Achtung! Proteinwechsel!

[Bananeweizen]

So, das neue Protein hat wiederum 83 Aminosäuren.

Das verwundert mich ein wenig. Auf der CASP-Seite http://predictioncenter.llnl.gov/casp5/ ... age=casp5/ gibt es nur ein einziges mit 83 Aminosäuren, wenn ich das richtig interpretiere.

EDIT: Alles klar jetzt: Wer immer noch 83 Aminosäuren hat, sollte nochmal beenden und neustarten. Es müssen 163 sein.

Ciao, Michael.

[Pascal]

Ein Kommentar von mir:
Also, der Client, den ich gedownloaded habe, hat ein Protein mit 163 Aminosäuren, und beim Upload vor einer Minute konnte ich sehen, daß ich einen RMSD von 73.xx anerkannt bekommen habe.

Ob das nun der wirklich richtige Client ist, kann ich allerdings auch nicht sagen.

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eben mal ein wenig korrigiert. Ich sollte weniger arbeiten, dann passieren weniger Fehler. *inselbstmitleidverfall*

[Michael H.W. Weber]

@MHWW: Könntest Du zum aktuellen Stand noch nen kleinen Kommentar loslassen? Danke im Voraus

Ja also die haben wohl auf die neue Serverstruktur umgestellt, welche jetzt in der Testphase ist. Demnächst - hoffentlich also schon ab kommendem Dienstag - können wir darauf hoffen, daß auch die alten Strukturen beim Proteinwechsel noch hochgeladen werden. Alles weitere steht hier:

Coming Soon

- New back-end to handle larger user base
- tracking of date of entry on top-10 structure list
- server will allow uploads of previous protein, for a few days after changeover
- user-customizable upload interval
- teams will have leaders
- team leader can change team name

Mit "homology modelling" ist eine Methode gemeint, bei der zunächst einmal die Aminosäuresequenz eines strukturell unbekannten Proteins (z.B. auch ein CASP5-Target) mit Datenbanken verglichen wird, die Strukturen von Proteinen enthalten. Wird in solch einer Datenbank eine Sequenz gefunden, die eine gewisse Ähnlichkeit - das sind üblicherweise mindestens 25% - aufweist, so versucht man auf Basis der bekannten Struktur die unbekannte zu modellieren, indem man - vereinfacht gesagt - mit Hilfe von leistungsstarken Computern die unbekannte Sequenz auf der bekannten Struktur abbildet. Ich selbst habe diese Methode schon im größeren Stil eingesetzt und auf der Basis bekannter Experimentalstrukturen die Strukturen aller Proteine vorhergesagt, die eine sogenannte Kälteschockdomäne besitzen. Wenn es interessiert - hier ist der Link zu meinem Paper:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/quer ... t=Abstract

Das Ganze findet sich dann in einer Datenbank, die im Augenblick NUR mit dem MS Internet Explorer 5 (oder höher) läuft:

http://www.chemie.uni-marburg.de/~csdbase/

Eine Umstellung auf Plattform- und Browserunabhängigkeit ist weitestgehend fertiggestellt und wird in den nächsten Wochen ans Netz gehen.

Naja, und genau auf diesem Prinzip beruhend, wollen die Betreiber von DF nun auch arbeiten.

Michael.

[vfrey]

Ich hab' eines mit 135...

[Michael H.W. Weber]

So, das neue Protein hat wiederum 83 Aminosäuren.

Das verwundert mich ein wenig. Auf der CASP-Seite http://predictioncenter.llnl.gov/casp5/ ... age=casp5/ gibt es nur ein einziges mit 83 Aminosäuren, wenn ich das richtig interpretiere.

EDIT: Alles klar jetzt: Wer immer noch 83 Aminosäuren hat, sollte nochmal beenden und neustarten. Es müssen 163 sein.

Ciao, Michael.

