FahCore_78 ???

[Bommer]

Hallo

Steht das was neues vor der Tür ??? Ich hab bei letzten Upload einen neuen Core gedownloaded. Das Protein nennt sich DE NOVO Protein in Water !!! Es soll 1.2 Mio Steps rechnen. Ich bin mal gespannt wie lang das dauert.

Hat sonst noch jemand hier dieses "neue" Teil ??

Cu Bommer

[Michael H.W. Weber]

Das ist eines der WUs, die auf Basis des neuen "GROMACS cores" berechnet werden.

Michael.

[Bommer]

Das Ding ist aber sehr aufwendig. Ich rechne nun schon 12 Stunden rum und hab gerade mal 47 % mit einem 1200 MHz AMD Athlon. Kommen das nun mehr dieser Teile ???

Cu

[Michael H.W. Weber]

Der GROMACS "core" rechnet 10-20% schneller als der bisherige "core" auf Basis von TINKER. Allerdings erlaubt GROMACS eine Reihe von neuen Untersuchungen, die bislang nicht möglich waren. Diese sind teilweise sehr anspruchsvoll, da sie die Lösungsmittelmoleküle miteinschließen können. Es ist also alles in Ordnung - auch wenn es lange dauert. Du solltest dafür ja auch entsprechend mehr "credits" bekommen. Kannst ja mal auf der "project summary"-Seite nachsehen:

http://folding.stanford.edu/psummary.html

Hier stellst Du fest, daß Deine WU eine Abgabefrist von 10 Tagen hat und Dir ganze 5 "credits" einbringen wird.

Zum zweiten Teil Deiner Frage: Nein. Es werden immer auch WUs auf Basis von TINKER ausgegeben, d.h. Du darfst mit einem statistischen Querschnitt aller WUs rechnen - wie bislang ja auch.

Michael.

[mwilk]

Hallo!

Also die Linux-Leute bekommen glaub schon seit einer knappen Woche eigentlich nur noch Gromacs zu rechnen

An der Linux-Version sieht man (anscheinend), dass der Code recht optimiert ist auf die jeweiligen Prozessoren:
Kernel 2.2.x (ohne SSE) => 30 Minuten pro % => 50 Stunden
Kernel 2.4.x (mit SSE) => 13 Minuten pro % => 24 Stunden
(Coppermine Celeron 866)

Leider habe ich noch keine Gromacs für meinen Windows-Rechner bekommen, bin aber mal gespannt, wie schnell das im Vergleich zu den Linux-Rechner durchrennt

[Bommer]

Hallo

Also mein Cromacs Teil (De Novo Protein in Water) ist mit 1,2 Mio. Steps nach 26 h und 20 min durchgerechnet gewesen (die CPU AMD 1200 MHz unter WIN XP Prof. wurde immer zu 99 % ausgelastet). Ich finde das hat schon ganz schön lange gedauert. Hat jemand nun Vergleichszahlen ???

Cu Bommer

[Michael H.W. Weber]

Also mein Cromacs Teil (De Novo Protein in Water) ist mit 1,2 Mio. Steps nach 26 h und 20 min durchgerechnet gewesen

So schnell fertig? Absolut kewl - also mein TBird@1.1GHz braucht bereits für ein popeliges Protein A mit dem TINKER "core" bereits ca. 21 Stunden. GROMACS "kicks ass" würde ich da mal ganz locker vom Stapel lassen.

Michael.

[mwilk]

Hat jemand nun Vergleichszahlen ???

Jetzt ja: 21h49min auf einem Celeron-866 mit Linux
Das überrascht mich jetzt. Liegt das am Betriebssystem oder am Prozessor? Ich bin davon ausgegangen, dass der AMD eigentlich einiges mehr an FPU-Leistung hat als die alten PIII-Celerons?!

CU

[Michael H.W. Weber]

generell gilt: GROMACS ist CPU-optimiert, d.h. erkennt, welche CPU in der Kiste hockt und erlaubt dann sowohl Ausnutzung von 3DNow, SSE2, usw. Das wird zur Folge haben, daß evt. der massive Vorteil von AMD CPUs gegenüber Intel bei Nutzung des GROMACS "cores" ausgebügelt wird. Umso besser! Kommt nämlich mehr an Ergebnissen in kürzerer Zeit dabei heraus.

Wie das jetzt beim Vergleich von TBird mit Celeron P-III genau aussehen müßte, kann ich mangels Kenntnissen über CPU-Architektur nicht komentieren... Habt ihr beiden denn GENAU dasselbe Projekt bearbeitet (also die gleiche WU-Sorte)? Ansonsten wäre es ja eh' nicht vergleichbar.

Übrigens macht auch das OS einen Unterschied. Interessanterweise ist normalerweise Linux den Windoof'lern unterlegen wegen des unter Linux mieserableren FORTRAN Compilers.

Michael.

[mwilk]

Hallo!

@Michael: wir meinen schon das gleiche Protein: DE NOVO PROTEIN in water

Ab PIII können mit den SIMD-Befehlen bis zu 4fach nebenläufig Fließkommaoperationen ausgeführt werden. Gleichzeitig dazu kann auch die FPU-Einheit arbeiten. Zu den neuen AMDs kann ich leider nichts sagen, die alten hatten aber glaub ich "nur" 2fach nebenläufig arbeitende Rechenwerke für ihre 3Dnow!-Befehle.

Anyway: Gratulation an die Programmierer! Hat vielleicht noch jemand Vergleichswerte von einem P4? Wäre echt mal interessant, wie der abschneidet (eigentlich ideale Anwendung für so schnuckige Sachen wie Trace-Cache & Hyperpipeline )

[Michael H.W. Weber]

Hat vielleicht noch jemand Vergleichswerte von einem P4?

Dies ist die diesbezüglich bislang umfangreichste Sammlung von "benchmarks" - ob sie aber die gewünschten Daten enthält, mußt Du mal selbst nachsehen. Immerhin wird sie laufend erweitert, also von Zeit zu Zeit mal wieder reinsehen...

http://home.attbi.com/~wxdude1/emsite/foldspeed.html

Gruß,
Michael.

[Euler]

Die Sache ist furchtbar einfach.
Der "alte" T-Bird hat keine SSE Infrastruktur, daher ist er dem 866 MHz
Celeron virtuell unterlegen, da die GROMACS Geschichte absolut SSE zentrisch programmiert ist.
Ob 3DNow! unterstützt wird weiß ich nicht, müßte im Protokoll des cores
stehen.
Aber auch dann, wird SSE immer schneller sein.
(Ansonsten hätte AMD es nicht bei den Palomino cores nachgerüstet.)

Ciao

Euler