SIMAP (beendet)

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SIMAP (Similarity Matrix of Proteins, d.h. Ähnlichkeitsmatrix von Proteinen) ist eine Datenbank für berechnete Homologien von Proteinsequenzen und stellt spezialisierte Abfragetools bereit, um die Daten effektiv nutzen zu können. Für über 4 Millionen Proteinsequenzen soll dabei die Ähnlichkeit für jedes Paar von zwei Sequenzen berechnet werden. Diese Information ist deshalb von Bedeutung, weil sich medizinische Forschungsergebnisse zu bestimmten Proteinen oft auch auf ähnliche Proteinsequenzen übertragen lassen. Beispielsweise sind viele Ergebnisse aus der Genforschung mit Mäusen auf den Menschen übertragbar.

Nachdem SIMAP die bereits vorhandenen Bestandsdaten der verschiedenen Proteindatenbanken aufgrund von Client-Optimierungen schneller als zunächst angenommen verarbeiten konnte, müssen lediglich noch in etwa monatlichen Abständen Aktualisierungen vorgenommen werden. Das bedeutet, dass es zeitweise keine Arbeit für dieses Projekt gibt. Neue WUs werden aber sehr früh auf der Homepage angekündigt.

Mehr Informationen dazu gibt es in unseren Projekt-FAQs.

Ausführliche Audio-Beschreibung des Projekts: BOINCcast

Das Projekt wurde Ende 2014 beendet.

Projektübersicht

SIMAP
Name	SIMAP
Kategorie	Bioinformatik
Ziel	Berechnung der Ähnlichkeit von Proteinsequenzen nach dem FASTA-Prinzip
Kommerziell	nein
Homepage	boincsimap.org/boincsimap (archive.org)

	Dieses Projekt wird in Österreich durchgeführt.

Projektstatus

Projektstatus
Status	beendet
Beginn	13.12.2005
Ende	Ende 2014

Projektlinks

• Hintergrundinfos (archive.org)
• Download
• Forum (archive.org)
• e-Library (RKN-Wiki)

Projekt-FAQs

• Wem nutzt SIMAP?
• Was wird berechnet?
• Ist SIMAP öffentlich?
• Wer betreibt SIMAP?

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Clientprogramm

Betriebssysteme

	Windows
	Windows 64bit
	Linux
	Linux 64bit
	Android
	DOS
	MacOS X
	BSD
	Solaris
	HPUX
	AIX
	Tru64
	IRIX
	Java (betriebssystemunabhängig)

Client-Eigenschaften

Funktioniert auch über Proxy
Normal ausführbares Programm
Als Bildschirmschoner benutzbar
Kommandozeilenversion verfügbar
Personal Proxy für Work units erhältlich
Work units auch per Mail austauschbar
Quellcode verfügbar
Auch offline nutzbar
Checkpoints

WU-Informationen

Aktuelle und genaue Details für BOINC-Projekte gibt es bei WUProp.

Name	RAM	Dauer	Deadline	Speicherplatz	Download	Upload	Mindestanforderung
HMMER	45 MB	1:00 h (C2D 32bit 2,4 GHz)	8 Tage	11 MB	MB	0,05 MB	{{{mindestanforderung}}} oder besser
SIMAP	10 MB	0:45 h (AMDX2 32bit 3,0 GHz; C2D 32bit 2,4 GHz)	8 Tage	2 MB	1,8 MB	2,5 MB	{{{mindestanforderung}}} oder besser

Die Dauer ist die durchschnittliche Rechenzeit, die auf entsprechender CPU (Taktung in der Klammer) gebraucht wird.
Die Deadline ist die Zeitspanne, in der die Work unit berechnet sein muss.

Veröffentlichte Versionen

• 03.05.2007: HMMER 5.09 (Windows 64)

• 03.05.2007: 5.09 (Windows 64)

• 29.12.2006: 5.10 (Linux 64)

• 09.10.2006: HMMER 5.09

• 09.10.2006: HMMER 5.09

• 18.09.2006: HMMER 5.08

• 17.09.2006: HMMER 5.07

• 16.09.2006: HMMER 5.06

• 13.09.2006: HMMER 5.05

• 03.09.2006: HMMER 5.02

• 17.07.2006: 5.11 (nur Linux_x86)

• 12.07.2006: 5.10

• 21.06.2006: 5.09

• 19.06.2006: 5.08

• 17.01.2006: 5.07

• 15.01.2006: 5.06

• 21.12.2005: 5.05

• 19.12.2005: 5.04

• 13.12.2005: 5.03

Screenshots

Bisher zeigt der Client noch keine eigenen Grafiken bei der Berechnung an, die allgemeinen BOINC-Screenshots zeigen aber, wie der Client arbeitet. Wenn BOINC als Bildschirmschoner läuft, wird bei diesem Projekt das BOINC-Logo angezeigt.

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Meldungen

• 11.11.2009: [ SIMAP - a comprehensive database of pre-calculated protein sequence similarities, domains, annotations and clusters]

• 16.07.2006: BOINCcast (Folge 13): Update zu SIMAP

• 22.04.2006: BOINCcast (Folge 7): SIMAP

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Qualitätssicherung

Überprüft: 29.10.2018

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