Benutzer Diskussion:Yoyo/RNA World

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todo

  • Bitte keine Nummern ändern!!! Neue Dinge in der ToDo Liste unten mit neuen Nummern hinzufügen.

next 3

12. Upload von wus übers Web (user pages, ops pages, uppercase test)
22b. checkpoints einbauen linux64 single core app

ToDo List

5. was mit results, wohin, ganze Kette abstimmen
13. wu status anzeigen wie bei ecm
19. screensaver verbessern
28. InReAlyzer (laut neuster Tests sind Laufzeiten bis zu 4 Std. möglich mit schon z.B. den tRNA-Ergebnisdateien der bakteriellen Analysen, die den -p Schalter enthalten; die eukaryotischen düften noch deutlich länger laufen - lohnt also als DC App. und wird ohnehin für JobSubmission benötigt)
29. cmsearch als MT applikation einrichten - bitte die MT version als eigenständige applikation einbauen und nicht damit die bestehende single-core version ersetzen. grund: single-core ist effizienter als MT im fall von cmsearch (bei cmcalibrate ist das anders), MT hat aber den vorteil das gesamte RAM für nur eine WU zur verfügug zu haben, was bei großen WUs viele probleme verhindert. zudem sind MT WUs trotz geringerer effizienz schneller fertig als single-core. user sollten MT und single-core separat in den prefs aktivieren können.
32. stderr-Ausgaben der Anwendungen einsammeln und nicht nur das stderr des Wrappers (ermöglicht wesentlich bessere Fehlerdiagnose).
34. InReAlyzer app bauen
35. PseudoCon app bauen
36.
37.
38.
39.

done

24. Parameter für cmsearch (siehe cmcalibrate) -> done
33. cmbuild app bauen -> done
31. Prüfen, wie es dazu kommt, daß der RNA World Server größere Mengen 45 Bytes große, leere .ZIP-Ergebnisarchive im Outputfolder anlegt. -> keine Ahnung, nicht wieder aufgetreten.
25. cmalign integrieren -> drin aber nur lin64, da es wenig verwendet wird
20. wunamen kürzen -> cms_aaaa[bbbb]_timestamp_count und am Ende wieder umbenennen. dazu DB nutzen. (DAMIT FÄLLT EIN 3rd-PARTY MONITORPROGRAMMSUPPORT WEG; LIEBER WÄRE MIR, WENN DAVID ANDERSON DAS PROBLEM DER KOMMUNIKATIONSBLOCKADE IN SEINER BOINC CLIENTSOFTWARE ENDLICH MAL LÖSEN WÜRDE, DANN MÜßTEN WIR IN DIESER SACHE NÄMLCH GAR NICHTS UNTERNEHMEN) -> ok bleiben so
9. Mac Version - später wenn public -> sind da
30. zahl der maximal erlaubten nichtvalidierungen pro WU von 20 auf 15 heruntersetzen.
26. UMLEITUNG DER APPLIKATIOSNFEHLERMELDUNGEN IN DIE BOINC-FEHLERAUSGABE (MÜßTE EIGENTLICH GANZ OBEN STEHEN) -> macht Boinc schon, ich kann da nix ändern.
27. USER JOB SUBMISSION INTERFACES (OHNE DIESE KEINE PUBLIKATION MÖGLICH) -> gibts schon als Pkt. 12
17. staticly-linked minimales, für smp optimiertes mpi suchen
15. cmcalibrate multicore Nutzung (multicore erstmal gestrichen, da die Ergebnisse nicht sicher validieren)

  • cpu_time richtig ermitteln
    • util.cpp linux_cpu_time()
  • wrapper mt handling einbauen
    • mt task::kill, suspend, resume
    • Fortschritt

  • aps für linux32/64, win (open_mpi)
23. global teamimport
21. input.zip mit forecasts versehen um server zu entlasten -> NO, soll auf Server gemacht werden.
8. Projektseite übersetzen - später wenn public -> über boinc translation
11. Win64 Version
22a. checkpoints einbauen linux32, ist aber etwas wackelig
18. support for none-sse cpus
  • in der app schicke ich eine cmsearch.exe und eine cmsearch.exe.no_sse mit
  • checkcpu.pl cmsearch.exe: sieht nach ob sse unterstützt wird, wenn nicht wird $1.no_sse nach $1 umbenannt.
14. cmbuild & cmcalibrate
10. Screensaver
16. server_status, welche wus sind noch da pro Applikation, siehe yoyo@home server status
1. ordentliche Domainumleitung && vhost
2. Beschreibung für Startpage
3. WU Generator, wie?
4. credits quorum/fixed ?
6. Linux tester suchen
7. eigener Style && Logo

job submission

general

  • registered Boinc user (erledigt)
  • von RKN frigeschaltet für die entsprechende App mit max Anzahl von Jobs (erledigt)
  •  ??? RAC > 10

cmsearch

  • fasta check, Das Format der hochgeladen Textfiles wird geprüft (für Genomdateien im FASTA-Format z.B. recht einfach, da es nur eine Headerzeile zum Kommentar besitzt, die mit > beginnen muÃ?; ansonsten hat diese Datei im eigentlichen Datenbereich nur die Buchstaben A,U,C,G,T,a,u,c,g,t und tritt was anderes auf, wird ein Eingabefehler gemeldet; die anderen Dateien haben ebenfalls genau definierte Formate, die einzuhalten sind)
  • --forecast check

cmcalibrate

  • --forecast check

hints

Boinc server updaten

# backup
cd; cp -r boinc2 /tmp/boinc2.old
cd ~/projects; cp -r rnaworld /tmp/rnaworld.old
# update from truk
cd ~/boinc2
svn update
./_autosetup
./configure --disable-client
#### copy here your own modified files into the structure and compare them with the new ones
make
cd tools; upgrade rnaworld
#### recompile own server processes and copy them into the <project>/bin

changes on server code

  • sched/hr.cpp
  • sched/sched_customize.cpp
  • ~/projects/rnaworld/html/inc/user.inc
  • ~/projects/rnaworld/html/ops/ops_queue_*
  • ~/projects/rnaworld/html/user/queue_*

svn