RALPH@home/Versioninfo
Inhalt
- 1 Ausgabedatum der Versionen
- 2 Versionsinfo
- 2.1 5.93
- 2.2 5.92
- 2.3 5.91
- 2.4 5.90
- 2.5 5.89
- 2.6 5.87
- 2.7 5.86
- 2.8 5.85
- 2.9 5.84
- 2.10 5.79
- 2.11 5.75
- 2.12 5.74
- 2.13 5.73
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- 2.15 5.71
- 2.16 5.70
- 2.17 5.69
- 2.18 5.68
- 2.19 5.67
- 2.20 5.66
- 2.21 5.65
- 2.22 5.64
- 2.23 5.63
- 2.24 5.62
- 2.25 5.61
- 2.26 5.60
- 2.27 5.59
- 2.28 5.58
- 2.29 5.57
- 2.30 5.56
- 2.31 5.55
- 2.32 5.54
- 2.33 5.53
- 2.34 5.52
- 2.35 5.51
- 2.36 5.50
- 2.37 5.49
- 2.38 5.48
- 2.39 5.47
- 2.40 5.46
- 2.41 5.45
- 2.42 5.44
- 2.43 5.43
- 2.44 5.42
- 2.45 5.41
- 2.46 5.40
- 2.47 5.39
- 2.48 5.38
- 2.49 5.37
- 2.50 5.36
- 2.51 5.35
- 2.52 5.34
- 2.53 5.33
- 2.54 5.32
- 2.55 5.31
- 2.56 5.30
- 2.57 5.29
- 2.58 5.28
- 2.59 5.27
- 2.60 5.26
- 2.61 5.25
- 2.62 5.24
- 2.63 5.23
- 2.64 5.22
- 2.65 5.21
- 2.66 5.20
- 2.67 5.19
- 2.68 5.18
- 2.69 5.17
- 2.70 5.16
- 2.71 5.15
- 2.72 5.14
- 2.73 5.13
- 2.74 5.12
Ausgabedatum der Versionen
- 03.01.2008: 5.93
- 03.01.2008: 5.92
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Versionsinfo
5.93
Diese Version behebt einen Fehler aus Version 5.92.
5.92
Verbesserte Verarbeitung von Dihedral-Symmetrien mit Rosetta, so dass alle translatorischen und rotorischen Grade der Freiheit effektiv testbar sind.
5.91
Diese Version ist identisch mit der aktuellen Rosetta@home-applikation. Ledigtlich die BOINC-Kommunikation unterscheidet sich um so ein Problem mit der "CPU run time" zu lösen.
5.90
Es werden diverse potentielle Fixes für die dihedral-symmetrischen Proteine (einschließlich der Erforschung aller verfügbarer translatorischer Freiheitgrade) getestet. Weiterhin wurde die Speichernutzung mancher Maschinen reduziert.
5.89
Ein kleiner Fehler bezüglich der Dihedral-Symmetrie wurde behoben.
5.87
Es ist nun möglich symmetrische Komplexe mit neuartiger Symmetrie (Dihedral mit mehreren Monomeren, z.B. D5) zu modellieren. Außerdem wurde ein Fehler, der hier zu gelegentlichen Abstürzen führte behoben, eine neu Option für die reguläre Proteinstruckturvorhersage entwickelt, die große Bewegungen wären der "Gesammtatomverfeinerung" verhinder.t und es wurden Verbesserungen an der RNA-Ernergiefunktion vorgenommen.
5.86
Da die Linuxapplikation durch einen Fehler beim letzten Update (auf 5.85) nicht den aktuellsten Code enthielt erfolgt die Aktualisierung auf 5.86. Hiermit stimmt die Linuxversion wieder mit der Windows- und Macintoshapplikation überein.
5.85
Mit dieser Version wird eine Methode zum symmetrischen Andocken getestet.
5.84
Es gibt Verbesserungen in der Methode der Energieberechnungen von RNA-Strukturfaltungen.
5.79
Diese Version unterstützt anwesende kleine Moleküle beim Protein-Protein-Docking und soll bei der derzeitigen Runde von CAPRI nützlich sein.
5.75
Weitere Verbesserungen für die hochauflösende RNA-Reduzierung und Protein Durchläufe mit weitreichender Betastrang-Paarung.
5.74
Es werden weiterhin potentielle Verbesserungen für die hochauflösende RNA-Reduzierung und Protein Durchläufe, welche "jumping" mit einbeziehen, d.h. erzwungene weitreichende Betastrang-Paarung, getestet.
5.73
Es gab eine Fehlerbehebung bei der hochauflösenden RNA-Reduzierung; außerdem wird ein potentielles Problem mit geschlossenen Kettenbrüchen nach Strang-Paarungs-Durchläufen überprüft.
5.72
Diese Version behebt einen kleinen Fehler der den 'relax'-Teil der Wus ausgebremst hat. Sie bringt mehrere neue Features in den RNA Modus, so dass der Datentransfer sehr vermindert werden sollte und uns erlaubte die Energie-Funktion zu optimieren. Wir werden eine neue hochauflösende Energiefunktion für die RNA testen.
