Neues Projekt: D2OL

Medikamentensuche durch "Docking"-Simulationen (Mapping Cancer Markers, FightAIDS@home, Smash Childhood Cancer, ...)
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#37 Ungelesener Beitrag von Velociraptor » 06.12.2001 22:20

Hi wie viele Conformer hat ein Kandidat eigentlich? <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_confused.gif" alt="Confused"> ?
There is no place like 127.0.0.1
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vfrey
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#38 Ungelesener Beitrag von vfrey » 06.12.2001 22:49

Ist wohl unterschiedlich...laut der Sengent-Site (Unterpunkt: Statistics) hat der durschnittliche Anthrax-Candidate 29,irgendwas Conformers...



Hab' heute mal den ersten o.g. Candidate fertiggerechnet und hatte 30 Conformers.

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#39 Ungelesener Beitrag von Bananeweizen » 06.12.2001 23:01

Ich habe mich doch neulich noch so über die Anzeige der Berechnungen (energy evaluations) gewundert, weil die immer wieder von vorn anfängt.

Inzwischen halte ich die laufende Anzeige für einen Fake. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_bad.gif" alt="bad"> Bei mir drehen die Zahlen immer gleich schnell, egal ob ich grad 99 Prozent der Rechenzeit für die Task verbrate (GridWin.exe und die zugehörige javaw.exe), oder ob es weniger als 1 Prozent ist.



Das würde auch erklären, warum man da utopisch hohe Zahlen erhält, wenn nur sehr wenig Rechenzeit für D2OL zur Verfügung steht: Dann dauert die Berechnung natürlich länger, aber der Counter rennt ja...



Ach ja: Bei den fertig berechneten Molekülen lag ich bisher immer bei 750.000 +/- 5.000 evaluations. Das würde auch dazu passen.



Ciao, Michael.

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#40 Ungelesener Beitrag von S_Garbe » 07.12.2001 09:36

bei jedem Start stellt D2OL die DFÜ-Einstellungen vom Internet-Explorer um <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_mad.gif" alt="Mad"> -ich hab normalerweise automatische Anwahl drin und bei jedem Start wird auf nie wählen umgestellt - damit fällt D2OL für die meisten von meinen Rechnern durch



gibt es eine Möglichkeit die Werte von fertig berechneten Candidates anzusehen <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_confused.gif" alt="Confused"> - ein Rechner von mir hat nun über Nacht 15 Candidates durchgerechnet, und mich würde nun interessieren was er so gefunden hat



das ganze ist doch sehr merkwürdig programmiert <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_frown.gif" alt="Sad">



Gruß Stefan

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#41 Ungelesener Beitrag von Bananeweizen » 07.12.2001 18:39


bei jedem Start stellt D2OL die DFÜ-Einstellungen vom Internet-Explorer um <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_mad.gif" alt="Mad"> -ich hab normalerweise automatische Anwahl drin und bei jedem Start wird auf nie wählen umgestellt - damit fällt D2OL für die meisten von meinen Rechnern durch
Das ist natürlich wirklich sehr schlecht. Hast du schon mal an den Support geschrieben? Mir haben sie schließlich auch geantwortet.



gibt es eine Möglichkeit die Werte von fertig berechneten Candidates anzusehen <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_confused.gif" alt="Confused"> - ein Rechner von mir hat nun über Nacht 15 Candidates durchgerechnet, und mich würde nun interessieren was er so gefunden hat


Wüßte ich nicht. Nur die Werte der Conformer, die zum aktuellen Kandidaten gehören. Aber vielleicht kommt zumindest noch sowas wie eine persönliche Statistik auf die Webseite. Schließlich bastelt Sengent da immer noch...



Ciao, Michael.

