Linux: FAH-SMP lastet Quad nicht aus - BOINC zuschalten ?

[X1900AIW]

Wie wär's also mit einer individuellen Anfertigung?

Wie sieht die Variante für Vegetarier aus ?

Der Linux-Betrieb einer Aqua-MultiCPU-Workunit läuft übrigens deutlich effektiver als unter Windows, zwar ebenfalls keine Vollauslastung, die Lastkurve liegt jedoch besser an 100% an (Mauszeiger = WCG-Projekt angehalten, 1x Aqua verbleibend):



Ich lerne mich mit Linux anzufreunden ...

[Patrick Keller]

Ich kann dein Problem irgendwie überhaupt nicht nachvollziehen:
Egal ob FAH-SMP oder BOINC-AQUA ... Mein Quad hat unter Windows immer eine Auslastung von 100% nur durch diese Anwendung. Irgendwas läuft da bei dir falsch

[L3v3l0rd]

Ich kann dein Problem irgendwie überhaupt nicht nachvollziehen:
Egal ob FAH-SMP oder BOINC-AQUA ... Mein Quad hat unter Windows immer eine Auslastung von 100% nur durch diese Anwendung.

Es liegt evtl. an den jeweiligen WUs.
Bei Aqua hab ich bei meiner ersten 4-CPU-WU auch beobachet, das nicht alle Kerne ausgelastet waren. Statt nur Aqua liefen glaub ich noch 2 Poem-WUs mit, bei ca. 2-3%.
Die letzten zwei 4-CPU-WUs haben dann aber voll ausgelastet.
Lassen die AQUA-Leute denn evtl. unterschiedliche Projekte darüber laufen, oder so?

Gruß, L3v3l

[Patrick Keller]

Soweit ich mich mit Aqua auseinandergesetzt habe und die Berechnungen verstehe, gibt es absolut keinen Grund dabei nicht alle Kerne auszulasten. Das sind Zufallsberechnungen mit alternierenden Startwerten - ich kann mir nichts besser parallelisierbares vorstellen

Gruß,
Patrick

[EdmundBlackadder]

Ich habe die Lösung: Unter Linux kann man Tasks eine Priorität geben, dass der Rechner nicht den Stromsparmodus verlässt wegen dieses Tasks. Also nicht runtertakten der CPU sondern Prozesslaufzeit pro Sekunde beschränken. Das ist hier der Fall. Tut mir Leid, dass ich es nicht früher geschrieben habe. Nur so kann man eine Teilauslastung einer CPU durch f@h erklären. Dieses Feature gibt es ab Werk nur bei Linux. Kann sein, dass das erst ab kernel 26 geht. Suse 11.1 hat schon Kernel 27. Es ist nur die Frage, warum das hier aktiviert ist und wer das war. Unter SUSE ist das nämlich von haus aus abgeschaltet. Macht zudem keinen Sinn mit f@h.

Links folgen. Muss erst suchen. Bisher nix gefunden. Habe das vor 6 Wochen im heise-Forum gelesen. Suche heute Nacht nochmal.

task sleeping = schläft und wartet auf Arbeit

[X1900AIW]

Gut, habe in der Systemüberwachung (zuvor im Manager Aqua als einzigstes Projekt definiert) direkt den nice-Wert von "19" über "0" und "-15" schließlich auf "-20" geändert, Ergebnis: es wird nicht besser, bei höchster Priorität erreicht die Anzeige in den Prozessen statt ~70% relativ stabil 74-75%, in der Anzeige der Gesamtlast steigt gar ein Kern komplett aus.

Für mich sieht das danach aus, daß diese Workunit tatsächlich auf drei Kerne ausgelegt ist, sind vier beteiligt, reduziert sich über die Wahl der Priorität redundante Last (die ich anderweitig besser nutzen kann). Das Gesamtsystem wird immerhin (bei Benutzung von Firefox etc. für das Schreiben dieses Postings) träger, ein gutes Zeichen (!?) für das "Wirken" der heraufgesetzen Priorität.

Andere Interpretation oder Vorschläge ?

P.S. Der Quad läuft super leise unter dieser Last, steckt in meinem ältesten Gehäuse ohne Gehäuselüfter, eine Wohltat für die Ohren.

