Rosetta@home

Aus Rechenkraft
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Rosetta@home versucht Proteinstrukturen und Proteinbindungen vorherzusagen. Das Ziel des Projekts ist es, Methoden zu entwickeln, die Proteinstrukturen aus Aminosäuresequenzen sicher vorhersagen können. Diese Methoden können dazu beitragen, Krankheiten wie Krebs, HIV oder Malaria zu bekämpfen. Rosetta wurde von der University of Washington entwickelt und gilt als das beste Programm zur Vorhersage der Proteinfaltung, da es beim CASP-Wettbewerb bisher immer sehr gute Ergebnisse erzielte.

Im Gegensatz zum Human Proteome Folding Project, bei dem die Rosetta-Software angewandt wird, wird bei Rosetta@home versucht, die Rosetta-Software zu verbessern. Das Projekt gehört also in die Kategorie Grundlagenforschung.

Eine Besonderheit des Projektes ist, dass man die Berechnungszeit der WU in seinem Account einstellen kann. Dies hat keinen wissenschaftlichen, sondern einen organisatorischen Hintergrund: bei längeren WUs werden der Server des Projektes und die Bandbreite des Benutzers geschont. Jede WU erledigt aber mindestens eine vollständige Faltungssimulation, bevor sie beendet wird. Bei einem zufällig sehr komplexen Protein kann eine WU darum 6 Stunden oder noch länger laufen, auch wenn sehr viel weniger Laufzeit eingestellt ist. Bevor man die sog. "Target CPU run time" ändert, sollte man alle offenen WUs abarbeiten lassen und erst nach der Änderung wieder neue Aufgaben laden. [1]

Audio-Beschreibung Ausführliche Audio-Beschreibung des Projekts: BOINCcast

Es gibt ein eigenes Projekt, das Programmversionen testet, bevor sie bei Rosetta übernommen werden: Ralph@home.

Neben dem Grid Computing versuchen die Forscher dieses Projektes auch, sich das Konzept des Distributed Thinking zu nutze zu machen. Dazu haben sie zusammen mit anderen Mitgliedern der Bereiche "Computer Science and Engineeringâ?? und â??Biochemistry" der University of Washington das Spiel foldit entwickelt, bei dem der Spieler selbst Proteine faltet.

Rosetta@home Gütesiegel.png
Gütesiegel:
Das Projekt bekam im April 2008 das Rechenkraft Gütesiegel. Mit 4 von 5 möglichen Punkten gilt es als empfehlenswert. Die Kriterien sind hier nachzulesen.


Inhalt

Projektübersicht

InfoIcon.png Rosetta@home
Name Rosetta@home
Kategorie Biochemie
Ziel Vorhersagen von Proteinstrukturen
Kommerziell   nein
Homepage boinc.bakerlab.org/rosetta
 
United States01.gif     Dieses Projekt wird in Washington, USA durchgeführt.


Projektstatus

InfoIcon.png Projektstatus
Status   aktiv
Beginn 16.09.2005
Ende noch aktiv

Projektlinks

Wissenschaftlicher Hintergrund

Statistiken

Wo Übersicht Top Teams Top User
Projekt Home Page Top Teams Top User
BOINCstats.com Übersicht Top Teams Top User
BOINCsynergy.com Übersicht Top Teams Top User
stats.free-dc.org Übersicht Top Teams Top User
allprojectstats.com Übersicht Top Teams Top User

Clientprogramm

Betriebssysteme

Icon windows 16.png    Windows Checkbox 1.gif   
Icon windows 16.png    Windows 64bit Checkbox 1.gif   
Icon linux 16.png    Linux Checkbox 1.gif   
Icon linux 16.png    Linux 64bit Checkbox 1.gif   
Android.jpg    Android Checkbox 1.gif   
Icon dos 16.png    DOS Checkbox 0.gif   
Icon macos 16.png    MacOS X Checkbox 1.gif   
Icon macos 16.png    MacOS X 64bit Checkbox 1.gif   
Icon freebsd 16.png    BSD Checkbox 0.gif   
Icon solaris 16.png    Solaris Checkbox 0.gif   
Icon java 16.png    Java (betriebssystemunabhängig)  Checkbox 0.gif   

Client-Eigenschaften

Funktioniert auch über Proxy Checkbox 0.gif
Normal ausführbares Programm Checkbox 0.gif
Als Bildschirmschoner benutzbar Checkbox 0.gif
Kommandozeilenversion verfügbar Checkbox 0.gif
Personal Proxy für Work units erhältlich   Checkbox 0.gif
Work units auch per Mail austauschbar Checkbox 0.gif
Quellcode verfügbar Checkbox 0.gif
Auch offline nutzbar Checkbox 0.gif
Checkpoints Checkbox 1.gif

Konfiguration

Rosetta@home benutzt die BOINC-Infrastruktur. Die Anmeldung, Installation und Konfiguration sind auf der allgemeinen BOINC-Seite beschrieben.

Besonderheiten

  • Die Laufzeit der Work units kann man auf der Website einstellen. Es gibt Einstellungen von einer Stunde bis zu einem Tag. Die Standardeinstellung ist 3 Stunden. Sofern die Fehlerrate gering ist, empfiehlt sich eine längere Laufzeit.

Veröffentlichte Versionen

Die jeweils aktuellen Versionen können hier eingesehen werden.

Screenshots

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