Wieso werden die Proteine so unterschiedlich bewertet?

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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quetzalcoatl

Wieso werden die Proteine so unterschiedlich bewertet?

#1 Ungelesener Beitrag von quetzalcoatl » 22.11.2002 07:45

Ich hab zwar in einem Posting von Michael schon gelesen das alle Proteine
auf einem Celeron@500 gemessen und bewertet werden, aber irgedwie kann ich mir das nicht recht erklären. Die Proteine (160-172) für die man zwei Punkte bekommt macht meiner (Athlon XP 1800+) in ca. 8 Stunden,
jetzt bekomm ich seit ein paar Tagen die 184-210 (7.6-9 Punkte) und für diese brauch ich 20 Stunden.

Zusammenfassung: (24 Std.)

Protein 160-172 Punkte: 6 (lt. Statsman: Daytotal: 30)
Protein 184-210 Punkte: 9 (lt. Statsman: Daytotal: 54)

Soweit ich beobachten konnte wird nichts mit der Gromacs Core bearbeitet, also kanns daran nicht liegen.
Diese Werte konnte ich bei anderen Rechner auch beobachten.

Wäre schön wenn sich das ein wenig angleichen würde (hab schon angst das die 184-210 Proteine/Server nicht mehr erreichbar sind).


Gruß,
quetzalcoatl

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Michael H.W. Weber
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#2 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 22.11.2002 09:33

Du bist sicher, daß in allen Fällen kein GROMACS "core" verwendet wird und daß Du nicht bei dem einen oder anderen Protein den Rechner noch mit anderem ausgelastet hast?
Wäre schön, wenn Du genaue "frame times" angegeben könntest (aus dem jeweiligen "FAHlog.txt" und "queue.dat"). Benötige noch OS und CPU-Typ - dann könnte ich mal erfragen, was da schief läuft.

Michael.
Zuletzt geändert von Michael H.W. Weber am 26.11.2002 12:16, insgesamt 1-mal geändert.
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quetzalcoatl

#3 Ungelesener Beitrag von quetzalcoatl » 22.11.2002 10:23

Danke für deine schnelle Antwort :)

Ich könnte dir ein paar FAHlog.txt dateien anhängen wenn ich wüsste ob es hier möglich ist dateien anzuhängen (hab zumindest keine funktion gefunden).

Drei FAHlog.txt kannst du dir hier downloaden: www.system-impuls.de/downloads
Es liegt einmal in .zip und einmal in .tgz (weil du dir ja letztens Mandrake installiert hast :) ) format dort. In dem zip sind drei
Verzeichnisse mit drei FAHlog.txt und queue.dat.
Und eine ungepackte (meine aktuelle, mit 166 und 185 Proteine).

Zuhause auf meinem Rechner sind noch aussagekräftigere logfiles, da der Rechner immer 24/7 läuft und in der Zeit (9-19 Uhr) während ich arbeite keinerlei Auslastung hat.
Heute Abend werde ich auch diese logfiles zum download anbieten können.

hier mal ein kleiner auszug aus dem log (Protein: 166):
[15:14:36] Finished a frame (1)
[15:26:36] Finished a frame (2)
[15:38:36] Finished a frame (3)
[15:50:35] Finished a frame (4)
[16:02:36] Finished a frame (5)
[16:14:32] Finished a frame (6)
[16:25:00] Finished a frame (7)
[16:36:22] Finished a frame (8)
[16:47:26] Finished a frame (9)
[16:59:39] Finished a frame (10)
-----------------------------------------------------------------------------
OS: Linux (2.4.19)
CPU: AthlonXP 1800+ (Palomino)

An der Auslastung kanns eigentlich nicht liegen.
Man sieht auch sehr schön in den Logfiles das ich nur 1-2 mal eine Gromacs Core hatte.

Danke für deine Hilfe :)

Gruß,
quetzalcoatl

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#4 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 26.11.2002 12:27

Ich habe mir das nun noch einmal genau angesehen und Du hast vollkommen Recht. Die Proteine sind auf der Stanfordseite komplett falsch bewertet. :attention: Entweder ist das bloß ein Fehler in den Einträgen auf deren Seite oder es gibt tatsächlich inkorrekte "credits". :worry: Hast Du selbst mal überprüft, was Du in der Praxis an Punkten für die p166, p161 und p202 WUs bekommen hast, damit man die beiden Fälle unterscheiden kann?

Michael.
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quetzalcoatl

#5 Ungelesener Beitrag von quetzalcoatl » 27.11.2002 16:52

Wenn mich nicht alles täuscht, habe ich die Punkte bekommen die auf der Seite angeschrieben waren. Sprich etwa 2 Punkte (für < 180) und 7.6-9 (für 184-205). Mir ist es eben aufgefallen, als unser Daytotal so angestiegen ist, obwohl wir keine neuen Rechner dazubekommen haben, nur eben haben alle Rechner von da an die 184-205 Proteine berechnet.

Puh! (zum glück hab ich mich nicht verkuckt - wäre etwas peinlich gewesen :) )

Naja, wäre schön wenn du das mal zur sprache bringen könntest. :)

Gruß,
quetzalcoatl

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#6 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 27.11.2002 18:42

quetzalcoatl hat geschrieben:Naja, wäre schön wenn du das mal zur sprache bringen könntest.
Ok - dann werde ich mich mal drum kümmern...

Michael.
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quetzalcoatl

#7 Ungelesener Beitrag von quetzalcoatl » 27.11.2002 19:03

Danke :)

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#8 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 28.11.2002 11:34

Hier habe ich es gepostet.

Ich mußte auch feststellen, daß die relevanten Projekte p161 & p166 nicht mehr in der Projektliste auftauchen - also wohl abgeschlossen sind.

Michael.
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quetzalcoatl

#9 Ungelesener Beitrag von quetzalcoatl » 28.11.2002 20:38

Ja, hab ich auch gerade feststellen müssen. :(

Danke trozdem! :)


Gruß,
quetzal

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#10 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 05.12.2002 14:13

Jetzt sind die Projekte p161 & p166 plötzlich wieder in der Liste enthalten - aber immer noch unterbewertet. :crazyeyes:
Ich denke, da müssen wir nochmal eingreifen... :roll:

Michael.
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quetzalcoatl

#11 Ungelesener Beitrag von quetzalcoatl » 06.12.2002 19:03

mist :( ich hoffe ich bekomme keine von denen :)

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