cmsearch läuft nach Ende der WU ohne BOINC Aufsicht weiter

[mxplm]

Hallo Team,

auf meinem Server passieren komische Dinge. BOINC rechnet(e) RNA World. Immer, wenn eine WU fertig war, ist der Prozess sozusagen unter BOINC durch gerutscht und lief weiter, ohne dass BOINC noch was davon wüsste. BOINC ist angewiesen, immer nur 3 WUs gleichzeitig laufen zu lassen. Über den Manager war auch nie etwas anderes zu erkennen, aber htop zeigte mir die Realität:


Ich habe RNA angehalten, nun läuft WCG (problemlos). Host: 5278
Kann das am Projekt oder BOINC liegen? Version ist BOINC 6.2.14, was neueres hatte beim ersten Versuch nicht geklappt. Muss bei Gelegenheit mal upgraden. Ich hatte mit dem Hoste ab und an mal Probleme, aber dieses Verhalten kann ich mir gar nicht erklären.

[mxplm]

Habe eben mal BOINC 6.10.56 für Linux 64 Bit gezogen. Es wird immer besser. Boinc liegt direkt in /, habe es als root und als user boinc probiert. Immer mit demselben Ergebnis:

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/BOINC$ ls -l
insgesamt 9904
-rw-r--r--  1 root root     219 18. Aug 18:01 binstall.sh
-rwxr-xr-x  1 root root 2029280 18. Aug 18:01 boinc
-rwxr-xr-x  1 root root  222288 18. Aug 18:01 boinccmd
-rwxr-xr-x  1 root root 7319656 18. Aug 18:01 boincmgr
-rw-r--r--  1 root root     815 18. Aug 18:01 boincmgr.16x16.png
-rw-r--r--  1 root root    2395 18. Aug 18:01 boincmgr.32x32.png
-rw-r--r--  1 root root    5570 18. Aug 18:01 boincmgr.48x48.png
-rw-r--r--  1 root root  238100 18. Aug 18:01 ca-bundle.crt
-rwxr-xr-x  1 root root  254912 18. Aug 18:01 libcudart.so
drwxr-xr-x 40 root root    4096 18. Aug 18:01 locale
-rwxr-xr-x  1 root root      36 18. Aug 18:01 run_client
-rwxr-xr-x  1 root root      39 18. Aug 18:01 run_manager
/BOINC$ ./boinc
-bash: ./boinc: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
/BOINC$ 

Datei nicht gefunden? Was zur Hölle...

[yoyo]

Was sagt denn
- file boinc
- ldd boinc
yoyo

[mxplm]

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/BOINC$ file boinc
boinc: ELF 64-bit LSB executable, x86-64, version 1 (SYSV), dynamically linked (uses shared libs), for GNU/Linux 2.6.8, stripped
/BOINC$ ldd boinc
	not a dynamic executable
/BOINC$

Verstehst du das?

[yoyo]

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/BOINC$ file boinc
boinc: ELF 64-bit LSB executable, x86-64, version 1 (SYSV), dynamically linked (uses shared libs), for GNU/Linux 2.6.8, stripped
/BOINC$ ldd boinc
	not a dynamic executable
/BOINC$

Verstehst du das?

Nicht wirklich.
yoyo

[mxplm]

Hm, Problem anscheinend gelöst, auch wenn die Verwirrung bleibt:

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/$ ./boinc_6.10.56_i686-pc-linux-gnu.sh  # 32 Bit
use /BOINC/run_manager to start BOINC
/$ file /BOINC/boinc
boinc: ELF 32-bit LSB executable, Intel 80386, version 1 (SYSV), dynamically linked (uses shared libs), for GNU/Linux 2.6.8, stripped
/$ ldd /BOINC/boinc
	linux-gate.so.1 =>  (0xf779d000)
	libdl.so.2 => /lib/libdl.so.2 (0xf7794000)
   ...
/BOINC$ /BOINC//boinc
19-Aug-2010 08:23:24 [---] Starting BOINC client version 6.10.56 for x86_64-pc-linux-gnu
19-Aug-2010 08:23:24 [---] log flags: file_xfer, sched_ops, task
...

aber

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/$ uname -a
Linux cueq.net 2.6.26-2-vserver-amd64 #1 SMP Sun Jun 20 20:40:33 UTC 2010 x86_64 GNU/Linux

Mal sehen, was RNA World nun macht.

