Neues Protein

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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GooRoo
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Neues Protein

#1 Ungelesener Beitrag von GooRoo » 29.01.2003 00:05

Nabend zusammen!!

UND?! Hat es schon jemand, das Update?!?! Dann aber mal zügig her mit den Benchmarks :wink:

Hab gerade mal bei Anandtech gespickt und FoBot hat sich das Update via FTP gezogen und schon ein Benchmark veröffentlicht.

Soll nur 96 Aminosäuren haben und dennoch ca 1/3 langsamer sein. Alles Spekulationen aber wie es im Moment aussieht müssen wir uns nicht stressen mit dem Update. Wenn eh langsamer haben wir ja 24H Zeit.

So bald ihr mehr Infos habt: Meldet euch!!

Grüße
GooRoo

BTW: Allen Rechenkraft DF'ern einen HERZLICHEN GLÜCKWUNSCH. Wir haben heutemorgen unbemerkt die 3 MILLIARDSTE Struktur berechnet. :beer: Habs erst gerade gesehen! Das find ich saustark :roll2:
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M. Franckenstein
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#2 Ungelesener Beitrag von M. Franckenstein » 29.01.2003 00:15

ich saug' gerade ... mal schaun ob es wirklich langsamer ist .... 24/7 *g*

Athlonkaempfer

#3 Ungelesener Beitrag von Athlonkaempfer » 29.01.2003 00:56

96 Proteine, hat es.

Mal schauen wie es sich berechnet.

mwannema

#4 Ungelesener Beitrag von mwannema » 29.01.2003 06:09

morgen zusammen,

naja einen RMSD von 10.10 habe ich ja schon wieder ABER der beste liegt bei 8.49. damit liegen wir weit abgeschlagen von der top 10 für RMSD's => schade

doch habe den client im autoupdate gezogen. bis jetzt konnte ich aber noch keine verlangsamung festellen. mal sehen wie es sich hinzieht.

auch jeden fall haben wir seit gestern morgen 27mio strukturen gegenüber platz5 gut gemacht ( sie holen nicht mehr auf :smoking: )

gruss
manuel

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Zahmekoses
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#5 Ungelesener Beitrag von Zahmekoses » 29.01.2003 06:24

also bei mir ist sie deutlich langsamer...

letztes Protein (nach dfGUI)
160000 Strukturen pro Tag

jetzt (nach dfGUI)
98000 Strukturen pro Tag

cya
Zahme
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GooRoo
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#6 Ungelesener Beitrag von GooRoo » 29.01.2003 08:27

Jo! Deutlich langsamer!

Benchmark vom letzten:

------------------------------------------------------------
Distributed Folding Windows dfGUI v1.91 Benchmark

Sample Size : 5500 structures over 1658 seconds.
Protein Size: 108AA

Structures Per Second: 3.33
Structures Per Minute: 200.0
Structures Per Hour : 12000
Structures Per Day : 288000

OS : Windows 2000 MHz: 1650
CPU: AMD Athlon(tm) XP 2000+
Client Switches: -df -rt -g 100 -s 5000
------------------------------------------------------------


Aktuelles Benchmark:

------------------------------------------------------------
Distributed Folding Windows dfGUI v1.91 Benchmark

Sample Size : 1700 structures over 699 seconds.
Protein Size: 96AA

Structures Per Second: 2.44
Structures Per Minute: 146.3
Structures Per Hour : 8780
Structures Per Day : 210732

OS : Windows 2000 MHz: 1650
CPU: AMD Athlon(tm) XP 2000+
Client Switches: -df -rt -g 10 -s 5000
------------------------------------------------------------


Beide nicht sehr lange gelaufen, aber für einen ersten Eindruck reichts.

Grüße
GooRoo
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Pascal

#7 Ungelesener Beitrag von Pascal » 29.01.2003 09:29

Tragt doch einfach eure Benchmarks hier ein.

