Biologische und Medizinische Projekte...

[Alex]

... mal doof gefragt: bringen die überhaupt sinnvolle Ergebnisse?

Also d.h. ich möchte jetzt hier nix irgendwie abwerten oder so und ich finde die Idee auch ganz interessant da im Dienste der Wissenschaft seine Rechenpower zur Verfügung zu stellen. Aber einige Projekte gibt es ja nun doch schon seit längerer Zeit, sind da irgendwo praxisrelevante Ergebnisse zu verzeichnen? Oder rechnet man an sowas einfach nur rum ohne wirklich zu wissen ob jemals etwas Brauchbares (im Sinne der Ziele der einzelnen Projekte) dabei rauskommt?

[Patrick Keller]

Bei Find-A-Drug zum Beispiel gibt es einige gute Ergebnisse die evtl. zu Gegenmitteln führen können. Folding@Home hat auch schon gute Ergebnisse in Richtung Grundlagenforschung betrieben und sehr viele gute Ergebnisse geliefert.

[Michael H.W. Weber]

Bei Find-A-Drug zum Beispiel gibt es einige gute Ergebnisse die evtl. zu Gegenmitteln führen können. Folding@Home hat auch schon gute Ergebnisse in Richtung Grundlagenforschung betrieben und sehr viele gute Ergebnisse geliefert.

Da sollte man mal ganz klar sagen, daß zweifellos FAD Substanzen identifiziert hat, die im Laborversuch definitiv HIV killen. FAH kann Proteinfaltung korrekt vorhersagen. Fazit: Klare Ergebnisse, die anderswo ihresgleichen suchen. Dasselbe gilt für Lifemapper.

Michael.

[Sascha_Luehrs]

Imho ist es auch besonders gut, wie bei FAD auf chemischen Weg auch gegen Viren zu forschen. Zum Beispiel trägt jeder Mensch, der schon einmal in seinem Leben Windpocken gehabt hat, das Risiko, irgendwann im Alter, wenn das Immunsystem mal besonders geschwächt ist, an Gürtelrose zu erkranken, weil der Windpocken- und Gürtelrose-Erreger Varizella Zoster nach einer Windpockeninfektion lebenslang im Körper verbleibt und eigentlich nur die ganze Zeit vom Immunsystem in Schach gehalten wird. Desweiteren gibt es auch ernstzunehmende Hinweise darauf, dass Rheuma, Multiple Sklerose und einige andere schwere Krankheiten durch möglicherweise beständig im Körper bleibende Viren verursacht sind. Gegen Viren gibt es mit Ausnahme von Impfungen auch bisher kaum brauchbare Medikamente.

[nozi]

Hallo Alex !

Oder ein ausführliches Beispiel von FAD : ( über FAD im allgemeinen von deren Webpage die Selbstbeschreibung )

[edit]
About Find-a-Drug
Find-a-Drug is a not for profit distributed computing project which was set up by Treweren Consultants, the company who developed the THINK software. Find-a-Drug aims to run a series of projects in parallel addressing a number of diseases which have a major impact on health. We seek to collaborate with the world's leading experts including academics in each therapeutic area. Members may elect to opt in and out of projects at any time using the Find-a-Drug control panel. The progress of each project as well as contributions of our members are published on the web-site. Members can print milestone certificates when they pass milestones for the numbers of molecules processed, the computer time contributed and points generated. The list of members who have found molecules which exhibit the desired biological activity when tested in the laboratory is also published and special active molecule certificates are awarded to these members. It is usual for these certificates to be issued some months after the computer predictions are available and only a subset of the molecules predicted to be active are tested.

Any-one with a PC can help the research by downloading the THINK software. This software runs in background or as a screen-saver so that it does not interfere with normal use of the PC. When the computer is not otherwise being used, the software evaluates the potential of molecules to interact with a protein target. Each molecule that is predicted to interact with the target is considered a "hit" and may become a new drug for treating an important disease. Jobs consisting of about 10,000 molecules are downloaded from the Internet and the list of hits returned. A typical job runs for 6-12 hours on an average PC. The data files downloaded from the Find-a-Drug servers are encrypted as a precaution against a virus or other harmful agent being introduced to the computers.

The initial funding has come from Treweren Consultants but income from partnership agreements to exploit the results will allow Find-a-Drug to become self-funding. Announcements about these agreements and which protein targets they relate to will be made in due course. The results from public interest projects such as the Bioterrorism Antidote project will be made available to approved academic and government research laboratories without charge. We welcome proposals from academics to consider specific protein targets and are sympathetic to requests for a subset of the results. Our preferred partners are small pharmaceutical companies including University spin-off companies with scientific expertise in the therapeutic area who can utilise the results effectively. We are working towards Find-a-Drug.org gaining charitable status which would provide certain tax benefits and independence. The trustees of Find-a-Drug.org will distribute any profits for research. As the costs of running this project are low, research grants would include a substantial part of any income from licensing the results and royalties on sales.

The first internet based computing project which used the THINK virtual screening software was hosted by United Devices in collaboration with the Oxford University. Funding for the original project came from the National Foundation for Cancer Research (NFCR) and Intel Corporation. The science for this project was directed by Keith Davies while he was an honorary research fellow at the University. Keith is a founding Director of Treweren Consultants and Find-a-Drug. The Find-a-Drug cancer project is a reflection on Keith's personal motivations and interest in continuing the work begun with United Devices developing therapies for a disease which affects one in four individuals.

