WU rechnet und rechnet und rechnet..

[Uwe Sänger Herzke]

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cmc_Lin64[Rfam-10.0-full2]_RF00028_Intron_gpI

sehe ich als wutze CMC...?!
bisher waren nur cms-intron betroffen mit der alten app, die cmc app wurde nie neukompiliert seit dem cms-problem und es könnte doch sein, dass dieser alte (üble) kompiler-bug
sich auch in cmc (wenn auch nur selten) bemerkbar macht ?!
schadet ja nix diese dennoch mal mit den neuen kompilern zu erstellen

Ja, war 'ne CMC, und ich war/bin nicht der Einzige.

[Michael H.W. Weber]

bisher waren nur cms-intron betroffen mit der alten app, die cmc app wurde nie neukompiliert seit dem cms-problem und es könnte doch sein, dass dieser alte (üble) kompiler-bug
sich auch in cmc (wenn auch nur selten) bemerkbar macht ?!
schadet ja nix diese dennoch mal mit den neuen kompilern zu erstellen

Das ist falsch. Wir haben damals SÄMTLICHE Applikationen durch Tilmans neue Kompilate ersetzt.

Das vom Sänger beschrieben Problem ist ein neues. Was genau bedeutet der Fehlercode?

Michael.

[Norman]

auf der apps-page (hier) steht 5 Mar 2010 als installationsdatum bei linux-cmc.
Tilman hat doch erst im september/oktober die neuen apps rausgehauen oder bin ich verwirrt jetzt ?

[coturnix]

Die cmcalibrate binaries sind tatsächlich noch die alten. Ich kann ja mal schauen, ob das mit meinen neuen klappt. Wie komme ich denn an die Eingabedateien für die cmc_Lin64[Rfam-10.0-full2]_RF00028_Intron_gpI_Rfam-10.0_1288799223_27?

Tilman

[yoyo]

Die cmcalibrate binaries sind tatsächlich noch die alten. Ich kann ja mal schauen, ob das mit meinen neuen klappt. Wie komme ich denn an die Eingabedateien für die cmc_Lin64[Rfam-10.0-full2]_RF00028_Intron_gpI_Rfam-10.0_1288799223_27?

Tilman

Dort: http://www.rnaworld.de/rnaworld/download/325/cmc_Lin64[Rfam-10.0-full2]_RF00028_Intron_gpI_Rfam-10.0_1288799223_27-in.zip

[coturnix]

Danke! Läuft dann jetzt durch, dauert aber ein paar Tage, bis es fertig ist.

Tilman

[Curly]

Dieser Task rechnet seit über 10 Tagen. Deadline ist heute abend. Zur WU gibt es noch kein Ergebnis (bisher nur Fehler, Abbruch oder Timeout).

Welche Laufzeit ist zu erwarten? Kann die Deadline hochgesetzt werden?

[yoyo]

Laufen lassen!
Deadline habe ich um 20Tage verlängert.
yoyo

[Norman]

hab diese 5 cms-introns gleichzeitig am laufen. geht da irgendwelche gefahr aus ? ( )
ablaufdatum: 09.04/10.04

[yoyo]

Auf alle Fälle werden sie laaaaaaaaaange laufen.
yoyo

[coturnix]

Hui .. fünf könnte durchaus kritisch sein .. wenn ich meinen Peak-RAM-Messungen folge, dann liegt der RAM-Peak für Intron_gpI bei mindestens 3 GB pro WU. Hängt aber sehr von der Genomgröße ab. Kannst du die Tasks mal posten? Es könnten bei den größeren Genomen durchaus auch 5 GB RAM Peak oder gar 7 GB RAM Peak pro WU sein. Die wichtige Frage ist aber natürlich, inwieweit die RAM-Spitzen alle gleichzeitig auftreten. Wie viel RAM hat denn die Maschine, der du diese Monsteraufgaben zumutest?

Tilman

[Norman]

http://www.rnaworld.de/rnaworld/workuni ... id=3529442
http://www.rnaworld.de/rnaworld/workuni ... id=3543333
http://www.rnaworld.de/rnaworld/workuni ... id=3543334
http://www.rnaworld.de/rnaworld/workuni ... id=3813115
http://www.rnaworld.de/rnaworld/workuni ... id=3529065

das sollten sie sein.
rechner: i7 mit 12 GB RAM.

laut boinc-eigenschaften sind alle mit je 3815 MB max RAM usage vorgegeben.
die dürften eigentlich garnicht zusammen starten
ram usage aller tasks + system im moment 7,3 GB.
da bleibt nur zu hoffen, dass die ram peaks sich dann abwechseln