FAH-News

[Uwe Sänger Herzke]

Verfasst: Heute um 15:05 Titel: (Kein Titel)

We are making a press announcement this morning pacific time, but we will likely only release all the info (updated FAQ, HOWTO, beta code) on Monday Oct 2. Note that the Oct 2 launch is an open beta launch, which means that we are seeking more testers, with the knowledge that the code may not be perfect. We have been extensively testing in house and with a closed beta, so it should behave reasonably well.


_________________
Professor Vijay S. Pande, PhD
Director, Folding@Home Distributed Computing Project, and
Associate Professor of Chemistry and of Structural Biology, Stanford University

Also, wer Lust hat, kann Betatesten.

[Norman]

äähm hätte mal jemand nen link zu der app. kann da leider nix finden.

[Uwe Sänger Herzke]

äähm hätte mal jemand nen link zu der app. kann da leider nix finden.

Montag, 2. Oktober, wird's die wohl für die Öffentlichkeit geben.
Die sind sehr eigen was closed beta und so angeht, ich kann da ein Lied von singen aus dem BOINC-Test. Closed heißt geschlossen, Punkt. Selbst für Diskussionsversuche und das Beantworten von Fragen im öffentlichen Forum hab' ich da von den Mods einen Einlauf bekommen.
Also heißt das wohl warten auf Montag.

[Uwe Sänger Herzke]

The GPU beta launch will be on Monday Oct 2 in the afternoon (Pacific time). We have been doing extensive testing and, while all the bugs aren't worked out (this is a beta relase after all), there are no show stoppers so far and it's a good time to put this into a bigger release.

Just some heads up for people to keep in mind:

o The GPU code requires specific drivers and system software, so this will be a much more complex install than before (another reason for this being a beta release). Be prepared to potentially update your ATI driver version and/or Direct X version.

o At launch, we will only support X1900 class GPU's (X1900XT, X1900XTX, X1950, X1900GT), as they are the only GPUs which give reasonable performance with FAH. More GPU support will be forthcoming, starting with other ATI GPU's (most likely the X1800 and X1650), but we have no ETA on their support.

o People have been curious about the nature of the core in the GPU client. The GPU Gromacs core isn't a port of Gromacs, but rather we've taken key elements from Gromacs we need and enhanced them based on the unique capabities of GPU's. Thus, it's really a new and different core on the inside, but with wrapped Gromacs on the outside; the new core will be called Core_10. For example, Core_10 WU's can't correctly be run on non-GPU cores and vice versa (and thus it is impossible to run GPU WU's on non-GPU systems and vice versa). This enables some new and exciting science, but it's important to be clear that this isn't just a port. This is very similar to the inclusion of Gromacs in 2003 when FAH only ran Tinker. Gromacs' functionality is a subset of Tinker's, but Gromacs runs 20x to 30x faster than Tinker (for the parts we use Gromacs for). Since Gromacs wasn't a complete substitute for Tinker, we still use Tinker for certain key calculations. Similarly, the GPU core is faster than Gromacs, but on a limited (and somewhat augmented/altered) subset of Gromacs' capabilities.

We'll be giving the full scoop on Monday, but I wanted to try to give people some early warning so they know what to expect on Monday. This is definitely a BETA RELEASE, so don't expect something very polished. Also, we're preparing the final FAQ and HOWTO material and we will give more info as it makes sense to release it. I've even broken my own rules by releasing the info above, but I thought it was important as I want people who are interested in testing the beta to be prepared for all of what will be needed (which is unfortunately quite a bit, considering the need for driver updates, etc) to run the GPU client.

More info on Monday (and sorry, if you post questions below, I most likely won't answer until Monday -- sorry).


_________________
Professor Vijay S. Pande, PhD
Director, Folding@Home Distributed Computing Project, and
Associate Professor of Chemistry and of Structural Biology, Stanford University

Hier ist der threat.

[SpeedKing]

The GPU beta launch will be on Monday Oct 2 in the afternoon (Pacific time).

Montag Nachmittag (Pazifikzeit) ist ungefähr Mitternacht zu Dienstag bei uns. Nur falls wer auf den Start wartet...

[Bommer]

Hallo

Wer hier hat den entsprechende Grafikkarte ???

