Stefan hat es zwar schon erklärt. Ich will noch ein paar Gründe hinterherschieben.
Die Faltung eines Proteins ist ein sogenanntes quantenmachanisches Mehrkörper- oder Vielkörperproblem

.
Und damit selbst mit den schnellsten Rechnern der Welt, ab einer gewissen sehr geringen Anzahl von Atomen, nicht mehr lösbar.
Die Funktion von Proteinen hängt vor allem von der Art der Faltung ab. Vereinfacht gesagt muß das sogenannte Aktive Zentrum des Proteins die richtige Form haben damit es funktioniert. Man kann díe Form des Proteins zur Zeit nur durch sehr aufwendige Röntgenstrukturanalysen

bestimmen. Das Ziel von Distributed Folding ist es zu beweisen das man mit mit einem neuen (immer noch aufwendigen) Algorithmus die entgültige Form eines Proteins rechnerisch bestimmen kann.
Nachdem sich ein Protein gefaltet hat befindet es sich in einem Zustand der von der Energie her gesehen in einem Minimum befindet. Wenn nicht, würde es sich solange verändern bis es sich in einem befindet. Das ist dann ein zeitabhängiges quantenmechanisches Vielkörperproblem

. Das will Folding@home lösen.
Zum Beispiel wird vermutet das BSE und die ganzen ähnlichen Krankheiten von einem sogenannten Prion erzeugt werden. Das ist nichts anderes als ein Protein das sich umgefaltet hat und dadurch total anders wirkt. Leider wirkt das Prion autokalaytisch, d.h. es bringt Proteine in der Umgebung dazu sich ebenfalls umzufalten. Die Verklumpen und zerstören dann mit der Zeit das Gehirn. Dazu ist es natürlich notwenig zu verstehen wie die Proteine falten.
Ich hoffe ich habe jetzt genug Verwirrung verursacht.
Servus
Werner