P@H wer weiß was...???

[Mystwalker]

Würde eher sagen, dass die ein ausgiebigeres Testen durchführen sollten, ehe sie neue Versionen freigeben.
Es sollte ja reichen, wenn vielleicht 500 Leute ein Update bekommen. Dann sieht man schon erste Probleme, die man vielleicht bei einer Handvoll Rechnern noch nicht hat...

[Sebastianus]

Ich bin nun auch schon knapp 2 Wochen nicht mehr bei P@H! Warte bis es wirklich 1a läuft! Bin dadurch erstmals zu TSC gewechselt!!! Kann es sein, dass dort in Sachen Rechenkraft.net nicht mehr viel los ist?!? Ich mache habe bis heute knapp 1/4 der abgelieferten Candidates gemacht! Und das bei 220 Mitgliedern?!?

[Sascha_Luehrs]

Also ich weiss jetzt nicht, ob das so auszulegen ist, wie ich es mir in meiner Einfalt vorstelle, aber wenn es so auszulegen ist..

http://predictor.scripps.edu/forum_thread.php?id=316 (vom 16. Juli)

Simplified lattice model: Proteins are made up of a chain of amino acids, each consisting of several atoms. In our simplified model, each amino acid is represented by a single point on a 100 x 100 x 100 cubic grid. These simplifications immensely cut down computation time compared to an all atom model with coordinates represented by floating point numbers. Of course, it's not as accurate.

http://predictor.scripps.edu/news_updates_ps.php (Nachricht vom 29. Juli):

7/29/04 - We have recently been dealing with problems presented by two difficult targets, namely t0235 and t0216. These targets are especially challenging due to their large size: 499 and 435 amino acids in length, respectively. Proteins of this size apparently push the size limitations of our lattice grid in mfold calculations and unexpected exits occur due to failed energy checks. These complications are normal for such large and challenging targets and should not be worried about. Thank you for your continued support and let us know if you have any questions or comments.

.. dann fall ich echt vom Glauben ab

[Mystwalker]

Öhm... wie stellst du es dir denn vor?

Für mich klingt das so, als ob eine geschwindigkeitssteigernde Beschränkung nun dratische Auswirkungen hat, da sie wohl nicht beachtet wurde.
Passiert aber auch bei anderen Projekten. Bei SB zum Beispiel könnten eine Zeit lang P4-Rechner Tests ab einer gewissen Größe nicht bearbeiten, da die SSE2-Optimierung hier einen Fehler hatte...

[Sascha_Luehrs]

Öhm... wie stellst du es dir denn vor?

Ich stelle mir das so vor, dass die mit einem dreidimensionalen Koordinatenfeld arbeiten, das eine "Auflösung" von 100x100x100 Punkten hat, und das an jedem dieser Punkte eine Aminosäure sein kann. D.h. hätte ich eine Aminosäuresequenz, die ich nach eigenem Ermessen frei verlegen dürfte, dann würde sie selbst dann in dieses Gitter hineinpassen, wenn sie 100x100x100 = 1.000.000 Aminosäuren lang wäre. Da man sie aber ja nunmal net frei verlegen / "stapeln" darf, sondern sie ja nunmal "selbst entscheidet", welche dreidimensionale Struktur sie annimmt, ist doch klar, daß mit etwas Pech eine 499 Aminosäuren (= 499 Punkte) lange Sequenz in diesen hundert x hundert x hundert Punkte messenden Würfel nicht reinpasst. Oder hab ich da jetzt was völlig falsch verstanden?

[Mystwalker]

Dürfte hinkommen - die Frage ist jetzt nur, mit welcher Wahrscheinlichkeit eine Sequenz wirklich rausragt. Wenn das i.A. nicht vorkommt, sehe ich wenig Probleme damit. Interessant wäre es natürlich, wenn man die Würfelgröße parametrisierbar machen könnte, so dass sie genau so gross ist wie sie sein muss...
Außerdem müssten die P@H'ler genaugenommen alle Einschränkungen in eine Checkliste eintragen und diese vor Freigabe eines Targets durchgehen...

[Sascha_Luehrs]

Dürfte hinkommen - die Frage ist jetzt nur, mit welcher Wahrscheinlichkeit eine Sequenz wirklich rausragt.

Ja, das sehe ich ja auch durchaus selbst so. Bloss... ok, das ist nur mein "Gefühl", aber ich glaube, so gering ist diese Wahrscheinlichkeit nicht. Werden denn nicht -also, weiss ich ja nicht- , von denen ganzen Clients, die parallel an der Strukturvorhersage eines Proteins herumrechnen, auch viele verschiedene Konformationen durchprobiert? Ich meine, weiss ich ja nicht, aber wenn das so wäre, dann wäre ja denkbar, daß es bei dem einen oder anderen Versuch zu solchen "out of bounds"-Ereignissen kommt.

Wenn das i.A. nicht vorkommt, sehe ich wenig Probleme damit.

Das ist eben der Angelpunkt dabei..

Interessant wäre es natürlich, wenn man die Würfelgröße parametrisierbar machen könnte, so dass sie genau so gross ist wie sie sein muss...

Tja.. erinnert so spontan an die Vorzüge eines Vektors gegebenüber einem Array.

Ok, das ganze klingt jetzt vielleicht alles ein bißchen sehr hochnäsig, aber ich hab halt Zweifel daran, ob das wohl so eine gute Idee war, ein auf 100x100x100 Punkte begrenztes Koordinatenfeld zu nehmen, wenn vor Projektbeginn bekannt ist, daß auch etwas größere Proteine berechnet werden sollen

Interessant wäre außerdem, ob wir schon Sequenzen berechnet haben, die länger als diese beiden waren, und bei denen das geklappt hat.
Von den Sequenzen, die momentan auf der rechten Seite des P@h-Hauptseite unter "Current Targets" aufgelistet sind, sind t0216 und t0235 auch tatsächlich die längsten, die einzige andere, die auch über 400 Aminosäuren lang ist, ist t0228 mit 429 Aminosäuren.

[laguna]

P@H ist wieder online.
Mein Work Client hat gerade neue WUs gezogen.
Allerding scheinen das einige zu tun. Der Download hakelt etwas.
Der Server ist wohl etwas überlastet.

[Michael H.W. Weber]

Die Größe dieser Proteine ist für ab inito Vorhersagen EXTREM groß. Und natürlich macht PAH - wie alle anderen Rechenverfahren - eine Reihe von Vereinfachungen, um der Sache rechnerisch überaupt gewachsen zu sein. Ich sage das jetzt nochmal, aber nicht umsonst baut IBM für das Proteinfaltungsproblem einen eigenen Rechner und auch der wird unterdimensioniert sein.

Die PAH-Seite ist "up", aber EXTREM langsam. Also etwas Geduld.

Michael.

[laguna]

Die erste Charm lief perfekt durch.
Bei der zweiten hat es BOINC komplett abgeschossen.
Alle anderen WUs hat es mit ins Nirvana gerissen.

[frank]

... Ich mache habe bis heute knapp 1/4 der abgelieferten Candidates gemacht! ...

Wie kommst Du denn darauf?? Bis heute hast Du 1,687 cands abgeliefert. Allein DrEvil (unsere Team No 1 bei TSC) hat bereits 167,540 berechnet. Hast Du möglicherweise in einer falschen Statistik nachgesehen???
Gruß
frank

[Mystwalker]

Ging es vielleicht um die Tagesstatistik?