[mxplm]

So, jetzt habe ich erstmal einen Schub results ge-errort:

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<core_client_version>6.10.56</core_client_version>
<![CDATA[
<message>
process exited with code 22 (0x16, -234)
</message>
<stderr_txt>
execv: No such file or directory

</stderr_txt>
]]>

HR Klasse ist 256, ich vermute mal, dass das Linux 64 Bit ist, korrekt? Keine Ahnung, warum auf nem 64 Bit OS kein 64 Bit läuft, muss wohl mal (wieder) meinen Anbieter nerven.

[mxplm]

Ich habe das Problem soeben auch auf meinem Ubuntu 64Bit Laptop mit CMCALIBRATE entdeckt. Auf dem Core2Duo sollten nur 2 Tasks laufen, in htop sind 3 zu erkennen. 2 davon werden in BOINC angezeigt. Wie im Falle des vServers auch war der 3. Prozess aus der Prozesshierarchie von BOINC ausgeschlossen, hing also direkt unter init.


Anders als beim vServer ist das hier eine Standard-Kernel und ein (relativ) aktueller BOINC Client (6.10.17).

[Michael H.W. Weber]

Sehr seltsam. Was geht da ab?!

Michael.

[Ananas]

Wenn sowas nochmal passiert, mach 'mal ein "ps -fu" auf den BOINC-User, damit man die PPIDs sieht. Nur so laesst sich feststellen, ob BOINC mehrere gestartet hat, ob's der Wrapper war oder ob die Rechenanwendung sich geforked hat.

Beim vorigen Problem mit dem "not found" wuerde ich irgendwie die Verzeichnisrechte von . verdaechtigen, die zeigt es aber nur mit "ls -la" an

[mxplm]

Auf meinem Notebook haben sich wieder Prozesse angehäuft. In BOINC sind nur 2 (laufende) WUs zu sehen, bei de bei etwa 1h runtime (davon aber nur 12 Minuten CPU time, ihr seht warum). Host 197

Habe die überflüssigen Prozesse man per SIGSTOP ausgebremst, sie sind aber noch da, falls jemand das untersuchen möchte.

Nochmal für Ananas:

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~$ ps -fu boinc
UID        PID  PPID  C STIME TTY          TIME CMD
boinc     1137     1  0 Aug20 ?        00:02:07 /opt/BOINC/boinc --check_all_logins --redirectio --dir /var/lib/boinc-client
boinc     4710  1137  0 11:28 ?        00:00:00 ../../projects/www.rnaworld.de_rnaworld/cmcwrapper_0.21_x86_64-pc-linux-gnu
boinc     4714  1137  0 11:28 ?        00:00:00 ../../projects/www.rnaworld.de_rnaworld/cmswrapper_0.10_x86_64-pc-linux-gnu
boinc     4739  4714 17 11:29 ?        00:09:46 cmsearch -o out cmfile in
boinc     4747  4710 17 11:29 ?        00:09:47 cmcalibrate --mxsize 4096 -s 1246654610 cmfile
boinc     6777  1137  0 12:21 ?        00:00:00 ../../projects/wuprop.boinc-af.org/data_collect_1.39_x86_64-pc-linux-gnu__nci
boinc    17677     1 82 Aug22 ?        1-20:50:43 cmcalibrate --mxsize 4096 -s 1246654610 cmfile
boinc    28679     1 68 Aug23 ?        15:38:46 cmcalibrate --mxsize 4096 -s 1246654610 cmfile
boinc    30477     1 20 04:32 ?        01:38:25 cmcalibrate --mxsize 4096 -s 1246654610 cmfile
boinc    30532     1 20 04:38 ?        01:35:43 cmcalibrate --mxsize 4096 -s 1246654610 cmfile
boinc    30691     1 18 05:55 ?        01:10:25 cmcalibrate --mxsize 4096 -s 1246654610 cmfile
boinc    30692     1 18 05:56 ?        01:09:53 cmcalibrate --mxsize 4096 -s 1246654610 cmfile
boinc    30859     1 17 06:13 ?        01:05:34 cmcalibrate --mxsize 4096 -s 1246654610 cmfile
boinc    30860     1 17 06:13 ?        01:05:37 cmcalibrate --mxsize 4096 -s 1246654610 cmfile

[mxplm]

Andere Hardware, neueres Ubuntu, ähnliches Problem.

