Aber zu deiner Frage:
Du kannst BOINC im BOINC Manager durch eine Prozentzahl erzählen, dass es auf dem Rechner nur eine bestimmte Anzahl von Kernen gibt. Da Linux die Threads rotiert, hättest du zwar eine feste Anzahl freier Threads, nicht aber bestimmte.
Die wiederum bekommst du, wenn du dein Fraktalprogramm mit Taskset an ihnen festbindest.
Alternativ solltest du BOINC bestimmte Threads zuweisen können, wodurch die Aufgaben auch nur diese Kerne nutzen sollten. (Dies habe ich selbst noch nicht ausprobiert, deshalb kann ich nicht sagen, ob es wirklich einfach so funktioniert.)