[Patrick Keller]

Das kann eventuell noch ein Problem im BOINC Client sein, das kann ich aber nicht beurteilen.
Zu SMP-WUs bleibt noch zu sagen, dass diese ausnahmslos auf 4 Prozesse/Kerne ausgelegt sind.

Gruß,
Keller

[EdmundBlackadder]

Andere Interpretation oder Vorschläge ?

bei 3/4 kann es keine Stromsparfuntkion sein.
Foldingforum SMP only using one core und Lösung
Du bist nicht f@h Betatester?

Habe im Prinzip das gleiche Problem: manche BOINC-Applikationen nutzen nicht 100% der CPU. Ich schalte jetzt f@h zu, dann verschenke ich aktuell keine CPU-Power mehr:

[X1900AIW]

Meine letzten beiden Postings bezogen sich auf BOINC/Aqua, nur zur Klarstellung. Nein, bin kein Beta-Tester, da fehlt's mir an Grundlegendem.

Der SMP-Client ist bei jedem Start mit dem u.g. Parameter "-np 4" gestartet, automatisch also mit allen vier Kernen, so zumindest verstehe ich den Wert "4" laut
http://fahwiki.net/index.php/SMP_client#mpiexec

Womit ich wenig anfangen kann, ist die Angabe "Average load imbalance" (Abschnitt *** stammt aus dem von mir gespeicherten "Produktiv"-Log, nicht aus der FahLog.txt)), im FAH-Forum war der gepostete Wert höher als meiner, bruce schreibt dazu:

• "For SMP clients, there is an inevitable imbalance. Whether it can be reduced or not, the responsibility for adjusting it belongs to the researcher who configured that particular project. If other tasks are running concurrently, they can change the imbalance.
  
  Consider the fact that the benchmark for that project had the same imbalance, (provided you're running one FahCore per real CPU, as the Pande Group recommends) so you'll still be getting the same PPD as you would if the project had originally been configured with a different imbalance."

Was bedeutet bei ***Performance die Angabe "Mnbf/s" ? Kann keine Erklärung finden, nur gepostete Werte.

Zum Ende des SMP-Betriebes (ohne paralleles BOINC, um Festplattenkonflikte nicht zu provozieren) hatte sich die Berechnungsdauer pro Schritt nochmal verkürzt auf konstant unter 8 Minuten. Was der vor zwei Jahren eingeführte Kentsfield im Standardtakt doch noch leisten kann.

Code: Alles auswählen

Launch directory: /home/x1900aiw/folding
Executable: ./fah6
Arguments: -smp -verbosity 9
...
[07:26:54] Working on Unit 01 [August 17 07:26:54]
[07:26:54] + Working ...
[07:26:54] - Calling './mpiexec -np 4 -host 127.0.0.1 ./FahCore_a2.exe -dir work/ -suffix 01 -checkpoint 30 -verbose -lifeline 2374 -version 602'
...
[08:20:58] Working on Unit 01 [August 17 08:20:58]
[08:20:58] + Working ...
[08:20:58] - Calling './mpiexec -np 4 -host 127.0.0.1 ./FahCore_a2.exe -dir work/ -suffix 01 -priority 96 -checkpoint 30 -verbose -lifeline 3583 -version 602'
...
[17:18:08] Working on Unit 01 [August 17 17:18:08]
[17:18:08] + Working ...
[17:18:08] - Calling './mpiexec -np 4 -host 127.0.0.1 ./FahCore_a2.exe -dir work/ -suffix 01 -priority 96 -checkpoint 30 -verbose -lifeline 15380 -version 602'
...
[06:49:54] Working on Unit 01 [August 18 06:49:54]
[06:49:54] + Working ...
[06:49:54] - Calling './mpiexec -np 4 -host 127.0.0.1 ./FahCore_a2.exe -dir work/ -suffix 01 -priority 96 -checkpoint 30 -verbose -lifeline 18049 -version 602'
...
[09:33:16] Working on Unit 01 [August 18 09:33:16]
[09:33:16] + Working ...
[09:33:16] - Calling './mpiexec -np 4 -host 127.0.0.1 ./FahCore_a2.exe -dir work/ -suffix 01 -priority 96 -checkpoint 30 -verbose -lifeline 4663 -version 602'
...
[10:42:28] Working on Unit 01 [August 18 10:42:28]
[10:42:28] + Working ...
[10:42:28] - Calling './mpiexec -np 4 -host 127.0.0.1 ./FahCore_a2.exe -dir work/ -suffix 01 -priority 96 -checkpoint 30 -verbose -lifeline 8515 -version 602'
...
[12:40:35] Working on Unit 01 [August 18 12:40:35]
[12:40:35] + Working ...
[12:40:35] - Calling './mpiexec -np 4 -host 127.0.0.1 ./FahCore_a2.exe -dir work/ -suffix 01 -priority 96 -checkpoint 30 -verbose -lifeline 9443 -version 602'
...
[12:40:55] Completed 207509 out of 250000 steps  (83%)
[12:48:39] Completed 210000 out of 250000 steps  (84%)
[12:55:55] Completed 212500 out of 250000 steps  (85%)
[13:03:14] Completed 215000 out of 250000 steps  (86%)
[13:10:32] Completed 217500 out of 250000 steps  (87%)
[13:17:54] Completed 220000 out of 250000 steps  (88%)
[13:25:12] Completed 222500 out of 250000 steps  (89%) > ~7,5 Minuten
[13:32:30] Completed 225000 out of 250000 steps  (90%)
[13:39:51] Completed 227500 out of 250000 steps  (91%)
[13:47:11] Completed 230000 out of 250000 steps  (92%)
[13:54:28] Completed 232500 out of 250000 steps  (93%)
[14:01:46] Completed 235000 out of 250000 steps  (94%)
[14:09:05] Completed 237500 out of 250000 steps  (95%)
[14:16:23] Completed 240000 out of 250000 steps  (96%)
[14:23:41] Completed 242500 out of 250000 steps  (97%)
[14:31:01] Completed 245000 out of 250000 steps  (98%)
[14:38:18] Completed 247500 out of 250000 steps  (99%)
[14:45:38] Completed 250000 out of 250000 steps  (100%)

