RNA World/Project description/pl

Aus Rechenkraft
Zur Navigation springen Zur Suche springen
Languages Languages

Deutsch ja.gif    •  United Kingdom01.gif    •  Italy01.gif  

RNA World opis projektu

RNA World u?ywa komputerów podÅ?Ä?czonych do internetu do wspierania badaÅ? nad RNA. System zostaÅ? poÅ?wiÄ?cony identyfikacji, analizie, przewidywaniu strukturalnemu i budowie czÄ?steczek RNA na bazie ugruntowanego oprogramowania bioinformatycznego z u?yciem metod wysokiej wydajnoÅ?ci i przepustowoÅ?ci.

W przeciwieÅ?stwie do klasycznych podejÅ?Ä? bioinformatycznych, RNA World nie opiera siÄ? na pojedynczych komputerach, serwerach czy superkomputerach. W zamian stanowi ciÄ?gle rozwijajÄ?cy siÄ? klaster rozsianych po caÅ?ym Å?wiecie komputerów. Jako taki, RNA World jest bardzo heterogeniczny i w zale?noÅ?ci od sub-projektu, aktualnie przeznaczony na komputery u?ywajÄ?ce Linuxa, Windowsa i OSXa - twój komputer mo?e staÄ? siÄ? istotnÄ? czÄ?Å?ciÄ? projektu. Fakt, ?e koszty prÄ?du i sprzÄ?tu sÄ? dzielone pomiÄ?dzy ochotników podnosi prawdopodobieÅ?stwo wykonania interesujÄ?cych analiz które ze wzglÄ?du na aspekty ekonomiczne nie mogÅ?y dotychczas byÄ? wykonane. W zamian, RNA World nie bÄ?dzie pracowaÄ? dla zysku, u?ywa tylko otwartego oprogramowania i upubliczni wyniki swoich badaÅ?

W aktualnej formie, RNA World wykonuje w peÅ?ni zautomatyzowanÄ? wersjÄ? programu analiz wysokiej przepustowoÅ?ci Infernal1, program pierwotnie opracowany w laboratorium Sean Eddys do systematycznej identyfikacji niekodujÄ?cych RNA. Celem tego sub-projektu RNA World jest systematyczna identyfikacja wszystkich znanych czÅ?onków rodziny RNA we wszystkich organizmach znanych nam dziÅ? i publikacja wyników. Z WaszÄ? pomocÄ?, planujemy równie? wspieranie ustanowionych bioinformatycznych baz danych, takich jak Rfam2, naszymi rezultatami by pomóc zredukowaÄ? ich przyszÅ?e koszty utrzymania.

W przeciwieÅ?stwie do innych projektów przetwarzania rozproszonego, programiÅ?ci RNA World opracowujÄ? aktualnie ogólne interfejsy u?ytkownika, które równolegle z nadchodzÄ?cymi projektami naszych wÅ?asnych zespoÅ?ów badawczych, pozwolÄ? nie zwiÄ?zanym z nami osobom, doÅ?Ä?czaÄ? swoje wÅ?asne projekty, w sposób podobny do interfejsu serwera web, oczywiÅ?cie bezpÅ?atnie.

Dlaczego RNA?

Ka?de biaÅ?ko w komórce jest produkowane z u?yciem przejÅ?ciowo syntetyzowanej czÄ?steczki zwanej mRNA. To mRNA jest pó?niej rozpoznawane przez mechanizmy komórki które tÅ?umaczÄ? podstawowÄ? sekwencjÄ? mRNA w odpowiadajÄ?ce jej biaÅ?ko (które jest sekwencjÄ? aminokwasów). Ten mechanizm tÅ?umaczÄ?cy, zwany robosomem, jest wÅ?aÅ?ciwie rybozymem,to znaczy, jest katalitycznie aktywnym zlepkiem kilku czÄ?steczek RNA. Wynika z tego ?e RNA nie tylko sÅ?u?Ä? jako czÄ?steczki informacyjne lub wykonujÄ?ce funkcje strukturalne jak np. tRNA, lecz mogÄ? tak?e zachowywaÄ? siÄ? jako katalizator wykonujÄ?cy reakcje biochemiczne jak w przypadku enzymów biaÅ?kowych. OczywiÅ?cie, rybosom zawiera równie? wiele biaÅ?ek, poniewa? jest bardzo skomplikowanÄ? czÄ?steczkÄ? rybonukleoproteiny, lecz te, z reguÅ?y dostarczajÄ? funkcji strukturalnych, na przykÅ?ad dajÄ? rybosomom ich ksztaÅ?t.

