amd pc friert ein

[Michael H.W. Weber]

Kleine Zusatzinformationen für Pinguinliebhaber. Unter Linux läuft GROMACS schneller als unter Windoof. Ich nutze Windoof.

Michael.

[GD69DN]

Also ich habe bisher erst eine GROMACS für zuhause erhalten. Ob ich bei den Rechnern im Betrieb auch ein oder zwei erhalten habe müsste ich mal nachschauen. Ist mir aber eigentlich auch egal, da die eh immer nur im Hintergrung falten.
Zuhause habe ich FAH als Console-B unter Linux laufen, im Betrieb 1x unter Win XP und 2x unter Win98SE. Mir persönlich gefallen Consolentasks besser, da die Sachen bei mir ja eh nur im Hintergrund laufen sollen.
Kann es sein, dass die Berechnung einer GROMACS WU länger dauert, als die einer TINKER, bei gleicher Anzahl der Berechnungsschritte? Wenn ja, woran liegt es?

[Michael H.W. Weber]

Kann es sein, dass die Berechnung einer GROMACS WU länger dauert, als die einer TINKER, bei gleicher Anzahl der Berechnungsschritte? Wenn ja, woran liegt es?

Also es gibt keine WUs, die sowohl unter GROMACS als auch TINKER gerechnet werden, daher ist ein direkter Vergleich ausgeschlossen. Die Zahl der Berechnungsschritte (frames) sagt generell gar nichts über den Rechenaufwand aus, sondern gibt bestenfalls an, in wieviele Einzelpakete die vorliegende Rechenaufgabe aufgeteilt ist (Zahl der "checkpoints"). Grundsätzlich wird unter GROMACS komplizierteres gerechnet als unter TINKER, d.h. man dürfte davon ausgehen, daß GROMACS WUs oft länger dauern als TINKER.
Ganz wichtig ist es, daß Du prüfst, daß die Konsole mit aktivierten "assembly optimizations" läuft. Das erzwingst Du, indem Du "Fah3Console" mit "-forceasm" startest. Grund: Wenn der Rechner aus egal welchem Grund einmal abstürzt, wird FAH nach Neustart annehmen, daß es den Absturz selbst verursacht hat, schaltet die FPU-Optimierungen aus und bleibt dann in diesem suboptimalen Zustand. Unter solchen Bedingungen brauchen GROMACS WUs dann "eine Ewigkeit".

Michael.