Find-a-Drug has benefited from the experience of the earlier project. In part due to assistance from Intel, the latest version of THINK is approximately 40 times faster than version 1.03 used on the United Devices platform. In addition, Find-a-Drug uses geographically dispersed servers which provides superior redundancy and avoids contention downloading jobs and uploading results. The proprietary network communication software uses the standard protocol (http) with encryption of all data and results files. This provides one of the highest levels of security without compromising server performance as well as facilitating the detection of tampering with files.

Find-a-Drug acknowledges the assistance from volunteers creating this site and the software. Flags provided by World Atlas.
[/edit/]

Grüße
Christian

[Crypto]

Zum Beispiel trägt jeder Mensch, der schon einmal in seinem Leben Windpocken gehabt hat, das Risiko, irgendwann im Alter, wenn das Immunsystem mal besonders geschwächt ist, an Gürtelrose zu erkranken, weil der Windpocken- und Gürtelrose-Erreger Varizella Zoster nach einer Windpockeninfektion lebenslang im Körper verbleibt und eigentlich nur die ganze Zeit vom Immunsystem in Schach gehalten wird.

Hallo,

Krasse Sache, wieder was gelernt.

Hatte als Kind die Windpocken und vor einigen Jahren (Als ich ca. 20 war) eine Gürtelrose. Ist ne üble Sache, aber das da ein Zusammenhang besteht wusste ich nicht.

[Gast]

Bei Find-A-Drug zum Beispiel gibt es einige gute Ergebnisse die evtl. zu Gegenmitteln führen können.

Da sollte man mal ganz klar sagen, daß zweifellos FAD Substanzen identifiziert hat, die im Laborversuch definitiv HIV killen.
Michael.

Dazu habe ich eine Frage:
Was wurde mit diesen Ergebnissen gemacht? Oder besser ausgedrückt: Was geschieht mit den ganzen Daten, die ich bei Find-a-drug auf meinem PC berechnen lasse?
Werden diese dann an Universitäten oder Labors geschickt oder werden diese einfach nur in die Schublade gesteckt?

Ich frage deshalb, da ich unter www.find-a-drug.org überhaupt keine konkreten Informationen finden kann, was mit den ganzen berechneten Daten geschieht.

Kann mir jemand helfen?

[vfrey]

FAD hat nicht für jedes Projekt eine wissenschaftliche Zusammenarbeit - meines Wissens ist es so, dass Proteine, bei denen keine konkrete Kooperation besteht, im Proteome-Projekt eingeordnet sind.

Bei anderen Projekten hat man schon Abnehmer der Ergebnisse, was meist in der Beschreibung des konkreten Targets vermerkt ist. Beispiele hierfür sind etwa das SARS-Target Coronavirus proteinase, wo angemerkt wird

The 3-D structure of the SARS virus proteinase has been determined by Professor Hilgenfeld at the University of Luebeck who has kindly made this structure available to Find-a-Drug....As part of the collaboration with Professor Hilgenfeld, the hits from this work will be made available to his group and they will attempt to confirm the binding to the protein site.

oder auch das MS-Project

The results of this project are being made available to Dr Ramachandran Murali of University of Pennsylvania, Philadelphia, USA who is currently a visiting academic at the Department of Pathology, University of Oxford, UK.

Solltest Du ansonsten zu einzelnen Projekten konkrete Fragen haben, die auch auf der FAD-Website nicht erläutert sind, kannst Du im FAD-Forum ein Posting machen - der Projektbetreiber ist jederzeit auskunftsfreudig...

[Michael H.W. Weber]

Ansonsten kann man noch festhalten, daß FAD eng an die Uni Oxford in England angegliedert ist.

Michael.

[Gast]

Ok danke für die Auskunft!

Eine Frage habe ich aber noch:
Ich habe bemerkt, dass viele User hier etwas gegen das Projekt Cancer Research (THINK) haben, da der Betreiber unseriöse Methoden anwendet oder so ähnlich.

Inwiefern ist dieses Projekt nicht zu empfehlen?
Auf mich wirkt der Online-Auftritt von Cancer Research (grid.org) um einiges seriöser als der von find-a-drug.org
Und stimmt es das Cancer Research ein veraltetes Programm zum Berechnen der WUs verwendet, und FAD ein weiterentwickeltes?

[Patrick Keller]

Hi,
grid.org verwendet eine alte Version des Clients, den Find-a-Drug berechnet. Ich habe in Erinnerung, dass der momentane Unterschied ca. 1 zu 50 beträgt. Sprich FaD ist 50 mal so schnell. Desweiteren ist bei FaD auch noch der Entwickler der Software dabei, bei grid.org nicht mehr. Auch wenn die Site von FaD etwas 'unseriös' erscheint, bietet sie dennoch eine Menge guter Informationen zu den Proteinen, die berechnet werden bzw. wurden.
Gruß, Keller

[ltd]

Das mit dem Client stimmt so nicht. Es ist richtig das der letzte THINK Client den grid.org verwendet hatte wesentlich langsamer war.
Bei grid.org wird aber schon lange nicht mehr der THINK client eingesetzt sondern "LIGANTFIT" (oder so ähnlich). Dieser ist pro WU auch nicht besonders schnell. Inwieweit die Ergebnise besser/genauer sind kann ich nicht sagen.

Lars