Kooperationsprojekt mit Vijay Pande's Gruppe

[Michael H.W. Weber]

Okay, also die Umfrage auf www.folding.de.tf wird noch 2 weitere Wochen laufen, danach ausgewertet und hier gepostet. Dann steht noch ein Zusatzumfrage an und danach sollte es dann los gehen. Wer von den FAH/GAH-Interessierten also noch nicht gewählt hat, möge das nachholen und sich - falls nicht schon geschehen - auf www.folding.de.tf ggf. registrieren.

Michael.

[Michael H.W. Weber]

Unsere Umfrage zum Thema, ob wir versuchen sollten, ein Kooperationsprojekt mit Vijay's Arbeitsgruppe aufzubauen, wurde von knapp 80% der Umfrageteilnehmer befürwortet. Hier sind die Detailergebnisse, nachdem heute, am 5. Juli 2002 die Umfrage beendet wurde:

Die Frage lautete:
Soll Team Germany der Gruppe um Vijay Pande für F@H & G@H ein Kooperationsprojekt vorschlagen?

72 Stimmen wurden abgegeben.

Die Antworten waren folgende:

79.17% (57 Stimmen) waren dafür [Jawoll, das wäre super!]
8.33% (6 Stimmen) waren dagegen [Nein, das bringt doch nichts!]
6.94% (5 Stimmen) waren nur für FAH [Ja, aber nur für Folding@Home]
niemand war nur für GAH [Ja, aber nur für Genome@Home]
5.56% (4 Stimmen) konnten sich nichts darunter vorstellen [Ich kann mir nichts darunter vorstellen]

Wir haben soeben eine zweite Umfrage zu diesem Kooperationsprojekt erstellt, die ihr oben rechts auf www.folding.de.tf findet. Dabei geht es vorab um die Klärung der Frage, inwieweit unser Team bei einem solchen Projekt auf eure konkrete Unterstützung hoffen kann. Ich gehe davon aus, daß es zu einem solchen Projekt ohnehin nur kommt, wenn Vijay voll dahinter steht. Unter solchen Bedingungen werden die zugehörigen WUs dann sicher auch an alle FAH-Teilnehmer ausgegeben. Ich möchte aber dennoch unseren "Verhandlungsspielraum" genauer abstecken, bevor wir uns da aus dem Fenster lehnen.
Was den Folding@home-Teil des Kooperationsprojekts betrifft, so werden die anvisierten WUs eine Größe um die 70 Aminsosäuren haben. Das wäre ca. ein Drittel größer als die komplexeste WU, die im Rahmen des Folding@home-Projekts bislang ausgegeben wurde. Der Clou: Für diese WUs existieren umfangreiche Experimentaldaten hinsichtlich Struktur, Stabilität und Faltungskinetik. Der genaue Mechanismus der Faltung ist jedoch ungeklärt - hier soll das Projekt Abhilfe schaffen. Auch repräsentiert das von mir ausgewählte Protein eine im Menschen vorkommende Proteinklasse, die an Zellentwicklung und möglicherweise Tumorentstehung bzw. -suppression beteiligt ist.
Der Genome@home-Teil des Kooperationsprojekts setzt an derselben Proteinklasse an. Für diese wurden im Rahmen von Genome@home schon umfangreiche Ersatzsequenzen generiert. Ich habe sie mir besorgt und eingehender untersucht. Einige dieser Sequenzen sollen nun im Labor experimentell geprüft werden, inwieweit sie im lebenden Organismus tatsächlich die Originale ersetzen können. Dazu muß die Aminosäuresequenz zunächst in DNA konvertiert und schließlich im Labor hergestellt werden. Zu diesem Zweck hatten LinuxFan und ich bereits im Dezember letzten Jahres ein DNA-Designerprogramm entwickelt und ins Internet gestellt. Die experimentelle Umsetzung wird nun bald folgen. Ziel dieses Teilprojekts ist es, endgültig die Frage zu beantworten, ob das Genome@home Konzept auch in der Praxis anwendbar ist.

Gruß,
Michael.

[Der Diplomat]

Hallo Michael,

mich würde dabei interessieren, ob es möglich ist, dass WUs nur an uns als Team ausgegeben werden können. Dies hängt wahrscheinlich eher von dem System ab, den Vijay Pandes Gruppe verwendet, als von unseren Agents, oder?

