SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

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Michael H.W. Weber
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SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

#1 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 09.08.2020 10:40

Ich habe da mal etwas herumgespielt und einen kleinen Movie einer bislang noch unpublizierten Elektronenmikroskopieaufnahme des SARS-CoV-2 Spike-Proteintrimers gebastelt und über unseren Vereinstwitteraccount gejagt.
Die Strukturdatei fiel mir zufällig beim Stöbern in der PDB-Datenbank auf. :smilered:

Mit etwas Routine bekommt man sowas in 5 Minuten hin und ich spiele mit dem Gedanken, in der Zukunft vielleicht einige der Proteine, die bei anderen biomedizinisch relevanten DC-Projekten im Einsatz sind, in ähnlicher Form aufzuarbeiten und ebenfalls über unseren Twitteraccount vorzustellen. Vielleicht bringt uns das etwas Zustrom an Leuten?

Es wäre auch möglich, eine kleine Tweetserie mit einer Art Anleitung zur Erstellung solcher Darstellungen zu machen. Meint ihr, das wäre interessant?

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Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

#2 Ungelesener Beitrag von Kolossus » 09.08.2020 10:54

:good:
Gruß Harald

Ich habe geweint, weil ich keine Schuhe hatte, bis ich einen traf, der keine Füße hatte. Giacomo Leopardi

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Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

#3 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 10.08.2020 21:59

Michael H.W. Weber hat geschrieben:
09.08.2020 10:40
Mit etwas Routine bekommt man sowas in 5 Minuten hin und ich spiele mit dem Gedanken, in der Zukunft vielleicht einige der Proteine, die bei anderen biomedizinisch relevanten DC-Projekten im Einsatz sind, in ähnlicher Form aufzuarbeiten und ebenfalls über unseren Twitteraccount vorzustellen. Vielleicht bringt uns das etwas Zustrom an Leuten?
Habe mir eben mal den Spass gemacht und die Daten des Rosetta@home-Arbeitsverzeichnisses des Vereinskollegen lupinix ähnlich aufbereitet.
Die Aminsosäuresequenz lies sich nicht in natürlichen Quellen finden, dürfte also ein Designerpeptid sein... :smilered:

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Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

#4 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 12.08.2020 11:22

Konnte heute Nacht wegen der Hitze in der Bude nicht schlafen und kam dann auf die Idee, mal die WCG-Arbeitsverzeichnisse der aktuell laufenden WUs nach Interessantem zu durchforsten. Herausgekommen ist dies.

In den Verzeichnissen liegen natürlich auch die auf die Papain-artige SARS VoV-2 Protease zu dockenden Wirkstoffkandidaten herum (dort läuft ja Autodock). Bei Gelegenheit bastel ich davon vielleicht mal 'ne kleine "gallery". Pro WU werden offenbar zwei Protease-Varianten und ein bis drei Wirkstoffkandidaten (aus der ZINC-Datenbank) bearbeitet.

Man wird aus den beiliegenden Steuerdateien vermutlich auch entnehmen können, wo der Fokus der Dockingrechnungen liegt (aktives Zentrum der Protease: In Autodock muss man einen "Suchraum" innerhalb des Proteins definieren; Papain ist eine Cysteinprotease, sodass im aktiven Zentrum eine Cystein-Aminosäure eine zentrale Rolle spielen wird).

Blockiert man die Proteasefunktion (also die Spaltung eines Polyproteins in seine aktiven viralen Proteinkomponenten) mit einem dort fest (und natürlich möglichst selektiv) bindenden Wirkstoff, so kommen die Funktionen des Virus nicht mehr zur Aktion und das Virus kann sich letztlich auch nicht mehr vermehren.

Michael.

P.S.: Wenn mal jemand von euch noch eine Coronavirus-WU in Rosetta laufen hat, bitte zugehöriges Slotverzeichnis sichern und mir irgendwo zum Download "hinwerfen". Ich schau mir das dann bei Gelegenheit mal an. Um den Slot zu identifizieren, wählt man im BOINC-Manager die WU aus, klickt links auf "Eigenschaften" und kann dort die Slotverzeichnis-Nummer entnehmen.
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Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

#5 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 19.08.2020 11:34

...habe inzwischen mal die Wirkstoffkandidaten aus dem WCG-Arbeitsverzeichnis aufbereitet und das Ganze über Twitter gejagt.

