Distributed Folding (beendet)/Besonderheiten

Aus Rechenkraft
Zur Navigation springen Zur Suche springen

Vergrößern des programminternen Datenpuffers (empfohlen)

Der Client beendet seine Berechnung normalerweise, sofern er nach dem Abarbeiten von 6 Datenpaketen immer noch keine Verbindung zum Server hatte. Um etwaigen Netzwerkstörungen vorzubeugen, kann man diese Beschränkung auf 6 Datenpakete aufheben. Dazu muss in der Datei foldit.bat am Ende der Zeile, die den Ausdruck foldtrajlite -f protein -n native enthält, der Parameter -df angehängt werden.

Verstärkte RAM-Nutzung (empfohlen)

Der Client greift beim Arbeiten immer wieder auf eine Datei mit der Proteinstruktur zu. Diese kann man auch komplett in den Speicher laden lassen, was die Geschwindigkeit des Clients etwa verdoppelt, aber leider bis zu 140 MB (abhängig vom Target) zusätzlichen Speicherverbrauch verursacht. Dazu muss in der Datei foldit.bat am Ende der Zeile, die den Ausdruck foldtrajlite -f protein -n native enthält, der Parameter -rt angehängt werden.

Proxy

Für die Nutzung eines Proxy ist es notwendig, eine Datei proxy.cfg anzulegen, die folgenden Inhalt hat:

  • In der ersten Zeile steht der Names des verwendeten Proxy-Servers.
  • In der zweiten Zeile steht der Port des Proxy.

Falls für den Proxy-Zugriff eine Authentifizierung notwendig ist, dann müssen folgende weitere Daten angegeben werden:

  • In der dritten Zeile der Nutzername.
  • Und in der vierten Zeile das zugehörige Passwort.

Auto-Update ohne manuelle Bestätigung (empfohlen)

Der Client überprüft bei jedem Start, ob ein Update vorliegt und lädt dieses herunter, sofern vorhanden. Die Updates tragen eine digitale Signatur und werden jedesmal auf Gültigkeit der Signatur geprüft. Trotzdem wird aus Sicherheitsgründen ein Update nicht automatisch installiert. Falls man dieses Feature freischalten möchte, was zu empfehlen ist (Updates erfolgen bei diesem Projekt recht häufig), dann muss man folgendermaßen vorgehen: Es ist eine Datei autoupdate.cfg anzulegen, die in der ersten Zeile lediglich die Ziffer 1 enthält.

Unterdrückung der Ausgabe

Die Ausgabe des Clients im Textfenster kann komplett unterdrückt werden. Dazu muss in der Datei foldit.bat am Ende der Zeile, die den Ausdruck foldtrajlite -f protein -n native enthält, der Parameter -qt angehängt werden.

Einstellen der Fortschritts-Ausgabe (empfohlen)

Der Client schreibt seinen aktuellen Fortschritt (also die Anzahl der berechneten Strukturen) immer wieder in eine Datei progress.txt. So kann man mit einem externen Programm den Fortschritt verfolgen. Standardmäßig wird diese Datei nach jeder berechneten Struktur aktualisiert, d.h. extrem häufig. Um die Zugriffe auf die Festplatte zu reduzieren, ist es ratsam, die Intervalle zwischen den Schreibzugriffen zu erhöhen. Dazu muss in der Datei foldit.bat am Ende der Zeile, die den Ausdruck foldtrajlite -f protein -n native enthält, der Parameter -g ### angehängt werden, wobei ### die Anzahl Strukturen angibt, nach deren Berechnung jeweils die Datei aktualisiert wird. Sofern man dort 0 angibt, wird die Datei gar nicht erstellt, was zu empfehlen ist, wenn man diese Fortschrittsanzeige gar nicht nutzt.

Einstellen der Priorität

Die Priorität des Clients ist standardmäßig sehr niedrig. Für die gleichzeitige Ausführung zusammen mit Clients anderer Projekte kann eine Änderung der Priorität notwendig sein. Dazu muss in der Datei foldit.bat am Ende der Zeile, die den Ausdruck foldtrajlite -f protein -n native enthält, der Parameter -p ## angehängt werden, wobei ## die gewünschte Priorität angibt. Der Wert kann von -20 (sehr hohe Priorität) bis 20 (sehr niedrige Priorität) eingestellt werden (sowohl unter Windows als auch Unix-Systemen!).

Netzwerkzugriffe verhindern

Standardmäßig greift der Client recht häufig auf das Netz zu, um Datenpakete zu versenden. Für Netze mit aggressiven Firewalls oder für Computer, die gar keinen Internet-Zugang haben, kann man den Netzwerkzugriff komplett unterdrücken. Dazu muss in der Datei foldit.bat am Ende der Zeile, die den Ausdruck foldtrajlite -f protein -n native enthält, der Parameter -i f angehängt werden. Man sollte in diesem Fall auch den Datenpuffer vergrößern. Zum Upload der Daten muss der Parameter entweder wieder entfernt werden oder das gesamte Verzeichnis auf einen Computer mit Internetzugang kopiert werden.

Nur Daten zum Server senden

Man kann die Berechnung neuer Strukturen komplett unterbinden. Dazu muss in der Datei foldit.bat am Ende der Zeile, die den Ausdruck foldtrajlite -f protein -n native enthält, der Parameter -u t angehängt werden. Dies kann sinnvoll sein, wenn man kurz vor dem Wechsel zu einem neuen Protein erzwingen will, dass auf jeden Fall erst einmal alle Daten zum Server gesendet werden.

Installation als Service

Unter Windows NT/2000/XP kann das Programm auch als Service ausgeführt werden. In diesem Modus werden Updates automatisch installiert. Zur Installation als Service ist es ratsam, das Programm erstmalig normal zu starten, damit es die notwendigen Daten (das Handle) erhält und sichergestellt ist, dass das Programm fehlerfrei läuft. Danach muss in einem DOS-Fenster in dem Verzeichnis mit dem Clientprogramm foldtrajlite /install eingegeben werden. Nach dem nächsten Neustart des Rechners wird der Service jedesmal automatisch gestartet. Zum Deinstallieren des Clients muss zuerst der Dienst gestoppt werden (Startmenü -> Programme -> Verwaltung -> Dienste) und danach folgendes im Client-Verzeichnis ausgeführt werden: foldtrajlite /remove.