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#42 Ungelesener Beitrag von S_Garbe » 07.12.2001 19:36

@Bananeweizen - wenn die nicht die automatische Anwahl abstellen würden, wäre es meiner Meinung nach sogar noch schlimmer, denn wenn ich es richtig verstanden habe überprüft D2OL ja ob es Online ist, indem es versucht eine Verbindung zu allen möglichen Websites aufzunehmen - als Ergebnis würde jedes Mal angewählt und jeder ohne Flatrate hätte Kosten ohne Ende <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/uhoh.gif" alt="uh oh">

bessere Möglichkeiten des Verbindungsaufbaus:

1. man kann bestimmen wievele Candidates man puffern will und wenn die alle berechnet sind nimmt das Programm automatisch die Verbindung auf

2. wie 1. aber nur manuelle Anwahl (Schaltfläche: jetzt senden)

3. man gibt ein Zeitfenster an währen dem der Client Verbindung aufnehmen darf und der Client puffert soviele Candidates wie er bis zum nächsten Verbindungsfenster fertig bekommt



ich würde das ja gerne an Sengent schreiben, aber ich kann zwar Englisch lesen und teilweise auch das gesprochene verstehen, aber mit schreiben und sprechen hab ich es nicht so <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_frown.gif" alt="Sad">



Gruß Stefan

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#43 Ungelesener Beitrag von M. Franckenstein » 07.12.2001 23:27


Bananeweizen schrieb am 2001-12-07 18:39 :



Aber vielleicht kommt zumindest noch sowas wie eine persönliche Statistik auf die Webseite. Schließlich bastelt Sengent da immer noch...



Ciao, Michael.


Oder es erbarmt sich uns einer und schreibt ein Prog. das die Daten sichert....Bei SETI haben ja auch viele ein Herz gehabt und es mit zusätzlichen Progs "modifiziert".



JE1SUS

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#44 Ungelesener Beitrag von M. Franckenstein » 10.12.2001 22:21

Der Sengent Support des D2OL-Projektes erwähnt in einem neuen Schreiben eine Allianz mit "Sun Microsystems Life Sciences Division". Diese "Kooperation" erlaubt Sengent und dem D2OL-Projekt die Infrastruktur und Weiterentwicklung der Projektsoftware. Was das aber genau bedeutet stand nicht im Schreiben.



JE1SUS



+*+*+*+*+*+*+*+*+*+*+*+*+*+*+*+*+*+*+*+*+*+*+

Der Originaltextauszug steht hier:



We are also happy to announce our alliance with Sun Microsystems Life Sciences Division. This alliance will allow us to use the resources of Sun Microsystems to further develop our software and infrastructure to carry forth the D2OL effort.



Thanks for contributing,

Sengent Support

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#45 Ungelesener Beitrag von vfrey » 14.12.2001 18:04

Die Sengent-Leute sind ja recht umtriebig...



Mittlerweile gibt's ein Forum, eine neue Version steht kurz bevor und noch vor Weihnachten soll Teambildung möglich sein. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_good.gif" alt="good">



In diesem Sinne: machen wir wieder ein Rechenkraft.de-Team???

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#46 Ungelesener Beitrag von Bananeweizen » 14.12.2001 19:36


vfrey schrieb am 2001-12-14 18:04 :

Mittlerweile gibt's ein Forum, eine neue Version steht kurz bevor und noch vor Weihnachten soll Teambildung möglich sein. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_good.gif" alt="good">



In diesem Sinne: machen wir wieder ein Rechenkraft.de-Team???
Ja klar. Ich finde es gut, wenn jeder an seinem Lieblingsprojekt teilnehmen kann und dabei trotzdem das Team rechenkraft.de unterstützt.



Ich habe auch kein Problem damit, wenn das Team jemand anderes gründet, sobald die Möglichkeit besteht. Insbesondere, da ich vom 21.12. bis 02.01. kaum online sein werde.



Ciao, Michael.

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#47 Ungelesener Beitrag von vfrey » 14.12.2001 20:17


Bananeweizen schrieb am 2001-12-14 19:36 :

Ich habe auch kein Problem damit, wenn das Team jemand anderes gründet, sobald die Möglichkeit besteht. Insbesondere, da ich vom 21.12. bis 02.01. kaum online sein werde.



Ciao, Michael.




Danke für den Freibrief, Michael. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_smile.gif" alt="Smile">



Wo geht's denn hin in Urlaub ?

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#48 Ungelesener Beitrag von Bananeweizen » 14.12.2001 22:38


vfrey schrieb am 2001-12-14 20:17 :

Wo geht's denn hin in Urlaub ?


Nur zu meinen Eltern und Freunden über die Feiertage.



Urlaub mache ich dann erst vom 11.1. bis 18.1. auf Zypern. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_biggrin.gif" alt="Very Happy">



Ciao, Michael.

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