***Writing final coordinates.
***
*** Average load imbalance: 2.4 %
*** Part of the total run time spent waiting due to load imbalance: 1.5 %
*** Steps where the load balancing was limited by -rdd, -rcon and/or -dds: Z 0 %
***
***
***	Parallel run - timing based on wallclock.
***
***               NODE (s)   Real (s)      (%)
***       Time:   7485.000   7485.000    100.0
***                       2h04:45
***               (Mnbf/s)   (GFlops)   (ns/day)  (hour/ns)
***Performance:    295.121     12.396      0.981     24.465
***
***gcq#0: Thanx for Using GROMACS - Have a Nice Day
...
[14:45:39] DynamicWrapper: Finished Work Unit: sleep=10000
[14:45:49] 
[14:45:49] Finished Work Unit:
[14:45:49] - Reading up to 21190320 from "work/wudata_01.trr": Read 21190320
[14:45:50] trr file hash check passed.
[14:45:50] - Reading up to 27138056 from "work/wudata_01.xtc": Read 27138056
[14:45:50] xtc file hash check passed.
[14:45:50] edr file hash check passed.
[14:45:50] logfile size: 186275
[14:45:50] Leaving Run
[14:45:51] - Writing 48659403 bytes of core data to disk...
[14:45:51]   ... Done.
Error encountered before initializing MPICH
[14:45:57] - Shutting down core
[14:45:57] 
[14:45:57] Folding@home Core Shutdown: FINISHED_UNIT
[14:49:11] CoreStatus = 64 (100)
[14:49:11] Unit 1 finished with 56 percent of time to deadline remaining.
[14:49:11] Updated performance fraction: 0.564228
[14:49:11] Sending work to server

[EdmundBlackadder]

Was bedeutet bei ***Performance die Angabe "Mnbf/s" ? Kann keine Erklärung finden, nur gepostete Werte.

Number of Mega non-bonded forces per second.

[Patrick Keller]

Noch etwas anderes: Die Angabe der Frametime, lässt keine direkte Aussage über die Rechenleistung zu.
Selbst unter ständiger 100% Auslastung durch FAH kann die Framezeit aufgrund der Berechnungen innerhalb einer WU varriieren - erst Recht unter WUs des selben Projekts.

PS: Nutzt doch einfach Windows, da funktioniert alles reibungslos ... hihi

[Txt.file]

PS: Nutzt doch einfach Windows, da funktioniert alles reibungslos ... hihi

Erzähl mal noch sonen Witz.

topic: kein Plan, warum der Spaß bei dir nicht läuft.