Russisches Projekt - MD@Home - Übersetzer gesucht

[Konstantin Leontiev]

I agree that Russians dial-up problems on the last place of the approximation problem... So We (Gennady Ionov and I) perform some tests that is published at http://swz.narod.ru/MD_Home/index.htm (now unfortunately only on Russian). So i will ask Gennady to tell you more of this approximation and our tests. So we can say that no data is loss when calculate all 3.2Millons with approximation and without it and compare results. But we check this on a some (3-4) molecules and conclude that all data that need to us for comparision and analysys is preserved. Only minor noise is dissapear. So the analysys of 8000 tri-peptides help us to conclude some new points in approximation problem.

[Michael H.W. Weber]

If your server does not have any problems to handle data chunks getting sent back of, say, about 500 kB each, then wouldn't it be useful to have an option build into the client that allows for a user decision whether or not to approximate?
In this way, it would be more convenient for us DSL flatrate users and still an applicable client for dial-up users. Just a suggestion.

Michael.

[Konstantin Leontiev]

Well i see.. In our approximation discussions we lead to same idea, so may be in the nearest version this option will be introduced.

[Konstantin Leontiev]

I think you should know some other points of approximation and results precision.

At first we check approximation by calculation two trajectories with different start conditions (use different random velocities at start time) and compare the autocorrelation functions and tri-dimensional probability distribution of the three major torsion angels. So we see some difference that is lower than 5-7%. Next we approximate results of one trajectory and compare it with original results of this trajectory and with trajectory that has different start velocities. The results of comparison show us that accuracy is in interval of 5-7%.

At last you should know that we calculate each oligipeptide twice or three times (if need). That helps us to eliminate deceit from users because server send WU to user only once. You can't obtain the same WU twice. So we know that all WU pairs are calculated by different users. We can compare it. But if they are is identical we are only spend calculation time. So we calculate all WU's with different start conditions and can compare like that (by using ergdisity theorem):
1) If two WU results is identical - it is deceit.
2) If dispersion is larger than 10% - it is machine error, unexpected results or something else. So we need to calculate this WU more times.
3) If dispersion is larger than 30% it is error and we need to calculate this WU more times.
4) if dispersion is in 1-10% this is normal and we do not need to calculate this WU more times.

[Konstantin Leontiev]

Please don't afraid... We send all old users an invitation to MD@home. In fact no new version of client program released. All Rechenkraft.Net members should ignore this invitation.

[Michael H.W. Weber]

Hmm - but the relevant link downloads version

mdathome-client1.17build2c-Win32

instead of the current

mdathome-client1.17build2a-Win32

So this is no new version? No update required?

Michael.

[Bananeweizen]

Hmm - but the relevant link downloads version
mdathome-client1.17build2c-Win32

That is of Mai 3rd. If your client is older than May 3rd there is in fact a new version.

Ciao, Michael.

[Pascal]

Einige Infos zu MD@Home (aus einem Interview mit K.Leontiev)

Das Projekt existiert seit gut zwei Jahren. Im Oktober 2002 ist es online gegangen, es hat etwa 650 Mitglieder.
Das Ziel des Projekts ist in etwa das gleiche wie bei Folding@home, allerdings geht die Aufgabenstellung von Seiten der kleinsten Bausteine (Aminosäuren) an.

Es gibt aktuell immer noch häufig neue Clientversionen, wegen Bugfixes, aktuell nur für Windows.
*nixclients sind aber angeplant. (die Portierung klappt schon).

Gelegentlich kann es Probleme beim Up-/Download von WUs und des Clients geben. Dies liegt an den Internetprovidern (die Internetverbindung läuft über Finnland). Die Server haben eine Anbindung mit 100 MBit/s.

Aktuell werden im Client alle Oligopeptide aus 2 bis 5 Aminosäuren untersucht. Grössere Peptide können theoretisch auch untersucht werden, macht allerdings nur im Einzelfall Sinn. Dies muss vorher entschieden werden.

