erstes GROMACS protein fertig :)

[macFishbone]

juhu. hab mein erstes gromac protein von meinen powermac g4 an standford abgeliefert. protein 908 war es und hat ein bisschen länger als 2 tage gedauert bei einer deadline von 15 tagen.

im vergleich mit und ohne altivec hab ich gelesen da mit g4 optimierung der client doppelt so schnell rechnet. da kommt freude auf.

http://folding.stanford.edu/cgi-bin/use ... acFishbone

und hab mir gleich noch so ein protein geholt

[Michael H.W. Weber]

Klasse. GROMACS macht in der Tat richtig Laune!

Michael.

[firewalker]

Stimmt!


Aber Mr. Fischknochen: Wie geholt? kann man sich das aussuchen oder was??

[macFishbone]

gromacs macht wirklich laune. hab meinen g4 komplett von df auf F@H umgestellt.

@ firewalker: ne. aussuchen kann ichs mir nicht. aber wenn ich den client mittels -advmethods starte dann bekommt man auch meistens ein gromac wu zum rechnen. weiss aber nicht in wie weit das auch unter windows funzt.

[Michael H.W. Weber]

Das funzt unabhängig vom Betriebssystem, denn der Schalter "-advmethods" aktiviert - wie der Name schon sagt - die Bevorzugung der neusten Projekte. Und das ist definitiv GROMACS. Aber Achtung: Es kann sich dahinter auch eine Beta-Coreversion verbergen. Aber selbst mit denen hatte ich nur Spaß.

Michael.

[Dozza]

Hallo zusammen,
bin noch nicht so Fit im OS 10.2.6 Termial mit dem "Schalter" "-advmethods"

Bisher habe ich einfach im Terminal...
./Folding2/OSX-3.25 -local
...eingeben und der 2. Prozessor lief als Text console.
(vorher natürlich den Text Client installiert, chmod +x ./folding2/OSX-3.25)
Der 1. Prozessor läuft momentan als Graphical client.

Bin natürlich auch ganz heiß auf Gromacs für Mac!!!

Also, wer kanns für "Dummies" erklären?


Besten Gruß

Dozza

[macFishbone]

@ Dozza

das würde für dein zweiten prozzi so ausschauen. ist ganz einfach.

im Terminal

./Folding/OSX-3.25 -advmethods -forceasm -local

wie man das beim graphischen client macht keine ahnung.

[Dozza]

... nun werkelt mein G4 Dual nun endlich auch an einem GROMACS protein
Protein: p909_vill_str0
Braucht so pro Frame ca. 40 Minuten


Danke für die schnelle Antwort!

Dozza

[macFishbone]

jo. das kommt hin. meiner ist nur eine spur langsamer als deiner.

hast wahscheinlich ein powermac g4 dual 867 mhz

hab leider nur einen mit 800 mhz

aber ich hab ja wenigstens einen

[Dozza]

Habe gleich noch eine Conselen Version 3.25 installiert, nun werkeln beide Prozessoren an GROMACS Proteinen

Kleiner Vergleich:
p633 (TINKER) 400 Frames = 23,6 Credit
da hat ein Prozessor ca. 9 Stunden für 40 Frames gebraucht (10% von 400)
p909 (GROMACS) 100 Frames = 38 Credit
hier braucht der 2. Prozessor ca. 7 Stunden für 10 Frames ...

Gruß

Dozza

[Dozza]

Aber Altivec optimiert ist das noch nicht, oder?

Ich find das alles noch etwas sehr lahm.

Oder mein ich das nur...?
Bekomme nur noch die dicken WUs. (Teils Tinker, teils GROMACS)
Und die Rechnen und Rechnen...


Gruß

Dozza

[Michael H.W. Weber]

Altivec wird nun beim Apfel unterstützt - aber nur, sofern GROMACS WUs laufen. Was die Rechenzeiten betrifft, die werden immer länger werden, nehme ich an. Sind eben auch größere Aufgaben, an die wir uns nun heranwagen.

Michael.