Neues Projekt: Rosetta@home

[SpeedKing]

kann ich selbstverständlich machen, aber ich hab den namen gegeben, da:
http://217.160.138.71/wiki/index.php?ti ... Namenswahl

ich bin dann eher der meinung, dass die anderen teamnamen geändert werden sollten.

Kannst du mir mal bitte den Link auf die Umfrage geben, in der wir uns für "Rechenkraft.net - Germany" entschieden haben sollen? Ich kann mich da nämlich an eine erinnern, bei der das Ergebnis "Rechenkraft.net" war (weswegen wir bei allen neuen Projekten auch so heißen), finde die aber nicht. Die müßte so Ende 2003 - Anfang 2004 gewesen sein.

[frank]

Öhm, eine der hinteren Ecken meines Gehirns sagt mir, dass es mal so eine Abstimmung gab.Ich kann das Endergebnis aber nicht mehr wirklich erinnern. Ich meine aber dass seinerzeit (zumindest zwischenzeitlich) der Zusatz "-Germany" favorisiert wurde, um auch DCler fürs Team zu gewinnen, die nicht im Forum aktiv sind / werden wollen. Damals wurde mit so ner Art "Nationalmannschaftseffekt" argumentiert...
Aber is aber schon lange her und ich finde es auch nicht soo schlimm, wenn mal der Zusatz "-Germany" auftaucht und mal nicht.

[Michael H.W. Weber]

Öhm, eine der hinteren Ecken meines Gehirns sagt mir, dass es mal so eine Abstimmung gab.Ich kann das Endergebnis aber nicht mehr wirklich erinnern. Ich meine aber dass seinerzeit (zumindest zwischenzeitlich) der Zusatz "-Germany" favorisiert wurde, um auch DCler fürs Team zu gewinnen, die nicht im Forum aktiv sind / werden wollen. Damals wurde mit so ner Art "Nationalmannschaftseffekt" argumentiert...
Aber is aber schon lange her und ich finde es auch nicht soo schlimm, wenn mal der Zusatz "-Germany" auftaucht und mal nicht.

Das ist richtig und fand meiner Erinnerung nach vor Speedkings dazustoßen statt. Ich muß ganz ehrlich sagen, inzwischen wäre es mir lieber, wir hätten überall schlicht Rechenkraft.net stehen, denn das Argument für das Germany-Anhängsel war damals, daß wir uns dadurch erhofften, daß sich nicht immer soviele andere deutsche Teams gründen würden. Diese Tendenz konnten wir durch das Anhängsel - nun nachweislich - nicht unterbinden oder reduizieren. Insofern ist es meiner Ansicht nach überflüssig. Aber wirklich stören tut es mich auch nicht...

Michael.

[vfrey]

hier mal ein interessanter Beitrag aus dem Forum von World Community Grid, welches auch mit der Rosetta-Software arbeitet, allerdings auf der Plattform von grid.org.

How does the human proteome folding project (HPF) on the world community grid (WCG) relate to Rosetta@home?

We are working with the bakerlab on HPF on the WCG and think of the two grids as very different parts of the solution of getting function out of fold prediction: one using Rosetta and one improving Rosetta (Dbaker is involved in both projects). I spoke with David Baker this mourning and we talked about the rolls for the two grids. We also talked about differentiating the two grids at the last annual Rosetta code developers meeting (RosettaCON-2005). It is important to differentiate Rosetta@home from the HPF project (the one currently running on the grid), so I’ll take a few lines to explain each from the perspective of motivation. The two grids HPF and Rosetta@home are not competing grids and we would like to see them both thrive.

Rosetta@home is run by the bakerlab (David Kim) as a way to accelerate development of the Rosetta code. With the focus on all-atom refinement and protein design even their benchmarks (to see if they broke the code or improved the code) are taking a large amount of time. Thus, Rosetta@home is primarily for testing new versions of the Rosetta code and making Rosetta better. Also the robetta server might be hooked up to this project as well. This ideally is a smaller grid than the WCG that meets the spikes in the compute demands of the robetta server and the bakerlab, which are modest compared to the HPF projects computational needs. Rosetta@home will not produce databases that will in turn be used by biologists but if helpd to make the code better, which in turn helps efforts, like HPF, that use the code to give biologists usable fold and function predictions.

Conversely, our project, HPF on the WCG, aims to use stable versions of Rosetta to make predictions that can be presented to biologists and biomedical researchers in comprehensive databases with intuitive front ends. HPF on the WCG can be thought of as the production phase of the project, where we produce function annotation for many genomes and then distribute this product to biologists. Due to the large number of proteins we’re folding (comprehension is essential) we need a great deal more computer time that the problems Rosetta@home as designed to carry out.

