Rosetta@home

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Übersicht
Name	Rosetta@home
Kategorie	Biochemie
Betreiber	Universität Waschington und weitere
Land	USA
Homepage	boinc.bakerlab.org/rosetta
Status	aktiv	Start: 16.09.2005	Ende: (noch aktiv)
Anwendung
x86
x86_64
Links

Rosetta@home versucht Proteinstrukturen und Proteinbindungen vorherzusagen. Das Ziel des Projekts ist es, Methoden zu entwickeln, die Proteinstrukturen aus Aminosäuresequenzen sicher vorhersagen können. Diese Methoden können dazu beitragen, Krankheiten wie Krebs, HIV oder Malaria zu bekämpfen. Rosetta wurde von der University of Washington entwickelt und gilt als das beste Programm zur Vorhersage der Proteinfaltung, da es beim CASP-Wettbewerb bisher immer sehr gute Ergebnisse erzielte.

Im Gegensatz zum Human Proteome Folding Project, bei dem die Rosetta-Software angewandt wird, wird bei Rosetta@home versucht, die Rosetta-Software zu verbessern. Das Projekt gehört also in die Kategorie Grundlagenforschung.

Eine Besonderheit des Projektes ist, dass man die Berechnungszeit der WU in seinem Account einstellen kann. Dies hat keinen wissenschaftlichen, sondern einen organisatorischen Hintergrund: bei längeren WUs werden der Server des Projektes und die Bandbreite des Benutzers geschont. Jede WU erledigt aber mindestens eine vollständige Faltungssimulation, bevor sie beendet wird. Bei einem zufällig sehr komplexen Protein kann eine WU darum 6 Stunden oder noch länger laufen, auch wenn sehr viel weniger Laufzeit eingestellt ist. Bevor man die sog. "Target CPU run time" ändert, sollte man alle offenen WUs abarbeiten lassen und erst nach der Änderung wieder neue Aufgaben laden. [1]

Ausführliche Audio-Beschreibung des Projekts: BOINCcast

Es gibt ein eigenes Projekt, das Programmversionen testet, bevor sie bei Rosetta übernommen werden: Ralph@home.

Neben dem Grid Computing versuchen die Forscher dieses Projektes auch, sich das Konzept des Distributed Thinking zu nutze zu machen. Dazu haben sie zusammen mit anderen Mitgliedern der Bereiche "Computer Science and Engineering and Biochemistry" der University of Washington das Spiel foldit entwickelt, bei dem der Spieler selbst Proteine faltet.

Gütesiegel:
Das Projekt bekam im April 2008 das Rechenkraft Gütesiegel. Mit 4 von 5 möglichen Punkten gilt es als empfehlenswert. Die Kriterien sind hier nachzulesen.

Projektübersicht

Rosetta@home
Name	Rosetta@home
Kategorie	Biochemie
Ziel	Vorhersagen von Proteinstrukturen
Kommerziell	nein
Homepage	boinc.bakerlab.org/rosetta


	Dieses Projekt wird in Washington, USA durchgeführt.

Projektstatus

Projektstatus
Status	aktiv
Beginn	16.09.2005
Ende	noch aktiv

Projektlinks

Neuigkeiten (RSS-Feed)

e-Library (RKN-Wiki)

Statistiken

Wo	Übersicht	Top Teams	Top User
Projekt Home Page		Top Teams	Top User
BOINCstats.com	Kredits-Übersicht	Top Teams	Top User
stats.free-dc.org	Übersicht	Top Teams	Top User

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Clientprogramm

Betriebssysteme

	Windows
	Windows 64bit
	Linux
	Linux 64bit
	Linux on ARM
	Android
	DOS
	MacOS X
	MacOS X 64bit
	BSD
	Solaris
	Java (betriebssystemunabhängig)

Client-Eigenschaften

Funktioniert auch über Proxy
Normal ausführbares Programm
Als Bildschirmschoner benutzbar
Kommandozeilenversion verfügbar
Personal Proxy für Work units erhältlich
Work units auch per Mail austauschbar
Quellcode verfügbar
Auch offline nutzbar
Checkpoints

Konfiguration

Rosetta@home benutzt die BOINC-Infrastruktur. Die Anmeldung, Installation und Konfiguration sind auf der allgemeinen BOINC-Seite beschrieben.

WU-Informationen

Aktuelle und genaue Details für BOINC-Projekte gibt es bei WUProp.

Name	RAM	Dauer	Deadline	Speicherplatz	Download	Upload	Mindestanforderung
rosetta 4.12	560 MB	ca 13 h (i7 2600 64bit 3,4 GHz)	bis 3 Tage	560 MB	500 MB	MB	{{{mindestanforderung}}} oder besser

Die Dauer ist die durchschnittliche Rechenzeit, die auf entsprechender CPU (Taktung in der Klammer) gebraucht wird.
Die Deadline ist die Zeitspanne, in der die Work unit berechnet sein muss.

Besonderheiten

Die Laufzeit der Work units kann man auf der Website einstellen. Es gibt Einstellungen von einer Stunde bis zu einem Tag. Die Standardeinstellung ist 3 Stunden. Sofern die Fehlerrate gering ist, empfiehlt sich eine längere Laufzeit.