Überhaupt sehe ich in Deinem Wunsch, die Möglichkeit für Studenten bzw. Wissenschaftlern in ärmeren Ländern Computer-Power für ihre Wissenschaftlichen Arbeiten zu bekommen.

Es existiert ja das Globus-Projekt, das leider nur auf Linux läuft und der Individual-User dabei nicht die Zielgruppe darstellt. Es wäre jedoch wünschenswert, wenn es ein neutrales System gäbe, dem jeder Wissenschaftler bzw. Student anhand einer öffentlichen Vorgabe seine "in silico" zu untersuchenden Objekte senden könnte, das dieses "Problem" dann in Teile auflöst und an Rechenkraftler verteilte.

Du bist jetzt bei Deinem Problem auf Vijay abhängig.

Ach ja, Träume, die die Zukunft hoffentlich im Sinne der Wissenschaft wahr macht.

Es gibt ja schon intelligente Redaktionssysteme, bei dem der Schreiberling nur den Text hochladen muss und das System den Artikel dann automatisch im Web an geeigneter Stelle ablegt und verlinkt. Als aktuellen Artikel natürlich auf die erste Seite. Ein solches automatisches System für die Wissenschaftler wäre noch zu programmieren.

Meine Gedanken zum Thema..

Der Diplomat

[sthaler]

Hallo Michael,

bin auch bereit zu dem Projekt zu wechseln. Bin ein "neuer Falter" und kann deshalb noch nicht ganz erkennen ob Projekt für mich geeignet (habe vorher für THINK gerechnet und uns da auch schon gelesen).
Ich habe nur ein Wahlmodem. Das bedeutet für mich ich kann die Übertragung nur einmal am Tag durchführen und selbst das ist nicht immer der Fall. Aber wenn es dafür eine Lösung gibt, ohne daß der Rechner zu viel wartet, bin ich mit dabei.

Sepp

[Michael H.W. Weber]

Jawoll - dann erst mal herzlich willkommen im Team! Einmal pro Tag ans Netz reicht im Prinzip völlig aus. Du kannst ansonsten auch Genome@home parallel laufen lassen, damit die Kiste(n) auch immer ausgereizt sind.

@Der Diplomat: Also im Prinzip dürfte der FAH-Server/Client die Voraussetzungen für spezielle WU-Zuteilung per User-ID haben. Ob davon Gebrauch gemacht werden wird, muß man sehen. Ich spekuliere wie oben angedeutet auch erst mal darauf, daß Vijay meine Vorschläge sinnvoll findet und damit auch voll unterstützt.

Michael.

[Namanao]

Hallo Michael,

wie lange läuft die 2. Umfrage zum Kooperationsprojekt mit Vijay Pande noch.

Namanao

[Michael H.W. Weber]

Noch ein paar Wochen. Ich bin im Augenblick etwas arg eingespannt hier und möchte mit dem eigentlichen Ding nicht beginnen, bevor ich nicht 100%ig auf Zack sein kann. Also bitte noch etwas Geduld.

Michael.

[Namanao]

Danke Michael,

war nur Interessehalber, da nirgens ein Endtermin oder eine Dauer angegeben war.

Namanao

[Michael H.W. Weber]

Okay - letzter Aufruf zur Umfrageteilnahme auf www.folding.de.tf - es gibt ein paar Neuigkeiten hinsichtlich Kooperationsprojekt, die ich in Kürze (nach Auswertung der Umfrage) vom Stapel lassen werde.

Nur soviel vorab: Es sind GUTE Neuigkeiten.

Michael.

[M. Franckenstein]

In wie weit wird sich das positiv für Rechenkraft.net auswirken? Wird die URL oder das Team Rechenkraft (das Team der Webseite) irgendwie erwähnt? Der Ruhm (sofern erfolgreich) sei Dir meinerseits gegönnt.... Ich bin für das Projekt....

[GrafZahl]

Schon ein konkreter Termin geplant?

[Michael H.W. Weber]

Die Kontaktaufnahme mit Vjay in dieser Sache ist bereits abgehakt und er ist an dem Projekt sehr interessiert. Im Augenblick kreiseln allerdings etliche andere Dinge um mich herum, die leider Vorrang haben. Ich poste hier aber sofort, wenn es Neuigkeiten gibt.

Michael.