Hallo allerseits,
ich habe eben von Eurer Diskussion erfahren und will als Betreuer des Projekts gerne einiges erklaeren.
Zunaechst zu SIMAP:
SIMAP ist eine Datenbank, in der die Aehnlichkeiten aller derzeit bekannten Proteinsequenzen untereinander gespeichert sind. Man kann sich das als Matrix vorstellen, die quadratisch ist bei einer Kantenlaenge von ca. 4 Mio Proteinsequenzen die wir momentan speichern. Der Inhalt der Matrix ist symmetrisch, das heisst wenn Protein 1 dem Protein 2 aehnlich ist, dann ist es umgekehrt genauso.
SIMAP ist weltweit das einzige derartige Projekt, bei dem wirklich alle Proteine einbezogen werden. Das "Konkorrenzprojekt" clustr am European Bioinformatics Institute beschraenkt sich derzeit auf ca. 1/5 unserer Datenmenge.
Wem nutzt SIMAP?
Proteinaehnlichkeiten geben Hinweise auf die Verwandschaftsverhaeltnisse zwischen Proteinen. Verwandte Proteine haben oft gleiche oder aehnliche Eigenschaften und Funktionen im Organismus, da sie sich im Lauf der Evolution nur langsam veraendern. Da man derzeit viel mehr Proteinsequenzen kennt als man eingehend in Labors untersuchen kann, werden die experimentellen Erkenntnisse ueber ein Protein auch auch dessen Verwandte uebertragen. Ein gutes Beispiel dafuer ist die intensive Untersuchung von Mausgenen und -proteinen, deren Ergebnisse oft auch fuer den Menschen gueltig sind.
Darueber hinaus gibt es noch viele weitere Methoden in der Bioinformatik, die auf Proteinaehnlichkeiten basieren. Unsere Proteinaehnlichkeitsdatenbank stellt all diesen Methoden die vorberechneten Aehnlichkeiten aller bekannten Proteine zur Verfuegung. Dadurch eroeffnen sich neuartige Moeglichkeiten, denn bislang wuerden die Aehnlichkeiten immer und immer wieder neu berechnet. SIMAP wird regelmaessig aktualisiert und muss nur neu hinzukommende Sequenzen in die Matrix integrieren (sogenannte inkrementelle updates). SIMAP ist fuer Forschung und Lehre vollstaendig kostenlos verfuegbar.
BoincSIMAP:
Da der Berechnungsaufwand fuer eine solche Matrix quadratisch mit der Groesse der Matrix steigt, sind unsere internen Resourcen (gridengine-cluster unter Linux) schon lange nicht mehr ausreichend. Daher haben wir einen boinc-client implementiert, der auf den Quellen von FASTA aufbaut, eines heuristischen Programms zur Sequenzaehnlichkeitssuche. Diesen client gibts nun seit ca. einem Jahr, aber wir haben bislang nur Tests mit ihm gefahren. Anfang gab es verschiedene Probleme, die mit dem Boinc-Team um Dave Anderson behoben werden mussten. Momentan stellen wir den client nochmal etwas um, da sich die Berechnungsprozedur etwas veraendert hat.
Der boincsimap-Client ist ein "Minimal"-Client ohne Screensaver-Grafik etc., da wir erstmal Wert auf die Funktionalitaet gelegt haben.
Ist SIMAP@home oeffentlich?
Ja, es wird oeffentlich werden. Auch wenn anfangs nur ein interner Einsatz (Clients auf den PC-Pools der TU Muenchen und Fachhochschule Weihenstephan) geplant war, wollen wir gern mit allen Interessierten zusammenarbeiten. Wir werden das Projekt vorauss. im September/Oktober oeffentlich machen, dann wird es auch auf boinc.berkeley.edu bekanntgegeben. Eine Publikation ueber das Projekt ist auch schon fertig und momentan under review. Bis dahin werden wir die SIMAP@home-Webseite entsprechend gestalten, Dokumentationen und Informationen bereitstellen etc.
Wer betreibt SIMAP?
SIMAP ist ein Gemeinschaftsprojekt des GSF-Forschungszentrums fuer Gesundheit und Umwelt in Neuherberg bei Muenchen und der Technischen Universitaet Muenchen, Wissenschaftszentrum Weihenstephan. Ansprechpartner ist Thomas Rattei vom Lehrstuhl fuer Genomorientierte Bioinformatik.
Ich hoffe, dass der Projektstatus nun etwas klarer ist. Wir sind ein kleines Team, bitte habt Verstaendnis dass es nicht immer schnell vorangeht. Ich danke ausdruecklich allen die auf SIMAP@home aufmerksam geworden sind und Interesse an der Mitarbeit haben. Ich werde Euch ueber dieses Forum auf dem Laufenden halten. Bei jeglichen Fragen, Ideen und Anregungen mailt mir auch gern direkt:
t.rattei@wzw.tum.de
Beste Gruesse
Thomas
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Dr. Thomas Rattei
Technische Universitaet Muenchen
Genome oriented Bioinformatics
Am Forum 1
D - 85354 Freising
Phone +49 8161 71 2132
Fax +49 8161 71 2186
e-Mail
t.rattei@wzw.tum.de
