falten, falten, falten...

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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firewalker

falten, falten, falten...

#1 Ungelesener Beitrag von firewalker » 11.04.2003 04:13

Falten - nicht im Gesicht sondern im Computer.

Soweit so gut.
Aber eine Frage hab ich doch:
Worin besteht der Unterschied zwischen Folding@Home und Distributed Folding? Sind das Konkurenzprojekte? Oder arbeiten sie zusammen?
Ich will jetzt hier keine Glaubenskriege vom Zaun brechen, aber welches der beiden Projekte ist sinnvoller? Vielleicht sollte ich besser sagen erfolgreicher? Gibt es Unterschiede in der Zielsetzung?

Wenn ich´s mir aussuchen könnte würde ich am liebsten gegen Multiple Sklerose rechnen weil ich da´nen Fall in der Familie hab (n´ganz schöner Scheiß die Krankheit..). Oder halt das was zu dem Themenbereich am besten passt. Na ja, wenn sich da nix findet falt ich halt weiter. Irgendjemand wird´s schon was bringen...

Schon mal Danke im vorraus für die Info´s,
Gruß
firewalker

Sascha_Luehrs

Re: falten, falten, falten...

#2 Ungelesener Beitrag von Sascha_Luehrs » 11.04.2003 06:57

firewalker hat geschrieben:Aber eine Frage hab ich doch:
Worin besteht der Unterschied zwischen Folding@Home und Distributed Folding? Sind das Konkurenzprojekte? Oder arbeiten sie zusammen?
Folding@home und Distributed Folding arbeiten glaube ich nicht zusammen. Folding@home ist ein Projekt der Stanford Universität in Kalifornien, Distributed Folding ein Projekt des Samuel-Lunenfeld-Institutes in Kanada. In Konkurrenz zueinander stehen sie glaube ich aber auch nicht, auch wenn Distributed Folding sich (frecherweise, wie ich mal meinen möchte :wink: ) u.a. die URL www.foldingathome.com reserviert hat, was ja eigentlich auch irreführend ist.
Ich will jetzt hier keine Glaubenskriege vom Zaun brechen, aber welches der beiden Projekte ist sinnvoller? Vielleicht sollte ich besser sagen erfolgreicher? Gibt es Unterschiede in der Zielsetzung?
Ja, die gibt es glaube ich, kann ich aber nicht erklären, weil ich dafür von dem Projekt Distributed Folding zu wenig Ahnung habe. Zu folding@home gibt es aber eine recht gute Erklärung im Web, die auch für Laien einigermaßen verständlich ist: http://wwwiaim.ira.uka.de/Teaching/Pros ... edizin.pdf
Wenn ich´s mir aussuchen könnte würde ich am liebsten gegen Multiple Sklerose rechnen weil ich da´nen Fall in der Familie hab (n´ganz schöner Scheiß die Krankheit..).
Verständlich. Ich persönlich rechnen hauptsächlich mit, weil ich die unheilbare Erbdispositionskrankheit Psoriasis in der Familie habe.

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Michael H.W. Weber
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#3 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 11.04.2003 10:22

Steht hier im Forum zwar schon etlich Male erklärt, aber ruhig noch einmal: Folding@home untersucht den FaltungsWEG eines Proteins, während Distributed Folding sich NUR um die Vorhersage der Proteinendstruktur kümmert. Da ein korrekt vorhergesagter Faltungsweg stets auch zur korrekten Proteinendstruktur führt, könnte man sagen, daß Folding@home die Ziele von Distributed Folding mit abdeckt - ABER NICHT UMGEKEHRT! Dennoch ist es so, daß der Rechenaufwand für die "molecular dynamics"-Simulationsansätze von Folding@home so enorm ist, daß bei der augenblicklichen Rechenleistung der FAH "community" vorerst nur kleinere Proteine - der Fachmann würde sogar eher von Peptiden sprechen - untersucht werden können. Immerhin aber sind Projekte wie Alzheimer etc. bereits in der Untersuchung. Hinzu kommt, daß Folding@home nicht nur auf Proteine beschränkt ist, sondern auch RNAs falten kann. Dazu gibt es auch bereits Veröffentlichungen in Zusammenarbeit mit der Arbeitsgruppe um Dan Herschlag (Stanford).

Michael.
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Gast

#4 Ungelesener Beitrag von Gast » 12.04.2003 22:37

Danke für die Info´s.

Ich werde also weiterfalten. Mal schauen wie weit ich´s mit´nem 1333er Athlon im Ranking schaffe. Sag mal Michael, wieviele PC´s hast Du eigentlich gleichzeitig laufen um auf soviele Credits zu kommen???

Gruß und frohes Rechnen,
firewalker

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Michael H.W. Weber
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#5 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 13.04.2003 00:19

Anonymous hat geschrieben:Sag mal Michael, wieviele PC´s hast Du eigentlich gleichzeitig laufen um auf soviele Credits zu kommen???
Ich rechne schon sehr lange bei FAH - fast seit Beginn des Projekts (schau' auch mal die alten FAH1-Statistiken an - da habe ich noch weitere 14800 Credits erarbeitet). Ich hatte eine Zeit lang etliche Rechner aus unserem Labor auf Folding@home angesetzt (ich meine, es müßten zu Spitzenzeiten etwa 15 gewesen sein). Jetzt habe ich aber - je nachdem, welche anderen Projekte bei mir gerade beliebt sind - 2-4 Rechner privat am Werkeln.

Michael.
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