Organisatoren des Projekts sind A. Beljakov und K. Leontiev.

Die Basissoftware wurde von diesen beiden binnen der letzten dreieinhalb Jahre geschrieben.
Dieses Programm simuliert Molekülmechanismen und -dynamiken, die Software wurde patentiert.
Benötigt weniger als 10 MB RAM.

Im Setup von MD@Home kann man die Grösse der WU angeben. Dort zwecks schnellerem Packen und Schätzen gegen Ende der WU bitte von "Tiny" auf "Huge" umstellen. Dann werden für einige Minuten bis zu 64 MB RAM benötigt.

Die WUs sind verschieden gross, haben unterschiedliche Berechnungsdauer.

Es ist möglich, WUs zu bunkern und den Uploadtakt festzulegen (s. Screenshot in der Projektbeschreibung). Der linke Wert steht für die Anzahl der gebunkerten WUs, der rechte für die Anzahl der berechneten WUs, nach welcher jeweils ein Upload erfolgt. Während der Client rechnet, ist es auch möglich, den Cache per Mausklick manuell upzudaten.

Checkpointing ist im Client integriert. Beim manuellen Beenden des Clients werden die erhaltenen Werte zwischengespeichert, es gehen maximal 10 min Berechnungszeit verloren.

So weit - so gut
Genauere Infos bringt MHWW mit der Projektbeschreibung.

Ist meine Anleitung soweit korrekt? Bitte mal intensiv checken. (Client gibt's per Email).

[Pascal]

Noch ein paar Anmerkungen zu MD@home:

Ich habe die letzten Tage intensiv die Statistiken beobachtet. Wir sind von anfangs Platz 30 auf nunmehr Platz 17 mit stark steigender Tendenz gekommen. Dies haben wir u.a. MHWW und Ticker zu verdanken, wobei aktuell MHWW das Rennen macht!
MHWW macht momentan 3 Prozent der Tagesleistung aller Projektteilnehmer Ich habe mir mal einige der TOP-Teams angesehen. Es sind vielleicht nur etwa 20 Prozent der Mitglieder dort wirklich aktiv!

Womit ich sagen will: Wenn wir mal ordentlich ranklotzen, kommen wir dort schwuppdiwupp in die TOP 10 und mischen die anderen Teams mal gehörig auf!

Die wissenschaftliche Relevanz von MD@home würde ich als gleichwertig mit Folding@home einstufen, also höchst interessant!

BTW: mein Client ist noch nie abgestürzt. Ich denke, dass man auf gleichen OS den Clientordner auf andere (Offline-)Rechner portieren könnte (von Win2000 auf 98 ) klappte dies nicht.

[S_Garbe]

BTW: mein Client ist noch nie abgestürzt. Ich denke, dass man auf gleichen OS den Clientordner auf andere (Offline-)Rechner portieren könnte (von Win2000 auf 98 ) klappte dies nicht.

probier doch einfach mal den Client vor dem kopieren auf dem Zielsystem zu installieren - wahrscheinlich kommen auch ein paar Dateien ins Windows-Systemverzeichnis

Gruß
Stefan

[Pascal]

BTW: mein Client ist noch nie abgestürzt. Ich denke, dass man auf gleichen OS den Clientordner auf andere (Offline-)Rechner portieren könnte (von Win2000 auf 98 ) klappte dies nicht.

probier doch einfach mal den Client vor dem kopieren auf dem Zielsystem zu installieren - wahrscheinlich kommen auch ein paar Dateien ins Windows-Systemverzeichnis

Gruß
Stefan

Kann gerne jemand versuchen. Hab den Client so installiert - keine Notwendigkeit bei mir.

[Bananeweizen]

wahrscheinlich kommen auch ein paar Dateien ins Windows-Systemverzeichnis

Nein. Der Installer entpackt nur in das angegebene Verzeichnis. Nur wenn man die zusätzlichen Komponenten (VB6-Runtime oder so?) installiert, kommt da eventuell was hin.

Ciao, Michael.