Köstlichst! Soviel zu deren Tests mit dem neuen "backend". Also meine beiden W2K-Maschinen haben ohne Fehlermeldung den kompletten Aktualisierungsprozeß durchlaufen, jeweils 1000 Strukturen generiert und dann habe ich sie manuell (also durch Drücken von "q") hochladen lassen - klappt scheinbar problemlos - evt. Meldungen kann ich visuell nicht entnehmen, da W2K das Fenster SOFORT schließt. Nach Neustart rechnet die Kiste auch ohne Fehlermeldungen los.

@Bananeweizen: Woher entnimmst Du, daß es sich um 163 Aminosäuren handeln muß? Das CASP5-Datenblatt, welches Du oben verlinkt hast, zeigt ja eine ganze Palette von noch nicht berechneten Proteinen. Ich gehe eigentlich davon aus, daß die gemäß des CASP-Abgabedatums durchgerechnet werden sollen, wobei einige durchaus übersprungen werden könnten.

Ich werde jetzt unter W98SE nochmal manuell das Update holen und dann nachsehen...

Michael.

[Bananeweizen]

@Bananeweizen: Woher entnimmst Du, daß es sich um 163 Aminosäuren handeln muß?

Weil im FreeDC-Forum nur Leute gepostet haben (mindestens 4) bei, denen es 163 waren. Ist doch signifikant, oder?

Ciao, Michael.

[Pascal]

Übrigens erfolgt von Client ein Upload nun nach standardmäßig 2000 erzeugten Proteinstrukturen.

Korrektur zu meinem letzten Beitrag: der momentan beste RMSD von 73,xx ist natürlich nicht von mir. Fehler MEINERSEITS

[Michael H.W. Weber]

@Bananeweizen: Woher entnimmst Du, daß es sich um 163 Aminosäuren handeln muß?

Weil im FreeDC-Forum nur Leute gepostet haben (mindestens 4) bei, denen es 163 waren. Ist doch signifikant, oder?

Das möchte ich meinen!

Übrigens erfolgt von Client ein Upload nun nach standardmäßig 2000 erzeugten Proteinstrukturen.

Allerliebst! Nach meinem "autoupdate" unter W2K war das Hochladen in der Tat auch auf alle 2000 Strukturen angesetzt - auch wenn das Protein eines mit 83 Aminosäuren war.

Bei dem neuen, richtigen Protein (mit 163 Aminosäuren) handelt es sich dann also um:

http://predictioncenter.llnl.gov/casp5/ ... 8.doc.html

Ich lade gerade manuell runter, nachdem W98 einen Autorisierungs- oder Datentrafficfehler meldete. W2K habe ich nochmals hochladen lassen und neu gestartet - jetzt läuft das Autoupdate nochmals an... mal sehen...

Michael.

P.S.: Gut, daß ich die ganze Zeit meine Kiste mit TSC beschäftige...

[Michael H.W. Weber]

Ok. Heute Abend ca. 18:00 dürfte dann wohl wieder ein Proteinwechsel ins Haus stehen - also nicht vergessen, rechtzeitig hochzuladen (dem neuen "back end" vertraue ich jedenfalls noch nicht). Wollen wir mal hoffen, daß es diesmal wieder ein kleineres Protein wird.

Michael.

[Rechtsconsulter]

Nach dem Update sollte man checken, ob auch tatsächlich mit dem neuen Protein gerechnet wird. Beim letzten Update hatte das Protein nämlich danach immer noch 83 Aminosäuren (oder waren es 86?), obwohl es 163 hätten sein müssen.
Da dann aber die Ergebnisse wegen des "alten" Proteins nicht angenommen wurden, konnte man den Fehler schnell feststellen. Das dürfte ja jetzt nicht mehr passieren, da alte Proteine angenommen werden.
Sollten daher heute abend wieder 163 Aminosäuren vorliegen - aufpassen!

Tschau RC

[Pascal]

der Wechsel ist erfolgt. Das neue Protein hat - laut meinem Textclient - 85 Aminosäuren.

FALTET RAN, es geht flott

[Michael H.W. Weber]

Heute Abend ist es wieder soweit - DF wechselt das CASP5-Targetprotein. Ärgerlicherweise kann ich schon den ganzen Morgen nichts hochladen. Ich vermute, die Server sind überlastet.

Michael.