frost hat geschrieben:Von welcher Proteingröße sprechen wir eigentlich, ab der die computergesteuerte Strukturvorhersage problematisch wird?
Tja, bei MD Simulationen dürfte die Grenze bereits unterhalb von 50 kDa, also etwa 50 Aminosäuren liegen (jedenfalls kann ich mich nicht entsinnen, bei Folding@home jemals etwas in der Größe bekommen zu haben und FAH ist nunmal der leistungsstärkste MD "Supercomputer", der momentan auf diesem Planeten werkelt). So ziemlich jedes humane Protein ist größer. Manche bezeichnen gar Proteine kleiner als 100 Aminosäuren als Peptide, also als "kleine Proteine". Bei Homologie-Modellierungen ist die Größe nicht unbedingt limitierend. Hier kommt es einfach darauf an, ein Protein zu finden, dessen Struktur bereits gelöst ist und welches möglichst hohe Übereinstimmung mit der in Frage stehenden Aminosäuresequenz hat. Diese Übereinstimmung tabelliert das Projekt [[SIMAP]]. Wirklich interessant wird es bei Proteinen, die bislang keine Homologen mit geklärter Struktur haben. Und da ist ebenfalls bereits ein kleines Protein um die 50 AS ggf. problematisch. Umso schwieriger wird es, wenn die Größe zunimmt.
DO3PSN hat geschrieben:Ich hätte auch noch eine Frage: Welche Möglichkeiten ergeben sich, falls man eines Tages Proteine sicher vorhersagen könnte? Könnten dann von heute auf morgen viele Krankheiten geheilt werden oder müsste man erst noch viele Jahre weiter forschen?
Tja, damit wäre der "heilige Gral" der Proteinchemie dann gelöst und der Nobelpreis fälllig. Gelänge es, aus jeder beliebigen Aminosäuresequenz mit absoluter Sicherheit die dreidimensionale Gestalt per Computer vorherzusagen, dann wären auf einen Schlag alle krankheitsrelevanten Proteinstrukturen aufgeklärt. Man würde aus den Strukturen für sehr viele ihre Funktion ableiten können und könnte sie zwecks Docking potentieller Arzneistoffe einsetzen. Auch könnte man beliebige in der Natur nicht vorkommende Designerproteine herstellen, um damit z.B. im Rahmen eines enzymatischen Systems Sonnenlicht zur Wasserstoffproduktion aus Wasser zu nutzen. Krankheiten allerdings sind damit noch längst nicht direkt geheilt, wohl aber Grundlagen zu ihrer Entstehung erklärbar.
schatten1411 hat geschrieben:Fehlt eigentlich nur das Wissen gezielt, derart Proteine zu erstellen.
Das dazu benötigte Wissen ist weitestgehend vorhanden. Ich jedenfalls würde es mir zutrauen.
Und natürlich gibt es noch ganz andere Experten.
Michael.