Wieder habe ich viele viele cmsearch Prozesse, die längst fertig berechnet und an den Server gemeldet sind, die aber trotzdem noch RAM fressen. Glücklicherweise läuft keiner mehr (do_signal_stop), wie es bei den bisherigen Berichten der Fall war. Einige Prozesse gesitern schon seit 2 Tagen rum. Ich weiß einerseits nicht woran es liegen kann und glaube andererseits nicht, dass ich der einzige bin, bei dem das passiert. Immerhin ist es schon auf mindestens 3 Installationen mit unterschiedlicher Hardware aufgetreten... Im Prozessbaum hängen die Geister wieder unter Init, der Tree unter /usr/bin/boinc ist sauber. Jemand ne Idee? Sollte ich mal das Debug Log im Client aktivieren?

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~$ ps -U boinc -u boinc u
USER       PID %CPU %MEM    VSZ   RSS TTY      STAT START   TIME COMMAND
boinc     1089  0.2  0.9 145172 76780 ?        SN   Feb03  15:49 /usr/bin/boinc --check_all_logins --redirectio --dir /var/lib/boinc-client
boinc     4699  0.0  0.0   9108  1008 ?        SNl  21:04   0:00 ../../projects/www.rnaworld.de_rnaworld/cmswrapper_0.20_x86_64-pc-linux-gnu
boinc     4712 86.0  0.2  31312 17352 ?        RN   21:04   8:19 cmsearch -o out cmfile in
boinc     4803  0.0  0.0   9108  1016 ?        SNl  21:10   0:00 ../../projects/www.rnaworld.de_rnaworld/cmswrapper_0.20_x86_64-pc-linux-gnu
boinc     4813 90.4  0.2  32436 19668 ?        RN   21:10   3:05 cmsearch -o out cmfile in
boinc     4853  0.0  0.0   9108  1020 ?        SNl  21:12   0:00 ../../projects/www.rnaworld.de_rnaworld/cmswrapper_0.20_x86_64-pc-linux-gnu
boinc     4863 86.1  0.0   9264  7896 ?        RN   21:12   1:21 cmsearch -o out cmfile in
boinc     4869  0.0  0.0   9108  1012 ?        SNl  21:13   0:00 ../../projects/www.rnaworld.de_rnaworld/cmswrapper_0.20_x86_64-pc-linux-gnu
boinc     4881 92.9  0.2  70436 22792 ?        RN   21:13   0:13 cmsearch -o out cmfile in
boinc    15565  0.0  0.1  54200 15968 ?        TN   Feb05   2:24 cmsearch -o out cmfile in
boinc    15610  0.0  0.0   5252  3080 ?        TN   Feb05   0:00 cmsearch --forecast 1 cmfile in
boinc    15616  0.0  0.0   9108   184 ?        TN   Feb05   0:00 ../../projects/www.rnaworld.de_rnaworld/cmswrapper_0.20_x86_64-pc-linux-gnu
boinc    15846  0.0  0.3  40600 25236 ?        TN   Feb05   0:27 cmsearch -o out cmfile in
boinc    16071  0.0  0.1  34808  9796 ?        TN   Feb05   0:50 cmsearch -o out cmfile in
boinc    16348  0.0  0.1  49708  8332 ?        TN   Feb05   0:21 cmsearch -o out cmfile in
boinc    16349  0.0  0.1  51380  9912 ?        TN   Feb05   0:44 cmsearch -o out cmfile in
boinc    16456  0.0  0.3 196400 29224 ?        TN   Feb05   2:13 cmsearch -o out cmfile in
boinc    16500  0.0  0.6 122296 53880 ?        TN   Feb05   0:57 cmsearch -o out cmfile in
boinc    16515  0.0  0.7 164516 56156 ?        TN   Feb05   0:31 cmsearch -o out cmfile in
boinc    17084  0.2  1.4 768180 112780 ?       TN   Feb05   8:26 cmsearch -o out cmfile in
