SIMAP (beendet)/ProjektFAQ

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Wem nutzt SIMAP?

Proteinähnlichkeiten geben Hinweise auf die Verwandschaftsverhältnisse zwischen Proteinen. Verwandte Proteine haben oft gleiche oder ähnliche Eigenschaften und Funktionen im Organismus, da sie sich im Lauf der Evolution nur langsam verändern. Da man derzeit viel mehr Proteinsequenzen kennt, als man eingehend in Labors untersuchen kann, werden die experimentellen Erkenntnisse über ein Protein auch auf dessen Verwandte übertragen. Ein gutes Beispiel dafür ist die intensive Untersuchung von Mäusegenen und -proteinen, deren Ergebnisse oft auch für den Menschen gültig sind. Darüber hinaus gibt es noch viele weitere Methoden in der Bioinformatik, die auf Proteinähnlichkeiten basieren. Die Proteinähnlichkeitsdatenbank stellt all diesen Methoden die vorberechneten Ähnlichkeiten aller bekannten Proteine zur Verfügung. Dadurch eröffnen sich neuartige Möglichkeiten, denn bislang wurden die Ähnlichkeiten immer und immer wieder neu berechnet. SIMAP wird regelmäßig aktualisiert und muss nur neu hinzukommende Sequenzen in die Matrix integrieren (sogenannte inkrementelle Updates). SIMAP ist für Forschung und Lehre vollständig kostenlos verfügbar.

Was wird berechnet?

Da der Berechnungsaufwand für eine solche Matrix quadratisch mit der Größe der Matrix steigt, waren die internen Resourcen (gridengine-cluster unter Linux) nicht mehr ausreichend. Daher wurde ein BOINC-client implementiert, der auf den Quellen von FASTA aufbaut, eines heuristischen Programms zur Sequenzähnlichkeitssuche. Der boincsimap-Client ist ein "Minimal"-Client ohne Screensaver-Grafik etc., da zunächst Wert auf die Funktionalität gelegt wurde.

Ist SIMAP öffentlich?

Ja, es wird öffentlich werden. Auch wenn anfangs nur ein interner Einsatz (Clients auf den PC-Pools der TU München und Fachhochschule Weihenstephan) geplant war, soll mit allen Interessierten zusammengearbeitet werden. Eine Publikation über das Projekt ist auch schon fertig und momentan "under review".

Wer betreibt SIMAP?

SIMAP ist ein Gemeinschaftsprojekt der Universität Wien, des Helmholtz Zentrum Münchens Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt (GmbH) und der Technischen Universität München. Ansprechpartner ist Thomas Rattei von der Universität Wien.

Warum gibt es so selten Arbeit?

Nachdem SIMAP die bereits vorhandenen Bestandsdaten der verschiedenen Proteindatenbanken aufgrund von Optimierungen am Client schneller, als zunächst angenommen verarbeiten konnte, müssen lediglich noch in etwa monatlichem Abstand Aktualisierungen vorgenommen werden.