@ huraxprax

[vfrey]

Ich muss das jetzt mal als Ersatz für's folding.de-Forum mißbrauchen... <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_blush.gif" alt="blush">



Sag mal, Benno:



a) hast Du eine Computerfirma geerbt(oder wie erklärt sich sonst Dein Tempo)?



b) was sind das eigentlich für merkwürdige Proteine, die Du da faltest? Die Projektnummern sind mir völlig unbekannt...



gruß



vfrey

[Michael H.W. Weber]

Aha - hier seid ihr nun doch angekommen! Jo, den Fragen schließe ich mich doch neugierigerweise auch mal an. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_smokin.gif" alt="Smoking">



Michael.

[huraxprax]

Also ich habe nichts geerbt, leider oder wohl zum glück. Ich habe über die Ferien nur einen Cluster bei und an der Uni bei Folding laufen lassen, weil über die Tage keiner im CIP-Pool ist. das waren ~15 Athlen 800 mit SuSE 7.2.

Ansonsten kann ich den mal über Nacht laufen lassen oder am Sonntag, aber nicht wenn die User da sind.



zu den Proteinen weiß ich auch nicht was das war... mal schauen ob ich noch was in den logs finde

[Pascal]

DAS ist echte RECHENKRAFT !!!! <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_smile.gif" alt="Smile">)

[huraxprax]

>rucli grep Prot fah2/FAHlog.txt



Protein: Ala Sidechain - CHARMM

Protein: HIE Sidechain - CHARMM

Protein: VAL sidechain - CHARMM

Protein: HID Sidechain - CHARMM

Protein: VAL sidechain - CHARMM

Protein: GLU Sidechain - CHARMM

Protein: TRP sidechain - CHARMM

Protein: GLH Sidechain - CHARMM

Protein: THR Sidechain - CHARMM

Protein: CYS Sidechain - CHARMM

Protein: PHE Sidechain - CHARMM

Protein: ASP Sidechain - CHARMM

Protein: MET Sidechain - CHARMM

Protein: ASN Sidechain - CHARMM



so ungefähr sieht das aus...

also die drei Buchstaben sind wohl die Kürzel für die Aminosäuren, aber ansonsten keine Ahnung!



cu, Benno

[Michael H.W. Weber]

Aha! Ich vermute ganz stark, daß es sich hier um seitenkettensubstituierte Varianten ein und desselben Proteins handelt. Ähh - also es wurde wohl ein interesierendes Protein genommen, und dann sukzessive eine Aminosäure gegen die jeweils angegebene ausgetauscht, um deren Einfluß auf die Proteinfaltung zu untersuchen. Sowas macht Sinn und kann eigentlich erst gemacht werden, wenn man schon Vorergebnisse hat (über die Faltung), die diese Fragestellung aufwerfen. Ich vermute, Vijay hat da was in den Händen... <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/spinningsmiley.gif" alt="rolling">

Die Abkürzungen HIE, HID und GLH sind mir allerdings unverständlich <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_rolleyes.gif" alt="Rolling Eyes"> - könnten nicht-proteinogene Aminosäuren sein (also solche, die in der Natur zwar vorkommen aber eben nicht üblicherweise in Proteinen zu finden sind: nicht-proteinogen). Das CHARMM steht für ein bei den Berechnungen eingesetztes Kraftfeld für das "molecular modelling".



Gruß, <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/wavey.gif" alt="winken">

Michael.

[vfrey]

Wie gemein... <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/crying.gif" alt="weinen">



Ich krieg' immer nur die doofen Villins und Native Villins... <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_biggrin.gif" alt="Very Happy">

[Michael H.W. Weber]

Ich auch! <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/crying.gif" alt="weinen">



Michael.