RKN als erste deutsche DIY-BioTechnology Community

[Michael H.W. Weber]

Von der Idee uns irgendwo zu integrieren halte ich jedoch nichts...

Sehe ich auch so, das sollte uns aber nicht davon abhalten, mit anderen Kontakt aufzunehmen. Ich habe die Mailingliste vom Marburger Hackerspace abonniert und da scheinen mir Leute dabei zu sein, die vor allem in Sachen Elektronik und Programmieren etwas beitragen könnten. Müssen wir mal gucken, ob die Interesse haben. Ich denke da z.B. konkret an die Entwicklung eines ganz netten Pipettierroboters, den man zu Hochdurchsatzuntersuchungen ein setzen kann.

Weiterhin sollte geklärt werden wenn wir damit ansprechen? Dadurch wird nicht die Familie von nebenan auf uns aufmerksam sondern wieder "nur" diejenigen vom Fach "DC" ... das Thema hatten wir bereits weiter oben ....

...womit wir wieder beim Thema Außenwerbung wären. Da muss nun wirklich was passieren. Wie sagte einer meiner ehemaligen Chefs mir vor vielen Jahren ganz richtig: "Michael, Sie können so genial sein, wie sie wollen - wenn Sie nichts publizieren, wird es nie jemand erfahren."

Auch denke ich das man im Vorfeld DIY-Verträge anderer Org. durchforsten sollte. Denn wenn es nicht mein Sequenzierer (oder jedes andere Gerät) ist, kann ich ihn auch schnell mal mit Marmelade füllen ... also bitte erst rechtliches Prüfen ... niemand von uns hat Lust das "Gifte für den Massenmarkt" in einem Labor unter unserem Namen entstehen ^^

Naja, also das ist wohl nahezu ausgeschlossen, dass irgendwer ein "Terrorprojekt" durchführen könnte, ohne das es uns auffallen würde, denn Geheimforschung ist es ja gerade nicht, was wir wollen.

Deshalb muss man auch weiterhin die Finanzierbarkeit (was stellen wir, was der DIY-Veteran, kann soetwas unter unserer Federführung mit aktuellen Stand der Satzung und der Haftpflicht überhaupt laufen??)

Die Satzung müßten wir anpassen, die Haftpflicht wird sich definitiv nicht auf eine Laborbereich erstrecken. Da müssen sich die Leute selbst absichern.

Was wird gebraucht an Material ... wir sind bestimmt nicht die ersten die bei Firmen anklopfen und Altgeräte anfragen ...

Da stelle ich gerade ein kleines Pamphlet zusammen, was man als Minimalaustattung bräuchte. Ich habe auch schon ein recht interessantes Projekt ausgeknobelt, in das man Schulklassen super einbinden könnte.

Was ist mit der Webseite...

Die hatten wir doch gerade neu gemacht. Oder was genau meinst Du jetzt?

Wenn ich auch noch mal etwas in den Raum werfen darf ...
RKN-App für alle gängigen Smartphones und Tabletts (for Free, mit Spendenfunktion, mit Pro-Version die dann aktuelle Stats anzeigt) wäre wünschenswert ... damit könnte man anfangen

Und was genau soll diese App machen?

Michael.

[M. Franckenstein]

Du hast ja recht, die Mainpage wurde echt gut neu gestalltet ...

Eine App. würde uns die Möglichkeit einer besseren Assendarstellung geben ...

Mittels Push (keine Ahnung wie es bei anderen Anbietern heißt, bei iPhone nennt es sich Push) könnte man wichtige News direkt auf das Device senden ...
Die App. Könnte man umsonst anbieten, via inapp-Kauf lassen sich Beträge spenden ... Machen viele Anbieter so ... Und es wird auch genutzt ....
Man kann auch Spezial-Features anbieten ... Wie zum Beispiel eine Übersicht der laufenden Programme eines Users, bzw. die Stats anzeigen lassen ...
Oder einfach nur ein smartphone-optimiertes Forum ....
Also der Anwendungsbereich einer gut programmierten App. ist quasi grenzenlos ...


Weitergesponnen lassen sich vielleicht später mal DistributedThinkingProjekte auf Tabletts und Smartphones optimiert anpassen ...
Oder eine Art DCSpiel das jung und alt an DC heranführt ...

Naja an soetwas habe ich gedacht ^^

[Dennis Kautz]

Remotesteuerung der Crunch-PCs über Tablet PC hätte was...

[Torbjörn Klatt]

Remotesteuerung der Crunch-PCs über Tablet PC hätte was...

Gibts doch schon. Zumindest für BOINC. Funktionierte in meinen Fällen auch mal.

Back to topic?

[Dunuin]

Stimmt, so eine App wäre wirklich klasse um Leute herzuführen.
Wirklich viel wirft einem der Android-Store zum Thema BOINC nicht aus.
Von App-Programmierung habe ich allerdings auch keine Ahnung. Ich weiß nur bei Apple muss man um die 100? im Jahr zahlen, damit man etwas veröffentlichen darf, selbst wenn es kostenlos sein soll.

