Human Proteome Folding Project (beendet)
Das Human Proteome Folding Project (HPFP) ist ein Distributed Computing Projekt aus dem Bereich der Biotechnologie, welches am Institute for Systems Biology (ISB), einem internationalen Non-Profit-Forschungsinstitut, entwickelt wurde und als erstes Distributed Computing Projekt auf der Infrastruktur von IBMs World Community Grid (WCG) aufsetzt. Mittlerweile läuft das Projekt auch unter BOINC.
(Um die Begrenzung der maximalen CPU-Auslastung des Clients von 60% zu ändern siehe: World Community Grid)
Bei diesem Projekt geht es um die de novo Strukturvorhersage von menschlichen Proteinen. Wie man den Ergebnissen des 4. und 5. CASP-Wettbewerbs entnehmen kann, gehört das bei HPFP zu diesem Zweck eingesetzte Rosetta Programm heutzutage zu den leistungsfähigsten seiner Art.
Die erste Phase wurde mittlerweile erfolgreich abgeschlossen, nun werden medizinisch besonders interessante Proteine im Rahmen der Phase 2 intensiver untersucht. Die Hauptziele dabei sind
- feiner gegliederte Strukturen für spezifische menschliche Proteine und Krankheitserregerproteine zu erhalten und
- die Grenzen der Proteinstrukturvorhersage durch eine weiter entwickelte Rosetta Software-Strukturvorhersage zu erforschen.
Am 10.07.2007 veröffentlichte das Bonneau Laboratory, welches HPFP betreibt, ein Update zum Fortschritt des Projekts. Demnach wurde unter anderem der erste Malaria-relevante Datensatz vollständig berechnet. Eine Übersetzung des Updates gibt es im Forum
Für geleistete Rechenzeit werden sogenannte Badges vergeben :
Inhalt
Projektübersicht
Human Proteome Folding Project | |
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Name | Human Proteome Folding Project |
Kategorie | Biochemie |
Ziel | Strukturvorhersage für menschliche Proteine |
Kommerziell | nein |
Homepage | www.worldcommunitygrid.org/projects_showcase/viewHpf2Research.do |
Dieses Projekt wird in Washington, USA durchgeführt. |
Projektstatus
Projektlinks
- von WCG unabhängige Homepage
- Anmelden
- FAQ
- Statistiken
- Forum
- Phase 1 des Human Proteome Folding Project im WCG-Wiki
- Phase 2 des Human Proteome Folding Project im WCG-Wiki
- Interaktive Datenbank mit Ergebnissen des Projekts
Clientprogramm
Betriebssysteme
Windows | ||
Linux | ||
DOS | ||
MacOS X | ||
BSD | ||
Solaris | ||
Java (betriebssystemunabhängig) |
Client-Eigenschaften
Funktioniert auch über Proxy | |
Normal ausführbares Programm | |
Als Bildschirmschoner benutzbar | |
Kommandozeilenversion verfügbar | |
Personal Proxy für Work units erhältlich | |
Work units auch per Mail austauschbar | |
Quellcode verfügbar | |
Auch offline nutzbar | |
Checkpoints |
Client-Besonderheiten
- Es stehen eine Windows-, eine Linux- und eine Mac-Version, die auf dem BOINC Client basiert, zur Verfügung.
- Der Windows-Client besitzt eine grafische Benutzeroberfläche (GUI) und unterstützt Proxy-Einstellungen.
- Voraussetzung für das Human Proteome Folding Project ist, dass der PC mindestens 250 MB Arbeitsspeicher besitzt.
Installation
Human Proteome Folding Project (beendet) benutzt die BOINC-Infrastruktur. Die Anmeldung, Installation und Konfiguration sind auf der allgemeinen BOINC-Seite beschrieben.
Screenshot
Meldungen
- 12.08.2005: Latest Update on progress from ISB
Projekte des World Community Grid |
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Aktiv: OpenPandemics · Africa_Rainfall_Project · Help Stop TB · Mapping Cancer Markers · Microbiome Immunity Project · Smash Childhood Cancer · FightAIDS@home_(beendet) (ab und zu ein paar WUs) |
Beendet: AfricanClimate@Home · Computing for Clean Water · Computing for Sustainable Water · Discovering Dengue Drugs - Together Phase I & II · Drug Search for Leishmaniasis · FightAIDS@home Phase I & II · Genome Comparison · GO Fight Against Malaria · Help Conquer Cancer · Help Cure Muscular Dystrophy Phase I & II · Help Defeat Cancer · Help Fight Childhood Cancer · Human Proteome Folding Project Phase I & II · Influenza Antiviral Drug Search · Nutritious Rice for the World · Say No to Schistosoma · The Clean Energy Project Phase I · Uncovering Genome Mysteries · The Clean Energy Project Phase II · OpenZika · Outsmart Ebola Together |