CASP9

[MonsieurPoot]

Tja, also irgendwie...
Ich habe gerade eine WU erhalten, deren Name mit "CASP" anfängt - da liegt ja die Vermutung nahe, es könnte sich um eine CASP-WU handeln. Im Forum oder sonstwo steht allerdings weiterhin nichts.

- Poot

[vfrey]

Im Forum oder sonstwo steht allerdings weiterhin nichts.

- Poot

tja, eben typisch POEM...

[Torbjörn Klatt]

Heute wird man vermutlich auch nichts Neues erfahren

Habe meine PCs jetzt aber auch mal umgeschwenkt und lass sie schon mal bei POEM warm laufen.

Grüße,
Bohne

[Ritschie]

Tja, gestern gab's ein paar CASP-WUs, heute scheint es aber nur noch sehr vereinzelt welche zu geben. Kann mir das einer erklären?!

Gruß,
Ritschie

[mxplm]

Habe meine PCs jetzt aber auch mal umgeschwenkt und lass sie schon mal bei POEM warm laufen

dito

[MReed]

Habe meine PCs jetzt aber auch mal umgeschwenkt und lass sie schon mal bei POEM warm laufen

dito

same here.

[MonsieurPoot]

Ich habe in den letzten Tagen eine Anhäufung von Berechnungsfehlern auf meinen zwei (ab-und-an-)POEM-Rechnern. Nicht wahnsinnig viele, aber doch insgesamt vier Stück.
Geht es noch jemandem so?

- Poot

[Torbjörn Klatt]

Bei mir ist bislang nur eine abgeschmiert. Da es aber eine einfache data_*-WU ist, ist es mir eigentlich egal. Waren bei dir auch CASP-WUs dabei? Bei mir sieht das Log so aus:

Code: Alles auswählen

<core_client_version>6.10.17</core_client_version>
<![CDATA[
<message>
process exited with code 1 (0x1, -255)
</message>
<stderr_txt>
STDERR FILE

</stderr_txt>
]]>

Quelle:WU #27679042

Sollten sich solche Fehler häufen, einfach mal ins POEM-Forum posten.

Grüße,
Bohne

[Ritschie]

Also ich kann auf drei Rechnern (1 x WinXP_64, 2 x Linux_64) derzeit keine Errors bestätigen, weder data, noch CASP - außer die WUs, die ich nicht rechtzeitig abgeliefert hab . Projekt schon mal zurückgesetzt? Werd das heut nochmal genau beobachten und berichten.


Andere Frage: ist es normal, dass man während CASP läuft neben CASP-WUs auch datas bekommt?

Problem dabei ist, dass manche Projekte in der kurzen Zeitspanne nicht alle Proteine vorhersagen können (so auch Poem) und deswegen unausweichlich auf den hinteren Plätzen landen, weil einfach zu wenig Rechenkraft dahinter steckt.

Sollten dann nicht besser in der Zeit die normalen Berechnungen gestoppt werden, während CASP läuft? Oder ist das nur die Übergangszeit und die noch in Berechnung befindlichen data-WUs werden im Laufe der Zeit abgearbeitet und es werden keine mehr nachgeschoben? Oder ist CASP bei POEM@home nur noch nicht richtig angelaufen und befindet sich noch in einer Art Testphase? Leider gibt's ja nach wie vor keinerlei Meldung auf deren Homepage und in deren Forum.

Vielleicht kann ja jemand was dazu sagen, der sich erinnern kann, wie's bei vorherigen CASPs ablief.

Gruß,
Ritschie

[Torbjörn Klatt]

Ich meine mich daran erinnern zu können, dass die CASP-WUs eine höhere Prioriät zugewiesen bekommen hatte und vorläufig keine neuen data-WU erzeugt worden waren.

Sicherlich ist CASP bei POEM noch nicht richtig angelaufen und die vorhandene Rechenpower reicht dicke aus, um die paar CASP wegzurechnen. Das ist wohl auch ein Grund, weshalb die POEM-Admins es noch nicht für nötig hielten, eine Meldung rauszugeben.

Aber die Admins hatten ja bereits vor einigen Wochen geschrieben, dass sie am Anfang von CASP nur wenig Rechenzeit dafür benötigen. Gegen Ende Mai sollte sich das aber ändern. Ich denke in einer bis eineinhalb Wochen dürften wir nur noch CASP-WUs bekommen. Also noch ein wenig gedulden und die vorhandenen data-WUs vom Server wegrechnen.

Grüße,
Bohne

[MonsieurPoot]

Bis jetzt sind auch keine Errors mehr vorgekommen. Seltsam fand ich es dennoch, waren aber auch nur drei normale WUs, die handvoll CASPs sind bisher problemlos durchgeknuspert worden.
Sei es drum, weiter geht's, ich bin ja eh nur ein Smalltime-Cruncher...

- Poot

[Torbjörn Klatt]

Da ist die lang ersehnte offizielle Meldung von POEM:

May 17 , 2010 - CASP 9 starts

Also in 2010 POEM@HOME will participate in CASP. The first CASP workunits are from Target T517, where we try to fold a part of the protein (a three helix bundle) with POEM@HOME and merge it with another part created using homology information. The first week of CASP had only easy targets. The next weeks (especially June/July will bring more difficult targets according to the CASP commitee.

Quelle: http://boinc.fzk.de/poem//all_news.php#36

Übersetzung für diejenige, die im Englischen nicht so fit sind:

Auch in 2010 nimmt POEM@HOME bei CASP teil. Die ersten CASP workunits sind für Target T517, bei dem wir versuchen einen Teil des Proteins (einen drei-Helix-Komplex) mit POEM@HOME zu falten und mit einem anderen, mittels Homologie-Informationen erzeugten, Teil zusammenzuführen. Die erste Woche von CASP hatte nur sehr einfache Targets. In den nächsten Wochen (insbesondere im Juni/Juli) werden, dem CASP Komitee zufolge, anspruchsvollere Targets veröffentlicht.

Quelle: myself

Derzeit hat keiner meiner PCs CASP-WUs. Aber abwarten. Am WE werden die im POEM-Lab keine neuen erzeugt haben, so dass wohl in den nächsten Tagen mehr CASP zu erwarten ist. Ab Ende des Monats und speziell ab Anfang Juni bis Ende Juli sollte POEM dann aber das Maximum an Leistung zur Verfügung gestellt bekommen.

Grüße und happy crunching,
Bohne