neues Projekt unter WCG: Nutritious Rice for the World

[frank]

Der Reis - oder allgemeiner World Community Grid - hat es übrigens ins ZDF gebracht:

http://www.heute.de/ZDFheute/inhalt/23/ ... 87,00.html

Leider fehlt www.rechenkraft.net bei den aufgeführten externen Links, das wäre es gewesen...

Ich habe mal deren Kontaktformular genutzt

[X1900AIW]

Von Greenpeace Deutschland liegt mir inzwischen eine zitierbare Antwort vor:

"...zum angeprochenen Projekt. Es geht dabei nicht um gentechnische Manipulationen am Reis, sondern um das sogenannte "marker assisted breeding" oder auch "smart breeding" - hierbei werden molekularbiologische Verfahren nicht dazu eingesetzt, um die Pflanze gentechnisch zu verändern, sondern um Erbeigenschaften gezielt zu detektieren und weiterzuzüchten. (...)

Wir begrüßen diese Methode als Alternative zur Gentechnischen Manipulation. Wachsam muss man aber im Bezug auf die Patentierung sein. Wir befürchten, dass Firmen versuchen, Pflanzen die mit Hilfe dieses Verfahrens gezüchtet werden, zu patentieren." (Mail von Greenpeace Hamburg liegt mir vor, wegen Spam-Risiko keine Nennung, auf Anfrage PN)

Nur als Ergänzung zu meinem Post vom 13.05., nicht um die Diskussion wieder anzustossen.

[Michael H.W. Weber]

Ich habe inzwischen auf meine zweite Anfrage auch eine Antwort bekommen. Poste ich später.

Michael.

[Michael H.W. Weber]

So - etwas spät, aber ich habe einfach so viel um die Ohren in der letzten Zeit. Hier meine Anfrage (Anrede und Abspann habe ich hier mal weggelassen):

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I have read about your WCG-hosted distributed computing project "Nutritious
Rice for the World" and I have a question. Could you please explain to me in
more detail, how comparative protein structure prediction of different major
rice strains shall be related to the future breeding of better rice strains? I
am a chemist specialized in biochemistry and molecular biology, so you may very
well go in depth with any explanation you would like to provide.
I am asking, because people asked me to provide an explanation concerning your
project, but I must confess that I cannot do this taking the information you
provided on the WCG (and your own) website. To my knowledge, in eukaryotes,
presumably all proteins are governed by regulatory RNAs which ulimately control
expression timing, produced amounts and mRNA as well as corresponding protein
stabilities. Even finding out about all protein structure differences between
major rice strains to my opinion will never suffice for making a decision of
which strain to interbreed with which in order to construct an improved
species, especially since (i) to my knowledge even the proteins responsible for
phenotypic differences in different rice-strains are far from being
sufficiently characterized and (ii) the structures your system will supply are
theoretical models that would require experimental validation.
But maybe I have overlooked some important points, so I wanted to ask you
directly before trying to give an explanation on my own to those that had asked
for it.

Und hier dann die Antwort:

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Hi Michael,

Thanks for asking. The email 
rice@compbio.washington.edu is the best one to use. My 
response is below.

To your first point: this is why we are doing the 
project  :)  Predicting the structure will let us focus 
our attention to those proteins that can be studied in 
detail. Some genes have been studied, for example see 
this recent paper:

  "Natural variation in Ghd7 is an important regulator 
  of heading date and yield potential in rice", Weiya 
  Xue, et al. Nature Genetics (04 May 2008), doi: 
  10.1038/ng.143

We have had success with structure predictions in the 
past and expect to obtain structures that are quite 
close to the "real answer". You can see our CASP 
results with experimental validation.

Having said that, you are right that our predictions 
are just that, and the real structure may be 
different, but close predictions will let us focus our 
expectations for each protein. For example, with 
Protinfo, we can model the binding of these proteins 
to ions, small molecules and other proteins, and infer 
the function that can be experimentally validated. 
Host-pathogen interactions are certainly relevant in 
this case. We can also build predicted interaction 
networks and identify "hub" proteins or cluster of 
proteins that likely play a critical role in the 
organism's behavior, and study those.