Ich könnte höchstens bei Websachen (PHP, JS, MySQL) oder kleineren Geräten (z.B. Zentrifugendrehzahlmessung und -Steuerung per uC) helfen.

[Michael H.W. Weber]

So, also ich würde gerne in Stufe I gemeinsam einen computergesteuerten Pipettierroboter bauen wollen, der im Mikroplate-Format Hunderte von Agarplatten giessen und mit Testlösungen beträufeln kann. Ob der nun Fischertechnik- oder Lego-Elemente hat oder nicht - egal. Je kreativer, desto besser. Nur funzen muß er. Und zwar vollautomatisch.

Wer hat Ideen? Wer macht mit?

Michael.

[Dunuin]

So, also ich würde gerne in Stufe I gemeinsam einen computergesteuerten Pipettierroboter bauen wollen, der im Mikroplate-Format Hunderte von Agarplatten giessen und mit Testlösungen beträufeln kann. Ob der nun Fischertechnik- oder Lego-Elemente hat oder nicht - egal. Je kreativer, desto besser. Nur funzen muß er. Und zwar vollautomatisch.

Wer hat Ideen? Wer macht mit?

Michael.

Ich glaube dazu solltest du dann nochmal einen eigenen Thread aufmachen. Das wird ein Monsterprojekt. Oder vielleicht gleich passend dazu noch ein eigenes Subforum für ein DIY Labor.
Man kann mal gucken, ob es da schon OpenSource-Projekte für SMD-Bestückungsroboter gibt. An so einem hätte ich auch mal Interesse, dann muss ich mich da nicht mehr selbst mit der Lupe und Pinzette abquälen.
Im Endeffekt macht der ja auch nichts anderes wie in einer Ecke etwas aufnehmen, dann zu einer Position im Koordinatensystem zu fahren, um es dann da mikromillimetergenau zu platzieren. In deinem Fall brauchst dann halt nur am Arm eine Pipette wo ein Schlauch von einer Pumpe dran ist. Wie stellst du dir das mit dem Sterilisieren vor? Wenn wir damals im Bio LK Bakterien auf Petrischalen vermehrt haben, dann haben wir die Pipetten immer in den Bunsenbrenner gehalten. (Wir hatten da mal 2 resistente Bakterienstämme zu einem superresistenten gezüchtet. Ich glaube das war zum Demonstrieren des Gentransfers. Auch meine einzige Erinnerung an Petrischalen )
Das müsste der Roboter dann ja auch noch irgendwie immer zwischendurch machen.
Eine DIY CNC-Fräsmaschine/Plotter kommt dem sonst auch schon recht nahe. Da könnte man sich das mit Abfahren des Weges auch schon abgucken.
Kommunikation zwischen PC und Microkontroller ist auch nicht so das Problem. Das geht ganz easy über einen USB-zu-RS232 Wandler (fertige bestückte Platine für 5?) oder über einen Bluetooth-Stick am PC(rund 10?) und einem Bluetooth-IC (z.B. BTM222 für rund 15?) welche beide das SPP-Protokoll unterstützen. Das ist dann ein fertiges emuliertes RS232 zu RS232 über Funk. Dann braucht man natürlich noch eine eigene PC-Software, welche RS232 (also Com-Port) als Schnittstelle hat (dürfte mit so ziemlich jeder Programmiersprache gehen).

Bei deiner Pipetiermaschine hast wengistens den Vorteil, dass das nicht so genau sein muss. Da kannst ja ein Raster auf eine Platte malen und dann Vertiefungen für die Petrischalen reinfräsen. Dann haben die Schalen immer den gleichen Platz und am PC gibst dann nur die Koordinaten der Schalen mit "X9/Y18" an. Ob der Arm dann 2 oder 3 mm daneben liegt, ist dann ja auch nicht wirklich schlimm. So klein sind die Schalen ja nicht. Vermutlich hätte ich da für die Strecke des Armes diese Zahnradstangen genommen und dann einen Schrittmotor mit Zahnrad dran, der dann die Stangen abfährt. Das ganze dann halt für die X- und Y-Achse. Z-Achse vielleicht über einen schnellen Linear-Schrittmotor (die kosten aber leider einige hundert Euro). Billiger als Schrittmotoren (wenn auch nicht so genau) wäre sonst auch ein normaler Motor. Da müsste man dann abschätzen wie schnell und lange sich der Drehen muss und mit Gabellichtschranke oder Drehgeber die Umdrehungen messen zum hochrechnen der zurückgelegten Strecke. Auf den Nullpunkt kalibrieren könnte sich der Arm dann z.B. immer nebenbei an einem "Türstopper" mit Mikrotaster beim Sterilisieren im Koordinatenursprung. Linearmotoren gibt es auch öfters gebraucht bei eBay. Die gehen meist echt zu Schnäppchenpreisen weg (also unter 100? z.B.) weil da wohl die wenigsten wissen, was die neu wirklich kosten.