Bommer

[HappyL]

also ich hab hier eine x1800 und die hat schon mehr power als nötig für sämtliche Spiele die mir bekannt sind. die x1900xt haben nur absolute Benchmarkfreaks denk ich, weil brauchen tut man die (noch) nicht und der Preis ist exorbitant

[Midon]

also ich hab hier eine x1800 und die hat schon mehr power als nötig für sämtliche Spiele die mir bekannt sind. die x1900xt haben nur absolute Benchmarkfreaks denk ich, weil brauchen tut man die (noch) nicht und der Preis ist exorbitant

Na ja ich hab eine 1900XT . Wenn ich mir einen neuen Rechner aufbaue dann leiste ich mir was. Ich hab es gerade installiert. Es ist allerdings den Grafiktreiber 6.07 installiert, der soll nicht optimal sein aber funktioneren.
Also der Start sieht erst mal gut aus. Die CPU ist eine Core 2 Duo 4700. Parallel dazu liefen Einstein@home und Simap.
Es ist nicht so als wenn der Prozeß keine CPU brauchen würde, im Peak hatte ich etwa 30%, also 60% eines Kerns. Die GPU Temperatur ging innerhalb von 5 Minuten von 45 auf 55 Grad Celsius. Nach einiger Zeit gestoppt und wieder gestartet. Das sieht jetzt nicht mehr so gut aus. Der Prozess startet, verbraucht auch Memory aber fast keine CPU und die GPU wird auch nicht mehr so warm. Mal sehen wie es weiter geht. Sieht aus als hätten Sie noch Probleme mit dem Restart. Ist ja noch Beta.

Update: Also ich hab die GPU auf maximal 62 Grad bekommen. Dann blieb die Temperatur stabil. Der FAH Prozess nimmt sich auch einen Kern für sich ganz alleine, wenn erlaubt. Anscheinend ist immer noch die CPU das Bottleneck, denn für mich sah es so aus als ob die GPU Temperatur höher ging je mehr CPU Zeit der FAH Prozeß hatte, aber das ganze ist ja ziemlich träge, also bin ich mir nicht sicher.

Der Restart funktioniert auch. Anscheinend bekommt der Prozess beim Restart geringere Priorität und deswegen hat er keine CPU-Zeit bekommen und damit wurde auch die GPU nicht warm.

[Michael H.W. Weber]

Schreibt der GPU-Client kein "log", das man hier mal einsehen könnte?

Michael

[Midon]

Schreibt der GPU-Client kein "log", das man hier mal einsehen könnte?

Michael

Sieht aus wie immer. Der einzige Unterschied ist das es behauptet eine GPU Version zu sein, was ja auch der Fall ist. Bei allen anderen restlichen Logs sehe ich keinen Unterschied. Die Frage ist halt, wie schnell wäre Projekt 2725 ohne GPU. Also mit GPU macht es etwa 1% pro 10 Minuten.

# Windows Console GPU Edition #################################################
###############################################################################

Folding@Home Client Version 5.90beta

http://folding.stanford.edu

###############################################################################
###############################################################################

Launch directory: C:\Programme\fah
Executable: C:\Programme\fah\FAH5.05beta1-console.exe


[08:37:11] - User name: Midon (Team 3)
[08:37:11] - Machine ID: 1
[08:37:11]
[08:37:11] Loaded queue successfully.
[08:37:11]
[08:37:11] + Processing work unit
[08:37:11] Core required: FahCore_10.exe
[08:37:11] Core found.
[08:37:11] Working on Unit 01 [October 3 08:37:11]
[08:37:11] + Working ...
[08:37:11]
[08:37:11] *------------------------------*
[08:37:11] Folding@Home GPU Core - Beta
[08:37:11] Version 0.05 (Sat Sep 30 16:08:52 PDT 2006)
[08:37:11]
[08:37:11] Compiler : Microsoft (R) 32-bit C/C++ Optimizing Compiler Version 13.10.3077 for 80x86
[08:37:11] Build host: CYGWIN_NT-5.1 vishal-gpu 1.5.19(0.150/4/2) 2006-01-20 13:28 i686 Cygwin
[08:37:11] Preparing to commence simulation
[08:37:11] - Looking at optimizations...
[08:37:11] - Files status OK
[08:37:11] - Expanded 83019 -> 443705 (decompressed 534.4 percent)
[08:37:11]
[08:37:11] Project: 2725 (Run 0, Clone 97, Gen 0)
[08:37:11]
[08:37:11] Assembly optimizations on if available.
[08:37:11] Entering M.D.
[08:37:17] Will resume from checkpoint file
[08:37:21] Completed 0
[08:37:21] Resuming from checkpoint
[08:37:21] Verified work/wudata_01.log
[08:37:21] Verified work/wudata_01.edr
[08:37:21] Verified work/wudata_01.trr
[08:37:21] Verified work/wudata_01.xtc
[08:37:21] Starting GUI Server
[08:47:57] Completed 1
[08:58:31] Completed 2

[Michael H.W. Weber]

Man müßte wissen, wieviel Leistung die CPU bzw. GPU bei Dir hat, dann kann man abschätzen, was der Client an Rechenoperationen pro WU weghaut. Ändert sich eigentlich was, wenn man den Client mit -verbosity 9 startet? Also in Sachen Detailangaben im "log"?
Finde es auf jeden Fall cool, daß wir hier im Team jemanden haben, der uns das Progrämmchen auch mal "vorführen" kann.