5.71
Die Version enthält eine Korrektur einer der Energieformeln für die Energiefunktion, welche die Unterscheidung der natürlichen Strukturen verbessern könnte.
5.70
Nun ist das Simulieren von Proteinmodellen unterschiedlicher Symmetrien möglich.
5.69
Es wurden einige Bugfixes bei diversen WU's vorgenommen (RNA ab initio folding, symmetric folding, docking mode).
5.68
Diese Version erlaubt die Simulation wirklich großer symmetrischer Proteine (mit AllAtom-Verfeinerung), bei denen nur Untersysteme simuliert werden. Es wurde ein Bug im RNA-Modus ausgemerzt und die Möglichkeit zur Untersuchung weiterer RNA-Strukturen geschaffen (Simulation von RNA mit vielen, aufgesetzten Basenpaaren).
5.67
Bei den Ausgaben von symmetrischen Proteinen traten Fehler auf die zum "validate error" führten. Dies wurde nun behoben, außerdem wird der Grafikfix (Version 5.66) weiter getestet.
5.66
Ein Grafikproblem das bei einigen Workunits auftrat wurde behoben (Die Grafikanzeige brach zusammen wenn Seitenketten gezeigt werden sollten).
5.65
Eine Erweiterung zur besseren Kontrolle der Energiefunktion bei den RNA WU's wurde hinzugefügt.
5.64
Neue Schalter für gröÃ?ere Bewegungen während der symmetrischen Verfeinerungen der Proteinkomplexe wurden hinzugefügt.
5.63
Das Checkpointing für den "fold and dock" Modus wurde eingeführt und Probleme mit dem powerpc mac behoben.
5.62
Ein Fehler in der Stack GröÃ?en-Einstellung für Macintosh wurde behoben.
5.61
Einige wissenschaftliche Updates am Code sowie die Verwendung der neusten BOINC API Version.
5.60
Fehlerbehebung bei der Prozentanzeige (springt zurück auf Null bei Neustart), Checkpointing für die neuen "pose and jumping jobs", sowie die Optimierung der "jumping jobs" mit langen und variablen Ausgaben.
5.59
Die neuen FOLD_AND_DOCK WUs stürzten auf einigen Windows-Maschinen ab. Dieser Fehler ist (hoffentlich) behoben. Darüber hinaus merzt dieses Update die "stack overflows" auf MAC-Rechner aus. Die Prozent-Anzeige kann nicht mehr -unendlich- oder groÃ?e Werte annehmen.
5.58
Es werden Anpassungen der Stack GröÃ?e für Macs getestet, so dass sie groÃ?e WUs für RNA (und evtl. DNA und DNA-Protein Systeme) laufen lassen können.
5.57
Weiter Fehlerbehebung der Prozentanzeige, des maximum-disc-space Fehlers für RNA WUs, der gelegentlich auftretenden FOLD_AND_DOCK Fehler und eine mögliche Behebung für einige Macs, die noch immer Probleme mit Rosetta haben.
5.56
Konsistenzfehler auf einigen Macs, abstürzende WUs unter Windows und Fehler in der WU Prozent-Anzeige wurden behoben.
5.55
Die Vorhersage der WU Zeit wurde verbessert. Ebenso gibt es Verbesserungen in der RNA Energie Funktion und neue RNA Bewegungen, die erforscht werden. SchlieÃ?lich gibt es einen neuen Protein Modus bei dem zwei symmetrische Ketten gefaltet werden und diese zur gleichen Zeit andocken.
5.54
Siehe Version wie 5.53, nur dass an der Linux Version gebastelt wurde.
5.53
Fehler in der Grafik Darstellung wurden behoben. Da gab es fliegende Artefakte.
5.52
Ein Fehler in der Grafik Darstellung einiger Rechner mit der Version 5.51 wurde behoben. RNA WUs werden jetzt auch nach der vorgegebenen Zeit beendet.
5.51
Symmetrische docking Jobs können jetzt verschickt werden.
5.50
Ein Fehler wurde ausgebessert der auftrat, wenn RNA-Ergebnisse gesendet wurden. Des Weiteren wurde der "Stack-Overflow"-Fehler auf dem Mac behoben.
5.49
Die Grafikanzeige wurde verschönert. AuÃ?erdem wird nun eine neue Methode getestet, welche die Strukturen und Faltungen von RNA vorhersagen kann.
5.48
Ein Fehler der letzten Version 5.47 wurde mit diesem Update behoben.
5.47
Weitere Verbesserung des Watchdogs und ein spezielles symmetrisches Docking Protokoll wurde implementiert.
5.46
Das Problem, dass der Watchdog oft die Dockung WUs beendet wurde behoben.
5.45
Der Grafikfehler wurde behoben.
5.44
Einige neue Rosetta Anwendungen wie eine Vorabversion des Protein Entwurfs Protokolls und eine spezielle Docking Anwendung, welche symmetrische Oligomere behandelt, wurden hinzugefügt.
5.43
Kleinere Korrekturen für einen neuen Modus, der Vorteile aus den Daten von kryoelectrischen Mikroskopen nutzen kann.