boinc    17170  0.0  0.2  53080 17304 ?        TN   Feb05   2:49 cmsearch -o out cmfile in
boinc    17223  0.0  0.0   9632  7444 ?        TN   Feb05   0:52 cmsearch -o out cmfile in
boinc    17360  0.0  0.5  61412 40240 ?        TN   Feb05   0:32 cmsearch -o out cmfile in
boinc    17378  0.0  0.1  44780  8532 ?        TN   Feb05   0:02 cmsearch -o out cmfile in
boinc    18620  0.0  0.3  63788 28484 ?        TN   Feb05   0:31 cmsearch -o out cmfile in
boinc    18717  0.0  0.1  60432 11532 ?        TN   Feb05   0:32 cmsearch -o out cmfile in
boinc    18892  0.0  1.4 209076 115312 ?       TN   Feb05   2:24 cmsearch -o out cmfile in
boinc    18895  0.0  0.5  95380 47516 ?        TN   Feb05   1:23 cmsearch -o out cmfile in
boinc    18951  0.0  0.4  37592 33840 ?        TN   Feb05   0:28 cmsearch -o out cmfile in
boinc    18985  0.0  0.0   8816  6592 ?        TN   Feb05   2:04 cmsearch -o out cmfile in
boinc    18986  0.0  0.0   8968  6740 ?        TN   Feb05   2:04 cmsearch -o out cmfile in
boinc    19004  0.0  0.1  10732  8728 ?        TN   Feb05   1:32 cmsearch -o out cmfile in
boinc    20333  0.0  0.2  67000 16044 ?        TN   Feb05   2:16 cmsearch -o out cmfile in
boinc    20363  0.0  0.1  11012  8880 ?        TN   Feb05   1:07 cmsearch -o out cmfile in
boinc    21283  0.0  0.4  90248 39232 ?        TN   Feb05   0:34 cmsearch -o out cmfile in
boinc    21284  0.0  0.2  88536 22496 ?        TN   Feb05   0:15 cmsearch -o out cmfile in
boinc    21331  0.0  0.7 103260 57380 ?        TN   Feb05   0:51 cmsearch -o out cmfile in
boinc    21380  0.0  0.2  86524 19864 ?        TN   Feb05   0:12 cmsearch -o out cmfile in
boinc    21381  0.0  0.2  96848 21280 ?        TN   Feb05   0:12 cmsearch -o out cmfile in
boinc    22626  0.0  0.1  81456 15436 ?        TN   Feb06   0:08 cmsearch -o out cmfile in
boinc    23362  0.0  0.1 114432 12752 ?        TN   Feb06   0:00 cmsearch -o out cmfile in
boinc    23469  0.0  0.8  88816 67600 ?        TN   Feb06   1:02 cmsearch -o out cmfile in
boinc    23472  0.0  0.3 115988 24896 ?        TN   Feb06   0:14 cmsearch -o out cmfile in
boinc    23684  0.0  0.8 116484 65188 ?        TN   Feb06   1:01 cmsearch -o out cmfile in
boinc    23714  0.0  0.4  86316 35196 ?        TN   Feb06   0:28 cmsearch -o out cmfile in
boinc    23874  0.0  0.3 114856 24076 ?        TN   Feb06   0:13 cmsearch -o out cmfile in
boinc    24124  0.0  0.4  80576 35944 ?        TN   Feb06   0:30 cmsearch -o out cmfile in
boinc    24297  0.0  0.8  88584 64720 ?        TN   Feb06   1:03 cmsearch -o out cmfile in
boinc    24384  0.0  0.6 103564 54960 ?        TN   Feb06   0:50 cmsearch -o out cmfile in
boinc    25139  0.0  1.1 116776 93468 ?        TN   Feb06   1:38 cmsearch -o out cmfile in
boinc    31850  0.0  0.0  20640  7244 ?        SNl  12:08   0:11 ../../projects/wuprop.boinc-af.org/data_collect_2.30_x86_64-pc-linux-gnu__nci