Michael.

[Midon]

Man müßte wissen, wieviel Leistung die CPU bzw. GPU bei Dir hat, dann kann man abschätzen, was der Client an Rechenoperationen pro WU weghaut. Ändert sich eigentlich was, wenn man den Client mit -verbosity 9 startet? Also in Sachen Detailangaben im "log"?

Michael.

An der Ausgabe ändert sich nichts, bis auf eine Zeile und die ist uninteressant.

Vielleicht kann ja ein Spezialist mehr mit dem folgenden anfangen. Laufzeit bis dahin 30 Minuten.

Code: Alles auswählen

---------------------------------------------------
GPU MD library 0.9 for Gromacs 3.1.4
Author: V. Vishal, Pande Group, Stanford University
                                                   
NB force kernels developed in collaboration with:  
Erich Elsen , Darve Group   , Stanford University  
Mike Houston, Graphics Group, Stanford University  
                                                   
Copyright(C) Pande Group, Stanford University, 2006
---------------------------------------------------

Using runtime dx9
  natoms:1258
  atoms: 40x32
Max number of bonds per atom is 4
Table routines are used for coulomb: FALSE
Table routines are used for vdw:     FALSE
Cut-off's:   NS: 4.5   Coulomb: 4.5   LJ: 4.5
Generated table with 500 data points for COUL.
Tabscale = 500 points/nm
Generated table with 500 data points for LJ6.
Tabscale = 500 points/nm
Generated table with 500 data points for LJ12.
Tabscale = 500 points/nm
Going to determine what solvent types we have.
There are 1 molecules, 1257 charge groups and 1258 atoms
There are 0 optimized solvent molecules on node 0
There are 0 optimized water molecules on node 0
GPU Warning: Output energies are not correct
Center of mass motion removal mode is Angular
We have the following groups for center of mass motion removal:
  0:  rest, initial mass: 8784.12
There are: 1258 Atom

Constraining the starting coordinates (step -2)
Initialized shakeH streams of size 25x16

++++++++ PLEASE CITE THE FOLLOWING REFERENCE ++++++++
J. P. Ryckaert and G. Ciccotti and H. J. C. Berendsen
Numerical Integration of the Cartesian Equations of Motion of a System with
Constraints; Molecular Dynamics of n-Alkanes
J. Comp. Phys. 23 (1977) pp. 327-341
-------- -------- --- Thank You --- -------- --------

Building permutation for shuffle...done

Constraining the coordinates at t0-dt (step -1)
Started mdrun on node 0 Tue Oct 03 10:26:30 2006
Initial temperature: 354.746 K
Downloaded coordinates to GPU
Downloaded velocities to GPU
Downloaded inverse masses to GPU
Using Shen & Freed dielectric/LJ
Initialized NB parameters
  force :40x64
  excl  :320x640
  jstrm :20x16
Initialized NB 1-4 parameters
  Pair streams: 52x64
  1-4 kernel uses 2x2 inverse maps
Downloaded nonbonded force paramters to GPU
Initialized GPU test
GPU initial test passed
Bondeds use 3 inverse maps for i
Bondeds use 5 inverse maps for j
Bondeds use 5 inverse maps for k
Bondeds use 2 inverse maps for l
           Step           Time         Lambda      Annealing
              0        0.00000        0.00000        1.00000

There are 1258 atoms in your xtc output selection
Resumed from checkpoint, resent coordinates and velocities to GPU
           Step           Time         Lambda      Annealing
         125000      250.00002        0.00000        1.00000

           Step           Time         Lambda      Annealing
         250000      500.00003        0.00000        1.00000

           Step           Time         Lambda      Annealing
         375000      750.00006        0.00000        1.00000

           Step           Time         Lambda      Annealing
         500000     1000.00006        0.00000        1.00000

Resumed from checkpoint, resent coordinates and velocities to GPU
           Step           Time         Lambda      Annealing
         625000     1250.00000        0.00000        1.00000

           Step           Time         Lambda      Annealing
         750000     1500.00012        0.00000        1.00000