Help Defeat Cancer (beendet)

Aus Rechenkraft
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Das Help Defeat Cancer (HDC) war ein Distributed Computing Projekt aus dem Bereich der Krankheitsbekämpfung, welches auf der Infrastruktur von IBMs World Community Grid (WCG) aufsetzte.

Bei diesem Projekt ging es um die Analyse von Transkriptionsprofilen verschiedener Krebsgewebe, um eine automatisierte und damit schnellere und verläßlichere Identifikation von Krebsarten zu ermöglichen. Dies geschah durch die vergleichende (Bild-) Analyse von sogenannten Microarrays. Microarrays sind kleine Chips, auf deren Oberfläche im Idealfall für jede mRNA (Transkript) an einem bestimmten Ort mindestens ein Molekültyp angebracht ist, der diese mRNA spezifisch erkennt. Wenn man nun aus einem (z.B.) menschlichen Zellgewebe die Gesamtheit aller in diesen Zellen produzierten mRNAs isoliert und dieses mRNA-Gemisch mit diesem Chip unter bestimmten Bedingungen in Berührung bringt, so binden die auf seiner Oberfläche befestigten Moleküle ihre jeweilige Ziel-mRNA. Dabei entsteht vereinfacht gesagt ein Lichtsignal, welches mit Hilfe eines speziellen Geräts wahrgenommen werden kann. Die Intensität des Lichtsignals ist dabei proportional zur Menge des gebundenen Transkripts.

Wenn man nun z.B. normale Lungenzellen mit dieser Methode untersucht, bekommt man ein ganz bestimmtes Intensitätsmuster, da man weiß an welcher Stelle des Chips sich genau welches Erkennungsmolekül befindet. Dieses Muster bezeichnet man als Transkriptionsprofil gesunder Lungenzellen. Nun kann man bei Verdacht auf z.B. Lungenkrebs dieselbe Methoden auf das verdächtige Gewebe anwenden. Das dabei vorgefundene Muster unterscheidet sich im Fall von Krebs von dem der gesunden Zellen. Da es verschiedene Lungenkrebstypen gibt, die sich in ihrem Transkriptionsprofil alle wiederum vom gesunden Gewebe sowie vom jeweils anderen Lungenkrebstyp unterscheiden, kann man sogar den Krebstyp zuordnen und - falls vorhanden - entsprechende medizinische Gegenmaßnahmen ergreifen.

Das Projekt diente also primär der Krebsdiagnostik. Allerdings konnte es auch dazu genutzt werden, genau festzustellen welche mRNAs nun bei welchem Krebstyp verändert sind und in welchem Ausmaß. Solche detaillierten Informationen ermöglichen es Wissenschaftlern wiederum, sich die Suche nach den Ursachen dieser Deregulierung des normalen Transkriptionmusters zu begeben. Auf diese Weise lassen sich letztlich die Zusammenhänge der Krebsentstehung entschlüsseln und - hoffentlich - neue Gegenmaßnahmen entwickeln.

Ursprünglich war Help Defeat Cancer nur für den Client von United Devices verfügbar, inzwischen gibt es allerdings auch Arbeit für BOINC.

Das Projekt wurde am 04.05.2007 offiziell für erfolgreich beendet erklärt. Die produzierten Daten wurden im Folgenden von den beteiligten Wissenschaftlern ausgewertet und mittels einer Vielzahl von Publikationen in verschiedenen Fachzeitschriften veröffentlicht. Einen Überblick über die Publikationen gibt es auf der Homepage des World Community Grids.


Für geleistete Rechenzeit werden sogenannte Badges vergeben Hdc ffffff.jpg:

Bronze Silber Gold Rubin Smaragd Saphir Diamant 5 Diamant 10 Diamanr 20 Diamant 50 Diamant 100
Hdc 0.jpg Hdc 1.jpg Hdc 2.jpg Hdc 3.jpg Hdc 4.jpg Hdc 5.jpg Hdc 6.jpg Hdc 7.jpg Hdc 8.jpg Hdc 9.jpg Hdc 10.jpg
14 Tage 45 Tage 90 Tage 180 Tage 1 Jahr 2 Jahre 5 Jahre 10 Jahre 20 Jahre 50 Jahre 100 Jahre


Inhalt

Projektübersicht

InfoIcon.png Help Defeat Cancer
Name Help Defeat Cancer
Kategorie Krankheitsbekämpfung
Ziel Schnellere Identifikation von Krebs-Subtypen
Kommerziell   nein
Homepage www.worldcommunitygrid.org/projects_showcase/viewHdcResearch.do
 
United States01.gif     Dieses Projekt wird in New Jersey, USA durchgeführt.

Projektstatus

InfoIcon.png Projektstatus
Status   beendet
Beginn 20.07.2006
Ende April 2007

Projektlinks

Clientprogramm

Betriebssysteme

Icon windows 16.png    Windows Checkbox 1.gif   
Icon linux 16.png    Linux Checkbox 1.gif   
Icon dos 16.png    DOS Checkbox 0.gif   
Icon macos 16.png    MacOS X Checkbox 1.gif   
Icon freebsd 16.png    BSD Checkbox 0.gif   
Icon solaris 16.png    Solaris Checkbox 0.gif   
Icon java 16.png    Java (betriebssystemunabhängig)  Checkbox 0.gif   

Client-Eigenschaften

Funktioniert auch über Proxy Checkbox 1.gif
Normal ausführbares Programm Checkbox 1.gif
Als Bildschirmschoner benutzbar Checkbox 1.gif
Kommandozeilenversion verfügbar Checkbox 0.gif
Personal Proxy für Work units erhältlich   Checkbox 0.gif
Work units auch per Mail austauschbar Checkbox 0.gif
Quellcode verfügbar Checkbox 0.gif
Auch offline nutzbar Checkbox 0.gif
Checkpoints Checkbox 1.gif

Client-Besonderheiten

  • Voraussetzung für das Help Defeat Cancer Projekt ist, dass der PC mindestens 750 MB Arbeitsspeicher besitzt. Hat man zu wenig Arbeitsspeicher, bekommt man anstatt der WUs von HDC andere WUs.

Installation

Help Defeat Cancer (beendet) benutzt die BOINC-Infrastruktur. Die Anmeldung, Installation und Konfiguration sind auf der allgemeinen BOINC-Seite beschrieben.

Screenshots


Eigene Werkzeuge