Auch zu finden per Menü-Navigation Clients -> Benchmarks

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GooRoo
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#8 Ungelesener Beitrag von GooRoo » 29.01.2003 10:26

Was es hier nicht alles gibt :o Hab ich nocht nicht gesehen. Scheint in letzter Zeit nicht gerade populär zu sein, aber das können wir ja ändern :wink:
Ich finde das ganze allerdings verbesserungswürdig. 1000 Strukturen zu berechen und dann die benötigte Zeit als Referenz zu nehmen finde ich nicht praktisch. Wer hat denn immer im Kopf wieviel seine Box für 1000 Strukturen braucht?? Das ganze zu messen ist auch nicht sehr bequem. Kann man denn dem Client sagen: Rechne 1000 Strukturen und stoppe danach oder stoppe zumindest die Zeit? Wüsste nicht wo.
Ich finde die Aussage Strukturen/sec oder Strukturen/H besser. Einen Blick in den dfGUI und man kann das Benchmark einordnen ohne selber messen zu müssen, denn das macht ja der dfGUI für einen.

Naja...nur ein Vorschlag... :D

Grüße
GooRoo
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Bananeweizen
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#9 Ungelesener Beitrag von Bananeweizen » 29.01.2003 20:40

GooRoo hat geschrieben:Ich finde die Aussage Strukturen/sec oder Strukturen/H besser.
Dann will ich's mal erklären: Damit die Benchmarks von verschiedenen Leuten pro Projekt eine Chance auf Vergleichbarkeit haben, müssen sie entweder alle eine gleich große Rechenleistung (d.h. WUs oder ähnliches) haben, für die dann jeder die Zeit mißt, oder alle eine gleich vorgegebene Zeit haben, für die jeder seine berechnete Leistung mißt.
Wenn man jetzt mal dfGui außer Acht läßt und das ganze für mehrere Projekte betrachtet (weil ich das in der DB schon irgendwie für alle Projekte gleich behandeln muß), dann ist ersteres die logische Lösung, die allgemeiner anwendbar ist. Denn wer möchte schon einen Benchmark machen, der besagt: Wieviele WUs hast du in 10 Minuten bei Cancer Research, Folding@home, oder Distributed Folding geschafft? 0,456? 34,56? Dann ist es andersrum doch intuitiver, oder?

Erklärt's das?

Ciao, Michael.

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GooRoo
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#10 Ungelesener Beitrag von GooRoo » 30.01.2003 10:22

Deine ganze gute Arbeit in Ehren, aber dann ist das Tool für mich persönlich nutzlos. Denn gerade mit dem dfGUI ist es ja möglich Benchmarks zu erstellen die sich prima miteinander vergleichen lassen. Für Projekte, die nicht so eine komfortable GUI mitbringen macht deine Argumentation und das Benchmark-Modul durchaus Sinn.

Vielleicht werd ich das ganze ja mal bei einem anderen Projekt zu schätzen lernen, aber mein DF Benchs poste ich dann doch lieber hier :blush:

Grüße
GooRoo
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Imperator

#11 Ungelesener Beitrag von Imperator » 31.01.2003 00:29


Meines Achtens liegt das Problem nicht am Programm sondern an der gfGUI. Da diese den Befehl für Ram und erweiterte Speichernutzung nicht überträgt, läuft das Programm natürlich langsamer. Wenn man mit Hand einträgt -rt -df dann läuft es wie gehabt schnell.

MFG Imperator :)

mwannema

#12 Ungelesener Beitrag von mwannema » 31.01.2003 07:58

moin zusammen,

also was die oben angesprochene verlangsamung angeht.
wenn ich laut huraxpax meinen tagesdurchscnitt für mich selber nehme, und brücksichtige das gestern der server fast 14 stunden nicht erreichbar war, habe ich nur einen struktureneinbruch von ca. 12% gehabt.

laut euren aussagen müssten das aber mindestens 17%-23% sein.

aber mal sehen was es die tage gibt oder täusche ich mich schon wieder einmal ?

gruss
manuel

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