Hope this helps…

Der Beitrag ist von Richard Bonneau, einem der an WCG beteiligten Wissenschaftler. Wenn ich das richtig sehe, sagt er im Wesentlichen aus, dass Rosetta@Home Grundlagenforschung zur Verbesserung der Rosetta-Software anstrebt, WCG hingegen die tatsächliche Anwendung an Proteinen betreibt. Dies ist wie gesagt nicht die offizielle Aussage von David Kim von Rosetta@Home.

[aalerich]

Naja, der wird uns schon nicht die Taschen vollhauen.
Das würde bedeuten, daß (übertrieben gesagt) eine Stunde für Rosetta gerechnet später tausend Stunden Rechenzeit einsparen kann. Kann wohlgemerkt, Erfolg halt vorausgesetzt.

Und wieder einmal steht die Frage, für welches Projekt...

Mit freundlichen Grüßen
aalerich

[Michael H.W. Weber]

Es ist genau so, wie oben beschrieben: Rosetta@home soll dazu dienen, den Rosetta-Algorithmus weiter zu verbessern. Die Anwendungen erfolgen über WCG. Deswegen habe ich ja auch auf Rosetta@home umgesattelt.

Grundlagenforschung ist mir - gerade auf diesem Gebiet - viel wichtiger als deren Anwendung, denn im Bereich Proteinstrukturvorhersage ist man noch ein gutes Stück entfernt von dem, was man am Ende erreichen möchte. Im übrigen setzen die meisten Leute auf Anwendungen. Dem setze ich gerne mal etwas entgegen, aber das muß natürlich jeder für sich entscheiden. Beides ist sicher sinnvoll, bloß oft sehe ich eben das Geld primär in Anwendungen fließen, wobei dann die Grundlagenforschung zu kurz kommt. Das ist in meinen Augen immer sehr schade, weil man könnte vielleicht schon ganz wo anders sein, wenn man mal mehr in Grundlagenforschung investiert hätte.

Michael.

[M. Franckenstein]

habe mich auch mal angemeldet ...


JE1SUS

[Gast]

hallo,

gibt es denn mittlerweile erkenntnisse im bezug auf die rechendauer einer wu ??

greetz

[M. Franckenstein]

hallo,

gibt es denn mittlerweile erkenntnisse im bezug auf die rechendauer einer wu ??

greetz

ich habe mal im Forum vom Projekt nachgefragt ....

[vfrey]

soweit ich es bisher beurteilen kann, sind die Zeiten unterschiedlich. Auf durchschnittlichen Rechnern habe ich bisher zwischen knapp 10 Stunden und 17 Stunden CPU-Zeit pro WU benötigt.

[M. Franckenstein]

Im Forum habe ich folgende Antwort bekommen

For my fisrt WU, my athlon xp 2600 + Take 12 hours to complete the WU.

JE1SUS

[VadderSchlumpf]

14865 12982 18 Sep 2005 6:21:54 18 Sep 2005 15:48:49 Over Success Done 11,546.70 15.27 15.27
14807 12924 18 Sep 2005 9:27:03 18 Sep 2005 18:50:55 Over Success Done 10,930.56 14.46 14.46
14654 12771 18 Sep 2005 12:42:17 18 Sep 2005 19:48:15 Over Success Done 10,794.90 14.28 14.28
14603 12720 18 Sep 2005 0:14:56 18 Sep 2005 9:27:03 Over Success Done 10,870.15 14.38 14.38
14559 12676 18 Sep 2005 3:18:28 18 Sep 2005 12:42:17 Over Success Done 10,974.94 14.52 14.52
14089 12207 17 Sep 2005 14:51:32 18 Sep 2005 3:18:28 Over Success Done 11,265.11 14.90 14.90
13905 12023 17 Sep 2005 21:05:08 18 Sep 2005 6:21:54 Over Success Done 10,887.26 14.40 14.40
13850 9572 17 Sep 2005 8:59:08 17 Sep 2005 21:05:08 Over Success Done 20,026.71 26.49 26.49
13825 9916 17 Sep 2005 9:02:30 18 Sep 2005 0:14:56 Over Success Done 22,099.68 29.23 29.23

also bei mir haben sie alle so zw. 11 000 und 23 000 sekunden gebraucht (also 3 und 6 stunden) auf einem amd athlon xp mit 1500 mhz unter linux. vor allem das betriebssystem ist wie ich in deren forum gelesen hab ist ausschlaggebend für die rechendauer... der win-client ist wohl noch nicht so ausgereift und noch nicht so schnell wie der linux-client.

allgemein stehen noch einige änderungen an, bis das projekt aus der beta raus darf...

bzgl. teamname: änder ich dann einfach gleich in Rechenkraft.net. mir ist das ja schnuppe... wenn keiner einwände hat...

edit: nochwas ärgerliches, was ich bei denen im forum las: das projekt benutzt zwar checkpointing, rechnet auch ungefähr da weiter, wo es aufgehört hat, doch die rechenzeit wird auf 0 zurückgesetzt. dementsprechend bekommt man viel weniger punkte.
an einer lösung wird gearbeitet, die ursache ist aber wohl noch unklar.