5.42
Es wird versucht die Stabilität zu erhöhen. Das Modell kann nicht mehr mit der Maus bewegt werden und die Seitenketten sind ausgeschaltet. Es soll versucht werden mit der Grafik den Client zum Abstürzen zu bringen.
5.41
Verschiedene Fehler wurden behoben:
- Fehler bei Checkpoints, nachdem Rosetta beendet wurde.
- Fehler beim Löschen von temporären Dateien, nachdem sie gezippt wurden.
- Fehler im Watchdog - wenn eine Berechnung stecken bleibt und vom Watchdog erkannt wird, werden falls vorhanden Resultate zurückgeschickt und Credits gewährt.
- einige andere Fehler im Rosetta Algorithmus.
Eine neue Funktionalität um Rosetta Befehle aus einer Eingabedatei zu lesen wurde hinzugefügt. Dadurch wird die Schnittstelle unter BOINC flexibler.
5.40
Der "exit code -161" der Version 5.38 und einiger WUs der Version 5.39 wird behoben.
5.39
Der "exit code -161" der Version 5.38 wird behoben.
5.38
Eine neue Funktion, um auch Strukturen mit nicht-idealer Charakteristik und Seitenketten auszugeben, wurde hinzugefügt.
5.37
Weitere Fehlerkorrekturen in der Grafik für groÃ?e Proteine und neue Funktionen um flexibel neue Energiefunktionen zu testen. Weiterhin wird das Packaging verschiedener Proteinkopien, die bei Alzheimer beteiligt sind, getestet.
5.36
Weitere Beschleunigung von WUs und Verbesserungen der Grafik. Ein neues Ausgabeformat wird getestet um Ergebnisse komprimiert zurück schicken zu können.
5.35
WUs mit variierender Bindungsgeometrie waren langsam in der vorherigen Version und führten zu uneinheitlichen Credits. Es wird probiert diese WUs zu beschleunigen. Auch Verbesserungen für genauere Energiefunktionen sind enthalten.
5.34
Einige Fehler wurden behoben und grössere Proteinvariationen während der Laufzeit zugelassen.
5.33
Es werden mehr Funktionen ausprobiert, die weniger Energielockvögel für die gleiche Menge der Berechnung erhalten sollten.
5.32
Fehler der 5.31 wurden behoben.
5.31
Einige Fehler des neuen Modus der Version 5.30 wurden behoben.
5.30
Es wird einen etwas neuer Modus von Rosetta ausprobiert, der es erlaubt, die Proteinfaltung zu verfeinern, die Kettenbrüche haben.
5.29
Zwei Fehler der Version 5.28 wurden behoben.
5.28
Im Bildschirmschoner wurden einige Anzeigen hinzugefügt. Alle 4 Anzeigen können jetzt auch mit der Maus gedreht werden.
5.27
Die Fortschrittsanzeige der Docking Anwendung wurde behoben, verschiedene Schalter für die full atom relax Anwendung wurden hinzugefügt.
5.26
Eine Protein-Protein Docking Applikation wurde hinzugefügt, die die Struktur eines Proteinkomplexes vorhersagt, wenn beide Proteinstrukturen bekannt sind.
5.25
Kleinere Änderungen beim Checkpointing.
5.24
Potenziell neue Modi werden getestet.
5.23
Kleine Fehlerbehebungen im Debugfile.
5.22
Neue Applikation für Mac auf Intel.
5.21
Die Verzögerung, wenn Rosetta beendet wird wurde behoben und weiterer Debugcode hinzugefügt.
5.20
5.19
Die Applikation wurde durch einen relax Mode erweitert.
5.18
An der Debugdatei wurde etwas verbessert.
5.17
Kleine Fehlerbehebungen an der Grafik und Verbesserungen zum Debuggen.
5.16
- Eingabefehler bei den "MAPRELAX"-WUs für MacOS X wurden behoben.
- Es wird ein neues Verfahren getestet, welches einen Vergleich von Rosetta-Modellen mit anderen Algorithmen anstellt.
Die Projektleiter bitten um einen kurzen Post in diesem Thread falls es zu Fehlern mit der neuen Version kommt.
5.15
Ein Fehler in der Datei Ein-/Ausgabe wurde behoben, der es erlaubt den neuen wissenschaftlichen Modus der Applikation zu benutzen.
5.14
- Debug Ausschriften wurden wieder eingebaut, sie sind aber standardmäÃ?ig ausgeschaltet.
- Ein neuer wissenschaftlicher Modus wird getestet. Dieser nutzt die Sequenz- und Struktur-Informationen von homologen Proteinen in einer frühen Phase der Simulation.
- Es wird weiterhin versucht den Speicherverbrauch zu reduzieren.
5.13
Bei einigen Nutzern verlangsamten sich die Rechner - die Internetverbindung bricht ab, der Windows Media Player startet langsam - mit den Versionen 5.10 bis 5.12. Daher wurde der Debugkode entfernt.
5.12
- Der Text der WU Beschriftung wurde verkleinert, so dass der andere Text nicht aus dem Bildschirm fällt.
- Ein Berechnungsfehler wurde behoben, der sich in Version 5.10 eingeschlichen hat.
