wie kann ich offline falten

[fw77]

So nun kanns weitergehen. Der Rechner zuhause läuft auf Hochtouren. Bei dem derzeitigen Protein werde ich wohl ewig brauchen eh brauchbare Anzahlen zum Upload bereitstehen, aber was solls. Schade das ich erst so spät auf die Seite gestoßen bin.
Ich werde dann mal nach Möglichkeit einen Unirechner über Nacht laufen lassen.


fw77

[masel]

Wäre jemand so freundlich und schickt mir den aktuellen Client per e-Mail? Ich kriegs irgendwie nicht hin den runterzuladen, da normal Port 21 gesperrt ist, bzw wenn ich es doch runtergeladen krieg ständig CRC-Fehler drinn sind.
Falls es jemanden geben sollte bitte hier im Forum bescheidgeben, da mein Postfach auch nicht unerschöpflich ist .

[Abdhul]

Bitteschön!

Hoffe du hast den Windows Text-Client gemeint.

Grüße, Paul

[Gast]

Jup, den hab ich gemeint.

[fw77]

So nun habe ich mal die Ergebnisse der letzten Woche geuppt. Besonders viel wars nicht, aber Kleinvieh macht auch Mist.

Noch eine Frage zur Auslastung. Ich habe mir letzte Woche dann doch noch 256 MB RAM "gegönnt". Kann jetzt also den Clienten mit -rt laufen lassen. Wenn ich jedoch mal die Auslastung des Rechners anschaue, muß ich feststellen, dass nur 25% der CPU Leistung genutzt werden. Wie kann ich das erhöhen. Würde es etwas bringen einen zweiten Klienten ohne -rt mitlaufen zu lassen? Wenn 2 Clienten mit mehr RAM laufen behaken die sich bei mir.

fw77

[exec]

Falls du unter Windows faltest und zufällig Win2k bzw. WinXP benutzt kannst du die Prozessortpriorität hoch setzen.
Unter Linux gehts ex mit dem Befehl nice (Argument -20 bis 20/ -20 Höchste Priorität u. 20 niedrigste Priorität).

[fw77]

Bei mir läuft WinME. Ein Wechsel ist zur Zeit nicht geplant. Sonst noch Vorschläge? Noch mal ein paar Daten: PIII 866MHz, 384 Mb SDRAM.

[S_Garbe]

mit Win98 hatte ich das Problem auch mal - ich hab dann einfach die Priorität von DF per DFGui etwas erhöht - ein Wert zwischen -5 und -10 war dann optimal - einfach mal austesten

Gruß
Stefan

[Waldschrat]

wenn Du allerdings auf Disketten angewiesen bist, dann brauchst du alle .val.bz2 , alle .log.bz2 und die filelist.txt - das setzt natürlich vorraus, das auf dem Rechner von dem der Transfer stattfinden soll der Client vorhanden ist

Hi,
ich falte nun bereits einige Wochen jeweils für einige Stunden täglich auf meinem Heimrechner (Linux) funktioniert auch recht gut. Vor einer Woche hab ich dann auf einem nur teilweise ausgelasteten Laborrechener den Windows-Client installiert, kann dort 24 h rennen und bringt damit auch einige Strukturen. Der Upload muss über meinen Heimrechner laufen, die oben angegebenen Dateien kann ich mir per Mail zusenden.

Leider gibt es beim Upload jedesmal eine Fehlermeldung und ich muss die ersten beiden Einträge in der filelist.txt löschen. Damit scheine ich dann auch jeweils einige Strukturen zu verlieren . Kennt jemand eine Lösung?

Waldschrat

PS: Hoffe wir können mit dem neuen Client gleich richtig durchstarten

[Michael H.W. Weber]

Zur korrekten Konfiguration zwecks offline-Faltens gibt es zwei Möglichkeiten.

1. Du liest die mit DF kommenden readme-Dateien durch. Dort steht das genau beshrieben, wie man die "foldit.bat" modifizieren muß, damit das funktioniert.
2. Du besorgst Dir dfGUI und stellst dort alles so ein, wie es an unzähligen Stellen hier im Forum beschrieben ist. Diese Möglichkeit setzt allerdings ein Windows-Betriebssystem voraus.

Du solltest tatsächlich die Umstellung auf offline-Betrieb vornehmen, da der Sendeversuch einiges an Rechenzeit kostet - vor allem, wenn er vergeblich ist.

Michael.

[Waldschrat]

Du solltest tatsächlich die Umstellung auf offline-Betrieb vornehmen, da der Sendeversuch einiges an Rechenzeit kostet - vor allem, wenn er vergeblich ist.

Die Anleitung von Pascal finde auch recht gut. Der Windows-Client läuft mit -if offline. Nach Probieren hab ich -rt wieder zurückgenommen, hat mit 128 MB nur zum Swappen und damit ca. 10 % Leistungsverlust geführt.

Mit meinem Problem hab ich mich wohl nicht klar ausgedrückt. Ich falten Offline auf einem Win98-System. Online bin ich mit einem Linux-System, dass auch am Falten ist. Die Daten vom Win98-System kann ich nicht direkt uploaden, sonder muss den Umweg per e-mail zum Linux-System gehen.
Wenn ich jetzt die entspechenden Dateien in mein Verzeichnis /df kopiere und ./foldit starte, kommt eine Fehlermeldung sinngemäss "Fehlerhafte Datei in Uploadliste". Auf der Homepage von DF bin ich unter News/Known Bugs/ gleich im ersten Absatz fündig geworden. Dort wird vorgeschlagen die ersten beiden Zeilen aus filelist.txt zu löschen, funktioniert auch. Leider hab ich dabei das Gefühl, dass dabei jedesmal einige Stukturen, zwischen 0 und 5000, auf der Stecke bleiben. Da bisher niemand im Thread von solch einem Fehler geschieben hat, gehe ich davon aus, dass es eine Möglichkeit gibt den Client anders zu konfigurieren, bzw. es sich um das Zusammenspiel zwischen Win98- und Linux-Client geht.

Waldschrat

[Michael H.W. Weber]

Mit diesem speziellen Problem kenne ich mich leider nicht aus. Was aber die Option -rt betrifft, die führt beim DF Client zur Verdopplung der Rechengeschwindigkeit und sollte daher aktiviert sein. Sie bewirkt, daß die Rotamerbibliothek ins RAM expandiert wird, was dann je nach Protein zu einem erhöhten RAM-Anspruch (bis jetzt bis zu 150 MB) führt.

Michael.