Co fascynujÄ?ce, WstÄ?pna analiza sekwencji ludzkiego genomu, pokazaÅ?a ?e, najwyra?niej tylko maÅ?a czÄ?Å?Ä? kodu DNA z naszego genomu koduje biaÅ?ka. Naukowcy z poczÄ?tku myÅ?leli "o co chodzi z ty Å?mieciowym DNA?" lub "Czy nie mo?na go po prostu skasowaÄ??". DziÅ? jasnym jest, ?e prawdopodobnie wiÄ?kszoÅ?Ä? czÄ?stych zjawisk w ludzkich komórkach mo?e byÄ? powodowana przez maÅ?e czÄ?steczki RNA, tak zwane miRNAs. Oprócz innych funkcji, odpowiadajÄ? one równie? za sprawianie, ?e komórka skóry staje siÄ? komórkÄ? skóry, podczas gdy komórka miÄ?Å?nia, wÄ?troby lub wÅ?osa ró?nicuje do komórki do komórki miÄ?Å?nia, wÄ?troby i wÅ?osa podczas rozwoju, i wszystko to dzieje siÄ? pomimo tego ?e materiaÅ? genetyczny (DNA) wszystkich tych ró?nych rodzajów komórek jest wÅ?aÅ?ciwie identyczny. Ponadto, wydaje siÄ?, ?e wielu typom raka towarzyszy albo nawet jest wynikiem rozregulowanego profilu miRNA w chorej komórce. Co wiÄ?cej, odkryto ?e wirusy przenoszÄ? miRNA bo zmodyfikowaÄ? sieÄ? regulujÄ?cÄ? atakowanej komórki prowadzÄ?c do choroby.

Dlatego, mo?emy jasno powiedzieÄ?, ?e wspieranie badaÅ? RNA, na przykÅ?ad poprzez wsparcie projektu rozproszonego superkomputera RNA World, bÄ?dzie prowadziÅ?o do wa?nych odkryÄ?, które równie? mogÄ? mieÄ? znaczÄ?cy wpÅ?yw na przyszÅ?oÅ?Ä? opieki zdrowotnej.

Referencje

(1) Infernal 1.0: inference of RNA alignments. Nawrocki EP, Kolbe DL, Eddy SR. Bioinformatics. 2009 May 15;25(10):1335-7. Epub 2009 Mar 23. PMID: 19307242.

(2) Rfam: updates to the RNA families database. Gardner PP, Daub J, Tate JG, Nawrocki EP, Kolbe DL, Lindgreen S, Wilkinson AC, Finn RD, Griffiths-Jones S, Eddy SR, Bateman A. Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D136-40. Epub 2008 Oct 25. PMID: 18953034.

(3) Petabyte-scale innovations at the European Nucleotide Archive. Cochrane G, Akhtar R, Bonfield J, Bower L, Demiralp F, Faruque N, Gibson R, Hoad G, Hubbard T, Hunter C, Jang M, Juhos S, Leinonen R, Leonard S, Lin Q, Lopez R, Lorenc D, McWilliam H, Mukherjee G, Plaister S, Radhakrishnan R, Robinson S, Sobhany S, Hoopen PT, Vaughan R, Zalunin V, Birney E. Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D19-25. Epub 2008 Oct 31. PMID: 18978013.