Was soll unser Cluster in Zukunft rechnen?

[Falk Beckmann]

So weit wie ich es gelesen habe, werden immer wieder neue Proteine eingeführt diese müssen dann wieder mit allen verglichen werden somit, als ich denke an arbeit soll es nicht scheitern. Ich denke wir sollten eh wenn möglich 2 Projekte laufen lassen um bei Problemen keine Zeit zu verschwenden !!

Mfg
Th.Mens

[scsimodo]

Hm, SIMAP ist jetzt doch eigentlich in der Phase, wo alles gerechnet wurde und nur noch Updates berechnet werden müssen. Derzeit sind ja noch genug WUs da, weiß aber nicht, ob es in Zukunft immer kontinuierlich WUs gibt. Nicht, dass der Cluster jetzt mühsam auf SIMAP umgestellt wird und es irgendwann nur noch an fünf Tagen im Monat WUs gibt...
Kann natürlich auch so sein, dass die monatlichen Updates dann länger als einen Monat zur Berechnung dauern...

Soweit ich das verstanden habe wollen die 1 Mio Sequenzen nochmal berechnen. Die stammen wohl aus der Vor-Boinc-Zeit und sind mit einem fehlerhaften Algorithmus berechnet worden. Wenn ich mich richtig erinnere haben wir seit Dezember "erst" ca. 2 Mio Proteine verglichen, insgesamt sollen es ca. 4 Mio werden.

Zudem soll ja auch noch eine HMMER-App kommen, die grundlegende Funktionalitäten der Proteine berechnet. Langeweilig dürfte unseren Computer eigentlich nicht werden, für die nächsten Monate sollte also genug Arbeit da sein...

[Michael H.W. Weber]

Ich bin für Folding@home. Frei nach dem Motto back "to the roots". Diese zunehmende Dominanz von BOINC halte ich einfach für ungut.

Michael.

[VadderSchlumpf]

Ich bin für Folding@home. Frei nach dem Motto back "to the roots". Diese zunehmende Dominanz von BOINC halte ich einfach für ungut.

Michael.

Also dafür wäre ich ja auch... wenn das nicht zu viel Aufwand wäre.

Pros:
*Unheimlich stabiler Client (ich selbst hatte nie Abstürze, sonst hab ich auch nix schlimmes gelesen im Forum)
*F@H hat bereits sinnvolle Ergebnisse produziert und mehrfach in führenden Zeitschriften wie Nature veröffentlicht, daher sinnvoll

Cons:
*kein BOINC-Client, daher aufwändiger
*wir können in den Stats wohl nix reißen, die anderen Teams sind einfach zu gut
*FAH dürfte das DC-Projekt mit der größten verfügbaren Rechenkraft sein, nach SETI

Wobei die letzten beiden Contra-Punkte mir jetzt nicht so wichtig sind.

[LinuxFan]

Ich hab jetzt erstmal bis zur nächsten Abstimmung auf Einstein@Home umgestellt, das lief auf dem Cluster glaube ich immer recht gut.

[Falk Beckmann]

Ich finde auch wir sollten abstimmen !!

Unter den link http://rkncluster.physik.hu-berlin.de/
werden aber keine aktiven Projekte angezeigt ?

Mfg
Th. Mens

[tralala]

Es gibt ein Problem mit Rosetta:

2006-06-19 09:23:49 [rosetta@home] Message from server: Your computer has only 263217152 bytes of memory; workunit requires 236782848 more bytes
2006-06-19 09:23:49 [rosetta@home] Message from server: No work sent
2006-06-19 09:23:49 [rosetta@home] Message from server: (there was work but your computer doesn't have enough memory)
2006-06-19 09:23:49 [rosetta@home] No work from project

Ich denke wir sollten zu einem anderen Projekt wechseln. Irgendwelche Vorschlaege?

Rosetta hat nicht auf Monster-WU umgestellt. Sie senden aber jetzt größere WU nur an Rechner mit 512MB und mehr RAM. Es gibt aber immer noch mehr als genug kleinere WU für Rechner mit 256 MB RAM. Das Problem ist der BOINC-Feeder, der nur 100 slots bereithält, und wenn die zufällig alle mit großen WU voll sind, dann sendet er keine kleinen raus, sondern diese Fehlermeldung. Bei der nächsten Anfrage sollten dann aber auch wieder kleinere WU verfügbar sein. Einige Teilnehmer haben aber auch berichtet, dass ihnen das mehrmals hintereinander passiert ist und dass BOINC dann für 24h pausiert. Momentan versucht das Rosettateam zusammen mit dem BOINC-Team eine Lösung zu finden.

Und die Moral von der Geschicht? Eigentlich ist es eine Verbesserung, denn jetzt kann man sicher sein, auf einem Rechner mit 256 MB RAM auch nur kleine WU zu bekommen. Bis der feeder/scheduler von BOINC das richtig hinbekommt, sollte man auf solchen Rechnern den Cache vorsichtshalber auf zwei Tage erhöhen. Ich fände es schön, wenn der Cluster zumindest bis zum Ende von CASP7 bei Rosetta bleibt.

[LinuxFan]

Mein script kannte bis jetzt nur Rosetta. Hab jetzt auch Einstein hinzugefügt.

Rosetta läuft auch weiterhin mit höherer Priorität und drängelt sich ab und zu auch mal vor

[Michael H.W. Weber]

Ich fände es schön, wenn der Cluster zumindest bis zum Ende von CASP7 bei Rosetta bleibt.

Wenn das technisch möglich ist, wäre ich ebenfalls dafür!

Michael.

[Solarix]

Das Rosettaproblem hat sich von selbst gelöst:

June 21, 2006
Our recommended memory requirement has been reduced to 256MB due to recent improvements in the memory footprint of our application.

also lasst den Cluster, sofern es jetzt technisch möglich ist, bitte auf Rosetta weiterlaufen