WCG Projektstatus

[laguna]

Na gut, dann gedulde ich mich halt noch ein wenig

Und dann kannst Du ja mal in den einschlägigen Peer-Review Veröffentlichungsstellen suchen. Ich empfehle schonmal ein Abo für Nature...

[Dennis Kautz]

"Help Defeat Cancer ist jetzt auf 99,99%, damit dürfte in Kürze der endgültige Projektabschluss vermeldet werden.

Die Phase I von "Help Cure Muscular Dystrophy" steht seit heute bei 99,79%, auch dort zeichnet sich ein - in diesem Fall vorläufiges - Ende ab. Nach einer Auswertung der bisher erzielten Ergebnisse wird die Phase II voraussichtlich Ende Sommer starten.

Gefällt mir sehr gut, dass es bei WCG im Vergleich zu vielen anderen Projekten sehr schnell greifbare Fortschritte gibt (okok, haben halt auch deutlich mehr Rechenpower). Werd das mal wieder mit ein bisschen Rechenzeit belohnen

Übrigens "FightAIDS@home" steht auch bei >95% (hier wirds aber noch ein paar Wochen dauern) und für dieses Jahr wurden 7 (!) neue Projekte angekündigt, worum es genau gehen wird, ist aber noch nicht öffentlich. Durchgesickert ist nur, dass eines wohl gegen Krebs rechnen wird.

[dago.net]

Na,da hab ich doch als Wiedereinsteiger eine gute Wahl getroffen. Die ganze Sache macht sowieso einen sehr guten Eindruck auf mich, deshalb widme ich auch nach wie vor 50% WCG. Bin mal gespannt, was als nächstes kommt.

[tomXYZ]

Hi,

Im WCG newsletter
http://www.worldcommunitygrid.org/newsl ... sletter.do
unter "Research update" wird erwähnt, dass
Help Cure Muscular Dystrophy bis March of 2007 läuft,
Genome Comparison bis June of 2007,
Human Proteome Folding ? Phase 2 bis December of 2008,
Help Defeat Cancer bis June of 2007,
FightAIDS@Home through 2008.

Welche neue Projekte hinzukommen, sagen sie dort allerdings auch nicht.

Ah, und hallo dago. Toller output bei WCG.

Thomas

[Michael H.W. Weber]

Hmmm, ich dachte, das Muskelprojekt waere noch gar nicht ins Rennen gegangen, da es da irgendwelche Probleme mit dem Client gegeben hatte. Schade - ich haette gerne etwas geholfen...

Michael.

[Dennis Kautz]

Hmmm, ich dachte, das Muskelprojekt waere noch gar nicht ins Rennen gegangen, da es da irgendwelche Probleme mit dem Client gegeben hatte. Schade - ich haette gerne etwas geholfen...

Michael.

Wie gesagt, es kommt wohl noch eine Phase II im Sommer.

[Maion]

Die Grafik der WCG-Fortschrittsanzeige ist jetzt erheblich kleiner als früher - also ich erkenn da keine Prozentanzeigen und andere Zahlen mehr

[Dennis Kautz]

Das war schonmal... anscheinend ein Fehler. Wird mit dem nächsten Update bestimmt nachgebessert, sonst mecker ich dort mal im Forum

[scsimodo]

Die Grafik der WCG-Fortschrittsanzeige ist jetzt erheblich kleiner als früher - also ich erkenn da keine Prozentanzeigen und andere Zahlen mehr

Meint Du die von sekerob? Die sehe ich @work noch halbwegs normal, @home ist rein gar nichts mehr zu erkennen, die kann ich auch in FF nicht vergößern lassen

[Dennis Kautz]

WCG hat jetzt das erste finale Paper zum Human Proteome Folding Project veröffentlicht:
http://biology.plosjournals.org/perlser ... io.0050076

[Dennis Kautz]

Help Defeat Cancer ist nun auch offiziell erfolgreich beendet.

[tomXYZ]

Volume 3 der FA@H news ist erschienen:

First Results of FightAIDS@Home Research Published
We have published the initial analysis of the vast number of docking results from our FightAIDS@Home computations.

This week the first peer-reviewed scientific paper reporting results from our research using FightAIDS@Home is being published. As we continue to test experimentally the first batch of compounds identified in our first computational experiment, we have been able to analyze the broader computational results to give us more information about the entire range of mutations to the HIV viral protease and how they respond to a large class of diverse chemical compounds.

This analysis, and how we can use it is the subject of the paper that appears in the Journal of Chemical Information and Modelling. The paper is titled: "Analysis of HIV wild-type and mutant structures via in silico docking against diverse ligand libraries.? The authors are Max Chang, Lindy Lindstrom, Arthur Olson, and Richard Belew. The abstract of the paper reads as follows:

?The FightAIDS@Home distributed computing project uses AutoDock for an initial virtual screen of HIV protease structures against a broad range of 1,771 ligands including both known protease inhibitors and a diverse library of other ligands. The volume of results allows novel large scale analyses of binding energy profiles for HIV structures. Beyond identifying potential lead compounds, these characterizations provide methods for choosing representative wild-type and mutant protein structures from the larger set. From the binding energy pro les of the PDB structures, a PCA-based analysis identifies seven ?spanning? proteases. A complementary analysis finds that the wild-type protease structure 2BPZ best captures the central tendency of the protease set. Using a comparison of known protease inhibitors against the diverse ligand set yields an AutoDock binding energy significance threshold of -7.0 kcal/mol between significant, strongly binding ligands and other weak/non-specific binding energies. This threshold captures nearly 98% of known inhibitor interactions while rejecting more than 95% of suspected non-inhibitor interactions. These methods should be of general use in virtual screening projects, and will be used to improve further FightAIDS@Home experiments.

In simple terms, the results from FightAIDS@Home has given us the ability to classify both protease mutants and potential chemical inhibitors so that the docking calculations that we do in the future will be more targeted and efficient. We will, for instance, be able to use a small set of mutant protease structures to represent a much larger set of HIV mutants in our docking analysis. This will allow us to screen much larger chemical libraries more efficiently, or enable us to use more sophisticated models of the mutant structures, that incorporate flexibility into their representation. While this is principally a technical break-through, it means that we can get more reliable and meaningful results in the computations that we will now be pursuing. This should speed us to our goal of finding new HIV therapeutics that are effective in the face of drug resistance. These results would not have been possible without the computing resources of the World Community Grid, and the generous support of the FightAIDS@Home volunteers. We are most grateful to all of you, and your contributions are acknowledged in the paper.