Our techniques are generally applicable to all 
organisms, but of course special considerations must 
be made -- for example, knowledge on Arabidopsis (a 
dicot) does not easily transfer to rice (a monocot).

In addition, there are important proteins for which 
the structure cannot be determined using NMR or X-ray 
crystallography (for example, transmembrane proteins 
that require the lipid bilayer), and a good guess at 
designing experiments to understand their behavior is 
to predict the structure computationally.

So, once we have predicted the structure of proteins, 
we can begin to follow through with the remaining 
steps to make predicted characterizations, and 
collaborate with rice researchers to discover 
proteins/genes that look promising. Once that happens, 
cross-breeding can be done, but this is in the future 
for now.

-Michal

Michael.

[CurlyM]

Nutritious Rice for the World - NEWS vom 28.08.2008:

Homepage:
http://protinfo.compbio.washington.edu/rice/status.html

WCG-Forum:
http://www.worldcommunitygrid.org/forum ... read=21792

grobe Übersetzung (ohne Gewähr):
28. August 2008 - Seit Projektbeginn, habt Ihr Stichproben aus einem Bereich von rund 3 Milliarden potenziellen Strukturen für jedes Protein entnommen und für die Besten Credits erhalten. Wir haben bisher für 6800 Proteine Strukturen erhalten - das sind mehr als eine Milliarde Strukturen. Es gibt ca. 40.000 Proteine, für die es Strukturen zu berechnen gibt, also haben wir noch eine Menge zu tun!

Während Ihr weiterhin diese Strukturen erzeugt, werden wir sie mittels Cluster-Techniken genauer untersuchen. So werden uns die Strukturen aufgezeigt, die realen Proteinen ähneln. Wir haben diesen sich wiederholenden Prozess im kleinen Maßstab erfolgreich angewendet, und dieser größere Pool von Cluster-Daten wird die Genauigkeit für gute Strukturvorhersagen verbessern.

Und übrigens, das Status-Image wurde aktualisiert.

[X1900AIW]

Immer schön zu hören, daß es vorangeht.

Hat jemand noch das Status-Bild von vorher ? Hätte mich nur interessiert ...

[Dennis Kautz]

Hat jemand noch das Status-Bild von vorher ? Hätte mich nur interessiert ...

Nein, aber bis auf ein paar hundert blaue Pünktchen war es komplett schwarz. Wenn's so weiter geht, sind wir in nem halben Jahr fertig, würd ich schätzen.

[scsimodo]

Hat jemand noch das Status-Bild von vorher ? Hätte mich nur interessiert ...

Nein, aber bis auf ein paar hundert blaue Pünktchen war es komplett schwarz. Wenn's so weiter geht, sind wir in nem halben Jahr fertig, würd ich schätzen.

Wobei mich da mal die Prorität seitens WCG interessieren würde. NRW hat rd. 50.000 WUs/d, DDDT aber nur um die 16.000. Gerade NRW sollte doch aber Prio haben, weil single redundancy und daher "gehaltvoller".

BTW: Hat schon mal jemand WCG mit anderen Projekten (speziell Docking) laufen lassen? Bei mir wird Docking total verdrängt und nur noch WCG gerechnet. Schöne shice

[Dennis Kautz]

DDDT ist soviel ich weiß inzwischen auch auf single redundancy umgestellt.

[scsimodo]

DDDT ist soviel ich weiß inzwischen auch auf single redundancy umgestellt.

Weia, hab die Namen verbuchselt DDDT war ja das Projekt, was umgestellt wurde, nicht NRW. Ich behaupte ab sofort das Gegenteil

[Martok]

Hast du schon http://www.gridrepublic.org ausprobiert. Kannst ja da deine Projekte adden/synchronisieren und dann unter Projekt Details die Prozentmenge der Zuteilung der Projekte einstellen. Hab selber noch keine Änderung ausprobiert, werde das jetzt aber mal mit WCG und Cels testen.

[CurlyM]

Es gibt ein neues Video zu Nutritious Rice for the World!