener Beitrag von Der Diplomat » 13.01.2002 16:31


Ausserdem scheint der Rechner beim gleichzeitigen Rechnen mehrerer Proteine parallel langsamer zu sein, als wenn man sie hintereinander weg rechnet (jeden´falls bei Win98) <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_evil2.gif" alt="Evil HE HE">


Danke für den Tipp, Arnim.



Ich nehme Mal an, dass man sich halt die Zeit spart, in der er idle ist. In dieser Zeit versucht er seine Ergebnisse loszuwerden und neue zu holen. Und das scheint manchmal nicht auf Anhieb zu funktionieren.



Wusste gar nicht, dass FoldMonitor auch cached (hatte mich noch nicht für interessiert). Werde das Programm gleich mal installieren.





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Michel

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huraxprax
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#9 Ungelesener Beitrag von huraxprax » 13.01.2002 20:40

@Michel: die WUs bei Folding sind wirklöich ganz unterschiedlich, es gab zum Beispiel mal welche die nur eine halbe Stunde gebraucht haben, waren dann auch nur 0.? Punkte wert.



@Arnim: ich könnte da mal ein Script schreiben daß die Zeiten mißt, aber alle Proteindaten sammeln wäre ein Haufen arbeit, vor allem mit den ganzen neuen Proteinen ich weiß nicht ob das Sinn macht...



cu, Benno

Arnim Weber

#10 Ungelesener Beitrag von Arnim Weber » 13.01.2002 23:43

@Benno:

Ich habe es mir auch schon gedacht, dass es wohl zu aufwendig ist, zumal ständig neue Proteine dazukommen und wohl demnächst die Proteine auch für Linux User variieren... Naja dann steht eben der Rechner mal ein paar Minuten im Dock. KAnn er sich mal wieder ein wenig abkühlen <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_smokin.gif" alt="Smoking">

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