Inzwischen hat der Verein / unser Team (wohl über die Tweets inspiriert) auch eine Presseanfrage vom Laborjournal erhalten, auf die wir eingehen werden. Dabei handelt es sich um eine (kostenlose) Zeitschrift, die in (fast) allen LifeScience Labors der Unis & Firmen bundesweit ausliegt - es gibt auch eine engl. Fassung. Lohnt sich auch für Laien, da ähnlich verständlich geschrieben, wie Spektrum der Wissenschaft und kann als ePaper/PDF aus deren Online-Archiven geladen werden.
Denke mal, damit hätte man vermutlich sogar mehr Reichweite, als in einer (kostenpflichtigen und fachpublikumsbegrenzten) Fachzeitschrift.

Michael.
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Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

#6 Ungelesener Beitrag von gemini8 » 19.08.2020 15:11

Klasse Sache!
Gruß, Jens
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Eric
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Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

#7 Ungelesener Beitrag von Eric » 19.08.2020 15:29

Super Sache!
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Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

#8 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 21.08.2020 19:50

Wir haben da inzwischen einen der Wirkstoffkandidaten, die das WCG im OpenPandemics-Projekt nochmal moviemäßig etwas aufgemotzt. :lol:

Michael.
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Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

#9 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 01.09.2020 07:23

Michael H.W. Weber hat geschrieben:
19.08.2020 11:34
Inzwischen hat der Verein / unser Team (wohl über die Tweets inspiriert) auch eine Presseanfrage vom Laborjournal erhalten, auf die wir eingehen werden.
...das Ganze haben wir letzte Woche abschließend bearbeitet, der Beitrag ist fertig. Jetzt wird noch eine Illustration gesucht, für die ich den Kollegen JagDoc angeschrieben habe. Uli hatte ja schon allerhand tolle Sache gebaut, da ist bestimmt was Neues dabei. :smoking:

Ansonsten habe ich im WCG Arbeitsverzeichnis ein zweites COVID19 DrugTarget identifizieren können, es extrahiert und grafisch für unseren Twitter-Account aufbereitet.

Nochmal: Wer bei WCG oder Rosetta andere DrugTargets als die oben schon vorgestellten findet, möge die Slot-Verzeichnisse sichern, sie mir irgendwo in eine Wolke legen und dann bastel ich bei nächster Gelegenheit etwas hübsches daraus. :D

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Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

#10 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 04.09.2020 16:31

Michael H.W. Weber hat geschrieben:
01.09.2020 07:23
Michael H.W. Weber hat geschrieben:
19.08.2020 11:34
Inzwischen hat der Verein / unser Team (wohl über die Tweets inspiriert) auch eine Presseanfrage vom Laborjournal erhalten, auf die wir eingehen werden.
...das Ganze haben wir letzte Woche abschließend bearbeitet, der Beitrag ist fertig. Jetzt wird noch eine Illustration gesucht, für die ich den Kollegen JagDoc angeschrieben habe. Uli hatte ja schon allerhand tolle Sache gebaut, da ist bestimmt was Neues dabei. :smoking:
Uli hatte ein paar Fotos zu einem wirklich coolen, neuen Bau gesandt, aber irgendwie passten die nicht so recht ins Konzept - die blau fluoreszierenden Kühlschläuche des "alten" Racks sind einfach optisch unschlagbar. 8)
Insofern habe ich jetzt - passend zum Thema RNA World, um das im Text ja auch geht - noch eine RNA dazu modelliert und ein Gesamtbild an den Verlag gesandt. Der Artikel soll noch im September online gehen.

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Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

#11 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 21.09.2020 12:02

Michael H.W. Weber hat geschrieben:
04.09.2020 16:31
Uli hatte ein paar Fotos zu einem wirklich coolen, neuen Bau gesandt, aber irgendwie passten die nicht so recht ins Konzept - die blau fluoreszierenden Kühlschläuche des "alten" Racks sind einfach optisch unschlagbar. 8)
Insofern habe ich jetzt - passend zum Thema RNA World, um das im Text ja auch geht - noch eine RNA dazu modelliert und ein Gesamtbild an den Verlag gesandt. Der Artikel soll noch im September online gehen.
Der Artikel ist seit heute Online und wurde auch schon über unseren Twitter-Account gejagt.

Michael.
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Re: SARS-CoV-2 CryoEM-Struktur in Szene gesetzt

#12 Ungelesener Beitrag von Jürgen » 21.09.2020 20:43

Michael H.W. Weber hat geschrieben:
01.09.2020 07:23
Nochmal: Wer bei WCG oder Rosetta andere DrugTargets als die oben schon vorgestellten findet, möge die Slot-Verzeichnisse sichern, sie mir irgendwo in eine Wolke legen und dann bastel ich bei nächster Gelegenheit etwas hübsches daraus. :D
Wie erkenne ich das (als völlig unbedarfter Laie) ?
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