Naechster Client

[GooRoo]

Öhm... flamed mich nicht direkt wenns nicht korrekt ist, aber was Bio angeht war ich schon immer ein furchtbarer Dilettant

129 und 108 sind die Anzahl der Aminosäuren im Protein. Je mehr desto komplexer die Proteinstruktur, je schwieriger also zu berechnen, je länger dauerts auch.

Deine Clients werden keine andere Wahl haben, als sich zu updaten, denn wenn du eine autoupdate.cfg hast in der eine 1 steht dann machen sie das beim nächsten upload selbstständig und wenn nicht wirst du durch den Client auf die neue Version hingewiesen und musst selbst entscheiden.

Ob das Update funktioniert hat sieht man anhand der zu berechnenden Aminosäuren im Client Fenster. Da steht dann sowas wie "Calculating residue 97 of 108". Wenn dort 108 steht haben Sie geupdated, wenn dort noch 129 steht, nicht. Alternativ sieht man's auch im DFGui unter "Protein Size".

Grüße
GooRoo

[Michael H.W. Weber]

RMSD = root mean square deviation - Also mittlere quadratische Abweichung. Dieser Wert wird Null wenn die von DF berechnete und die Kristallstruktur identisch sind, d.h. je größer der RMSD, desto schlechter die Qualität des von DF generierten Proteinmodells. In der Proteinstrukturaufklärung werden Werte kleiner als 1 angestrebt. Um den RMSD zu bestimmen, werden die Raumkoordinaten jeden Atoms der bekannten Struktur mit denen des berechneten Modells verglichen und die Abweichung (RMSD) festgehalten.

Michael.

[GooRoo]

Öhm

Oder so

GooRoo

[Michael H.W. Weber]

Ach so - die Zahl 129 bzw. 108 gibt (wie schon von anderen beschrieben) tatsächlich die Anzahl der Aminosäuren des Proteins an. Das aktuelle Protein besteht damit aus 108 Aminosäuren.

Michael.

[mwannema]

hey ho super danke für die antworten !

jetzt kann ich ja meine diplomarbeit für bio abgeben.


ok wenn das mit dem text client so geht wirds ja mit dem service auch nicht viel anders sein.
=> denn irgendwie kommts mir so vor als ob meine kisten jetzt langsamer sind und nicht schneller ... dafür das das protein "kleiner" ist.

hm. mal sehen was "huraxpax"-stats dazu sagt.

aber wie immer ! DANKE ...

[Michael H.W. Weber]

irgendwie kommts mir so vor als ob meine kisten jetzt langsamer sind und nicht schneller ... dafür das das protein "kleiner" ist.

Normalerweise würde man klar erwarten, daß die Rechnung umso schneller ist, je kleiner das Protein wird - bei gleichem Algorithmus. Es gibt aber Ausnahmen. Man bedenke, daß das letzte Protein auch mit einem modifizierten, schneller arbeitenden Algorithmus berechnet wurde, der dafür allerdings ungenauere Ergebnisse lieferte (vgl. Fehlermeldung derzufolge einige Seitenketten sich zu nahe kamen). Daher muß man das neue Protein eigentlich mit dem vorletzten vergleichen und hier ist klar, daß das neue definitv schneller läuft und also der algemeinen Annahme entspricht.

Michael.

[Drakhon]

Ist es denn wirklich sicher, das dieses Mal wieder der alte Algorithmus verwendet wird, und nicht der neue schnellere?

[GooRoo]

*applaus*

Gute Frage...würd mich auch mal interessieren. Ich dachte der Algorithmus wurde generell umgestellt.

Grüße
GooRoo

[Michael H.W. Weber]

Ist es denn wirklich sicher, das dieses Mal wieder der alte Algorithmus verwendet wird, und nicht der neue schnellere?

Gesagt wurde das so nirgends, aber ich gehe eigentlich fest davon aus, denn das letzte Protein war ja ein Test.

Michael.

[Pascal]

Ist es denn wirklich sicher, das dieses Mal wieder der alte Algorithmus verwendet wird, und nicht der neue schnellere?

Gesagt wurde das so nirgends, aber ich gehe eigentlich fest davon aus, denn das letzte Protein war ja ein Test.

Michael.

Ehm, also ich gehe mal eher davon aus, dass der neue Algorithmus momentan verwendet wird.
Auch wenn das Protein etwas kleiner ist, berechnet wird es genauso schnell wie das letzte. Aber ich werde mal im FreeDC-Forum anfragen

[mwannema]

hey mädels,

vielleicht schaut ihr mal auf euren kisten nach. bin heute nach der arbeit an meine server dran um das upgrade zu begutachten und ob noch alles ok ist .... und siehe da => auf den rechnern die mehr als eine instanz DF laufen haben startete IMMER nur die erste.

im log steht dann so viel wie , "service started but no response" oder so was ...

=> zeigt auch warum ich so wenig produziert habe

=> und viel wichtiger wenn das bei mehreren kollegen hier so ist, könnten uns dadurch mio. von strukturen durch die lappen gehen, und was das heist wist ihr ja nur zu gut oder ?!!

[Flumsi]

Protein wechsel nächsten Dienstag 28.1.2003

http://www.distributedfolding.org/news.html

Gruss Flumsi