Wenn ich mir das Recht überlege, wäre Unterdruck vielleicht doch besser wie eine Pumpe wegen dem Pipettieren. Ich habe für mein Elekrolabor z.B. mal einen Laborkompressor abgestaubt. Der macht knapp 1 Bar Unterdruck. Wenn so einer dann im Hintergrund läuft und im Druckbehälter immer den gleichen Unterdruck hält, könnte man einfach ein Elekromechanisches Ventil nehmen und das dazwischen setzen. Je nachdem, wie lange man nun das Ventil öffnet, wird halt mehr oder weniger der Lösung in die Pipette gesaugt. Die Lösung bleibt dann so lange in der Pipette, bis man ein 2. Ventil öffnet, welches dann Raumluft in den Schlauch lässt. So ein Laborkompressor hat neben Unterdruck natürlich auch noch einen Anschluss für Überdruck. Den könnte man eigentlich auch noch nutzen, um über ein 3. Ventil kurz vor dem Sterilisieren die letzten Reste aus der Pipette zu pusten.

So würde ich mir das wenigstens mit meinen verschwommenen Laborkentnissen aus dem Biounterricht grob vorstellen.

Aber bitte nicht die Asimovschen Gesetze vergessen zu implementieren, wenn schon an Robotern mit Flammenwerfern gebaut wird. *grins*

PS:
Solltest dann nochmal ausmessen, wie groß so eine Petrischale ist und wieviele Reihen/Spalten da auf einmal befüllt werden sollen. Dann kann man sich die Dimensionen besser vorstellen. Je größer das Ganze wird, desto schneller muss ja auch der Arm fahren. Und die Höhe ist auch wichtig. Wenn man den Arm nur ganz knapp über die Schalenränder hebt, spart man natürlich ordentlich Zeit.

[M. Franckenstein]

vielleicht ist es ratsam im Forum einen eigenen Bereich zu kreieren. Dort könnten dann die Einzelprojekte des DIY seperat besprochen werden ...

[Michael H.W. Weber]

@Dunuin: Ich hatte an ein Mikrotiterplattenformat gedacht. Die gibt es mit unterschiedlich vielen Näpfchen bei immer gleichen Außenabmessungen - auch groß genug, um Agarplatten reinzugiessen und was an Bakterienkolonien drauf sehen zu können.
Bezüglich der Sterilität ist die einfachste Lösung, den Roboter in einer Cleanbench stehen zu haben. Die baut man sich als Plexiglaskasten mit verschiebbarer Frontscheibe, UV-Lampe und Abzugsventilatoren im Dach - alles DIY eben.

Michael.

[Dunuin]

Und kein zusätzliches Säubern der Pipette?
Dachte da an den Fall man will einen Bakterienstamm von Behälter A nach Zeile 1-4 pipettieren und Stamm B nach Zeile 5-8, damit man keine 2 Durchläufe braucht.
Dann müssten die Reste von Stamm A ja an der Pipette abgetötet werden, wenn man von Zeile 4 nach 5 wechselt, damit man den nicht in Zeile 5-8 hat.
Oder geht da dann generell eh nur ein Stamm zur Zeit, damit sich nichts über die Luft oder durchs Spritzen übertragen kann?

Wie sieht das bezüglich Verunreinungung durch die Maschinen aus? Motoren und dessen Wellen muss man ja eigentlich fetten. Bei meiner kleinen Weinpumpe muss ich ja z.B. lebensmittelechtes Öl nehmen und die Pumpe musste aus Edelstahl sein. Bei Laborbedingungen ist das sicher kritischer.

So einen Vakuum-Kompressor müsste man sich auch selbst bauen können.

sterile Luft der Kabine -> Ventil A -> T-Stück -> (Unter)Drucksensor -> Fass als Druckbehälter -> Ventil C -> Membranpumpe -> Ventil D -> sterile Luft der Kabine
Pipette -> Ventil B -> T-Stück (das von oben)


Wenn man dann basierend auf den Daten vom Drucksensor die 4 Ventile über einen Microcontroller steuert, dann sollte man eigentlich gut Pipettieren können. Vielleicht noch ein Notventil irgendwo, was sich automatisch öffnet, wenn der Unterdruck zu stark wird, damit nichts implodieren kann. Ist die Frage, ob da nicht ein fertiger gebrauchter Laborkompressor billiger ist.

[Michael H.W. Weber]

Wir verwenden Einwegpipetten(spitzen).
Ich dachte bei dem ganzen Mikrocontrollergedöns an den Einsatz von Arduino oder ist das nicht geeignet?
Ansonsten kommen doch jetzt schon ein paar nette Ideen zusammen.
Ich werde am Donnerstag auf den Marburger Hackerspace-Stammtisch gehen - falls der stattfindet.

Michael.

[Michael H.W. Weber]

Ich werde am Donnerstag auf den Marburger Hackerspace-Stammtisch gehen - falls der stattfindet.

Hmmm, seit heute kann ich weder fehlerfrei auf deren Mailingliste posten noch deren Webseite erreichen.

Michael.