Neue Proteine

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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Michael H.W. Weber
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#25 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 06.03.2002 17:32

Heute erhielt ich erstmals das Protein 2SPZ mit 604 Atomen und 500000 "dynamic steps", welches auf meinem TBird@1.1GHz genau 6 Std. 20 Min. zur Fertigstellung benötigt (228 sec / frame).

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#26 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 07.03.2002 23:12

Eben habe ich erstmals die WU 2ABD erhalten. Sie besteht aus 904 Atomen bei 500000 "dynamic steps" und benötigt auf meinem TBird@1.1GHz 13 Std. 50 Min. zur Fertigstellung. Weitere Infos konnte ich der Stanford-Seite & -Forum leider bislang nicht entlocken. Sobald näheres bekannt wird, werde ich es hier aber mitteilen. Selbstverständlich wurden alle gemessenen Benchmarks hier auf Rechenkraft.de eingetragen und auch in das Folding@Home FAQ von Team "Germany" übernommen (ist noch immer in Arbeit).

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#27 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 08.03.2002 18:54

Erhielt gerade erstmals ein erfreulich kleines Protein mit Namen I6C. Besteht aus 427 Atomen bei 500000 "dynamic steps" und wird von meinem Tbird@1.1GHz in 3 Std. 23 Min. 20 Sek. abgearbeitet. Keine weiteren Infos verfügbar.

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#28 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 12.03.2002 14:20

Michael H.W. Weber hat geschrieben:Eben habe ich erstmals die WU 2ABD erhalten. Sie besteht aus 904 Atomen bei 500000 "dynamic steps" und benötigt auf meinem TBird@1.1GHz 13 Std. 50 Min. zur Fertigstellung. Weitere Infos konnte ich der Stanford-Seite & -Forum leider bislang nicht entlocken. Sobald näheres bekannt wird, werde ich es hier aber mitteilen.
Die 2ABD WU wird mit 3.2 Punkten "belohnt" und muß innerhalb von 9 Tagen komplett berechnet wieder in Stanford abgeliefert werden.

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#29 Ungelesener Beitrag von huraxprax » 14.03.2002 10:31

und ich krieg immer nur GNRA Hairpins die letzten Tage, nur mit irgendwelchen ORC-(6,5) als Variante...

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#30 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 14.03.2002 11:12

Gestern bekam ich erstmals 1SHF, welches mit 620 Atomen (500000 dynamic steps) auf meinem TBird@1.1GHz in 6 Std. 38 Min. und 20 Sek. fertiggestellt wurde.

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#31 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 19.03.2002 10:32

Heute erhielt ich auf meinem TBird@1.1GHz ein paar neue BBA5-Variationen:

NativeBBA5 ORC-(103,2): benötigt 3:41:40 (260 Atome, 500000 ds)
bba5_build_ext ORC-(83,8): benötigt 3:35:00 (260 Atome, 500000 ds)

Ob wir da wohl in eine neue Rechenphase eingetreten sind? :wink:

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#32 Ungelesener Beitrag von huraxprax » 22.03.2002 09:04

Jetzt sinds schon über 390 Hairpins am Stück, ich frag mal bei yahoo nach :roll:

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#33 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 22.03.2002 10:10

huraxprax hat geschrieben:Jetzt sinds schon über 390 Hairpins am Stück, ich frag mal bei yahoo nach :roll:
Äh? Übersetzung bitte? :bugeye:

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#34 Ungelesener Beitrag von huraxprax » 22.03.2002 11:00

Michael H.W. Weber hat geschrieben:[
Äh? Übersetzung bitte?
Michael.
Übersetzung: mindestens die letzten 390 Proteine bei mir waren GNRA Hairpin-Varianten, ich frage einmal in der Yahoo-Gruppe ob das einen tieferen Sinn hat daß wir Linuxuser keine anderen bekommen.

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#35 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 22.03.2002 12:13

Ach so, jetzt verstehe ich. Naja, also bei meiner Dose sind die GRNA Hairpins ebenfalls mit Abstand die häufigst bearbeiteten WUs. Allerdings habe ich zwischendurch auch mal was anderes... Anfragen im Stanfordforum kann sicher nicht schaden...

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#36 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 12.04.2002 21:59

Aha! Da trudeln auch schon die ersten Verbesserungen ein: ich habe soeben das erste Mal das Protein 601_BBAW_helix erhalten (133 Atome, 1.000.000 dynamic steps bei 200 (!) frames). Vermutlich (!) handelt es sich bei der 601 erstmals (!) um eine Projektangabe! Mein Gott, dafür habe ich monatelang geposted, daß mal die WU-Angaben mit Projektnummern korreliert werden.

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