Human Proteome Folding Project

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Das Human Proteome Folding Project (HPFP) ist ein Distributed Computing Projekt aus dem Bereich der Biotechnologie, welches am Institute for Systems Biology (ISB), einem internationalen Non-Profit-Forschungsinstitut, entwickelt wurde und als erstes Distributed Computing Projekt auf der Infrastruktur von IBMs World Community Grid (WCG) aufsetzt. Mittlerweile läuft das Projekt auch unter BOINC.

(Um die Begrenzung der maximalen CPU-Auslastung des Clients von 60% zu ändern siehe: World Community Grid)

Bei diesem Projekt geht es um die de novo Strukturvorhersage von menschlichen Proteinen. Wie man den Ergebnissen des 4. und 5. CASP-Wettbewerbs entnehmen kann, gehört das bei HPFP zu diesem Zweck eingesetzte Rosetta Programm heutzutage zu den leistungsfähigsten seiner Art.

Die erste Phase wurde mittlerweile erfolgreich abgeschlossen, nun werden medizinisch besonders interessante Proteine im Rahmen der Phase 2 intensiver untersucht. Die Hauptziele dabei sind

  • feiner gegliederte Strukturen für spezifische menschliche Proteine und Krankheitserregerproteine zu erhalten und
  • die Grenzen der Proteinstrukturvorhersage durch eine weiter entwickelte Rosetta Software-Strukturvorhersage zu erforschen.

Am 10.07.2007 veröffentlichte das Bonneau Laboratory, welches HPFP betreibt, ein Update zum Fortschritt des Projekts. Demnach wurde unter anderem der erste Malaria-relevante Datensatz vollständig berechnet. Eine Übersetzung des Updates gibt es im Forum

Für geleistete Rechenzeit werden sogenannte Badges vergeben Proteome ffffff.jpg Hpf2 ffffff.jpg:

Bronze Silber Gold Rubin Smaragd Saphir Diamant 5 Diamant 10 Diamanr 20 Diamant 50 Diamant 100
Phase I: Proteome 0.jpg Proteome 1.jpg Proteome 2.jpg Proteome 3.jpg Proteome 4.jpg Proteome 5.jpg Proteome 6.jpg Proteome 7.jpg Proteome 8.jpg Proteome 9.jpg Proteome 10.jpg
Phase II: Hpf2 0.jpg Hpf2 1.jpg Hpf2 2.jpg Hpf2 3.jpg Hpf2 4.jpg Hpf2 5.jpg Hpf2 6.jpg Hpf2 7.jpg Hpf2 8.jpg Hpf2 9.jpg Hpf2 10.jpg
14 Tage 45 Tage 90 Tage 180 Tage 1 Jahr 2 Jahre 5 Jahre 10 Jahre 20 Jahre 50 Jahre 100 Jahre


Inhalt

Projektübersicht

InfoIcon.png Human Proteome Folding Project
Name Human Proteome Folding Project
Kategorie Biochemie
Ziel Strukturvorhersage für menschliche Proteine
Kommerziell   nein
Homepage www.worldcommunitygrid.org/projects_showcase/viewHpf2Research.do
 
United States01.gif     Dieses Projekt wird in Washington, USA durchgeführt.


Projektstatus

InfoIcon.png Projektstatus
Status   beendet
Beginn 16.11.2004
Ende 25.06.2013

Projektlinks

Clientprogramm

Betriebssysteme

Icon windows 16.png    Windows Checkbox 1.gif   
Icon linux 16.png    Linux Checkbox 1.gif   
Icon dos 16.png    DOS Checkbox 0.gif   
Icon macos 16.png    MacOS X Checkbox 1.gif   
Icon freebsd 16.png    BSD Checkbox 0.gif   
Icon solaris 16.png    Solaris Checkbox 0.gif   
Icon java 16.png    Java (betriebssystemunabhängig)  Checkbox 0.gif   

Client-Eigenschaften

Funktioniert auch über Proxy Checkbox 1.gif
Normal ausführbares Programm Checkbox 1.gif
Als Bildschirmschoner benutzbar Checkbox 1.gif
Kommandozeilenversion verfügbar Checkbox 0.gif
Personal Proxy für Work units erhältlich   Checkbox 0.gif
Work units auch per Mail austauschbar Checkbox 0.gif
Quellcode verfügbar Checkbox 0.gif
Auch offline nutzbar Checkbox 0.gif
Checkpoints Checkbox 1.gif

Client-Besonderheiten

  • Es stehen eine Windows-, eine Linux- und eine Mac-Version, die auf dem BOINC Client basiert, zur Verfügung.
  • Der Windows-Client besitzt eine grafische Benutzeroberfläche (GUI) und unterstützt Proxy-Einstellungen.
  • Voraussetzung für das Human Proteome Folding Project ist, dass der PC mindestens 250 MB Arbeitsspeicher besitzt.

Installation

Human Proteome Folding Project benutzt die BOINC-Infrastruktur. Die Anmeldung, Installation und Konfiguration sind auf der allgemeinen BOINC-Seite beschrieben.

Screenshot

Meldungen


Eigene Werkzeuge