Benutzer Diskussion:Nico/RNA World
Inhalt
RNA World Database Documentation
All results of the RNA World project will be saved in a DataBase (DB). Perl scripts parse the files, generated by cmcalibrate and cmsearch and send the data to the DB. Drupal modules are used to display the content of the DB.
Current Database Design
Work Processing
The Perl script embl-gene-to-db.pl will read DNA/genome files and stores all found Genes in the database.
perl embl-gene-to-db.pl <gen-file>
Example: perl embl-gene-to-db.pl Deinococcus-radiodurans-R1_AE001827.cir.EMBL.dna
After that, the extractor.pl script can be started to extract data from result files.
perl extractor.pl <sto-file> <cm file> <dna-file> <fasta-file> <out-file>
Example: extractor.pl RF00013_6S\[Rfam-9.1\]_seed.sto RF00013_6S[Rfam-9.1]_seed.cm Thermus-thermophilus-HB8_AP008228.cir.EMBL.dna Thermus-thermophilus-HB8_AP008228.cir.EMBL.fasta Thermus-thermophilus-HB8_AP008228.cir.EMBL.fasta-6S\[Rfam-9.1\]_seed-out
File name Requirements of the Work Processing Scripts
Both scripts rely on information in the file name for a correct inserting of data into the DB.
embl-gene-to-db.pl
The dna/genome file name must look like this:
{organism name}_{organism accession}.{cir or lin}.EMBL.*
Example: Deinococcus-radiodurans-R1_AE001827.cir.EMBL.dna
extractor.pl
Die CMS output-archive haben immer die form:
{Projektname}[{Optionalbezeichnung-}{OS der CMC Quelle}{Archivtyp}]_{BOINCServerTimestamp}
also z.B.
Mtb[Lin64s]_100501.tar GA[W-Z-Lin64s].tar GA-p[av-Lin64s].zip.log
dabei kann die Optionalbezeichnung auch ein Minuszeichen haben, also Achtung: immer nach dem letzten Minus innerhalb der eckigen klammern suchen. im grunde ist die archivbezeichnung egal, weil wenn du es auspackst jeder einzelergebnisfile alle erforderlichen daten enthält, nämlich:
cms_{Projektname}[{Optionalbezeichnung-}{OS der CMC Quelle}{Archivtyp}]_{Organismus}_{Accession#}.{Molekültyp}.{GenomQuelldatenbanktyp}_{RfamCode}_{RfamBezeichnung}_{Servergedöns}
mit:
-projektname: irrelevant für DB extraktion ABER: kann -p angehängt haben. dies bedeutet, es wurde eine CMC suche gemacht mit parametersteuerung (diese info nebst parametern soll in DB rein) -Optionalbezeichnung: irrelevant für DB extraktion; falls vorhanden trennt ein Minuszeichen den folgenden OS Typ der CMC Quelle -OS der CMC Quelle: Lin (Linux), Win (Windows), OSX (OSX); dahinter Bitangabe (32 oder 64) -Archivtyp: ist NUR s (seed) oder f (full) -Organismus: ist klar.. -accession': ist klar.. -Molekültyp: cir oder lin (ist klar) -Genomquelldatenbanktyp: ist klar (EMBL bisher) -RFamCode: Ist klar -RfamBezeichnung: ist klar -Servergedöns: irrelevant für DB extraktion
ein beispiel:
cms_Mtb[Lin64s]_Mycobacterium-tuberculosis-H37Rv_AL123456.cir.EMBL_RF01396_isrN_1270624623_2711_0
jedes ergebnis hat eine _0 oder eine _1 am ende. die ergebnisse sind in denen mit _0. in der anderen (also _1) stehen serverinfos drin - irrelevant für die DB integration.
Drupal
Installation
Run the default installation which is explained at www.drupal.org.
RNA-World Modules
In drupal/sites/all/modules do: svn co https://www.rechenkraft.net/svn/yoyo/rnaworld/website/drupal/sites/all/modules
Enable all needed modules via the drupal administration web interface.
Database
Add rnaworld-results database to the settings.php (this includes changing the default entry):
$db_url['default'] = 'mysqli://user:password@localhost/drupal';
$db_url['rnaworld'] = 'mysqli://user:password@localhost/rnaworld_results';
$db_prefix = ;
After checking out the modules (see above) a rnaworld.sql.bz2 should be in drupal/sites/all/modules. After bunzip2 one can add the structure and data by running:
mysql -u drupal -p rnaworld_results < rnaworld.sql
Style Changes
Change table cell padding for a better display of results in template CSS:
td,th{padding: 0px 10px 0px 10px;}
TODO
- allow admin to select public accessible "organism/accesion - rna" results
- Add real file (links)
- check plus/minus position of genes
- add "special parameters" to db (wo hernehmen? das werden wir in die von der DB einzulesenden archive in einer textdatei spezifizieren, sodaß es einfach ausgelesen werden kann bsp: para.txt)
- Confidence (assessment of quality of the hit to be set by user)
- Add InReAliszer Images to DB
